В нарушение договора о залоге, первые шесть установок, АПС "АССОЯ" были переданы в качестве уставного капитала Кореновскому заводу, лишив тем самым администрацию края гарантированного залога под выданное ею поручительство. Две установки "SC-2000B" общей стоимостью 4,2 млн. рублей на момент проверки не эксплуатировались.

В соответствии с техническим проектом, планируемыми объемами переработки и реализации соевых продуктов полученный кредит должен был окупить себя в течение трех лет, что позволило бы равномерно и в полном объеме возвращать его Минфину РФ. Однако, в течение трех лет производство сухого соевого молока и других продуктов, так и не было выведено на проектную мощность из-за необеспеченности сырьем - соевыми бобами. В 1997 году реализация соевых продуктов составила 2,1 млн. рублей, в 1998 году — 5,5 млн. рублей и в 1999 году - 5,7 млн. рублей, при проектируемом среднегодовом объеме реализации 190,0 млн. рублей. Кроме того, после августа 1998 года, на финансовые результаты отрицательно повлияло повышение курсовой разницы валютного кредита. Долг по кредиту возрос с 45,6млн. рублей до 60,8 млн. рублей или на 33,3 процента. Это в свою очередь сказалось на удорожании себестоимости продукции, а снижение объемов ее реализации привело в 1998 году к убыткам в сумме 26,5 млн. рублей.

Такое финансовое положение поставило под угрозу своевременного возврата кредитных средств. По состоянию на 01.06.99г. образовалась просроченная задолженность по погашению Минфину РФ первого платежа кредита в сумме 13,8 млн. рублей. В связи с тем, что АПС "АССОЯ" в установленный срок не погасил этот долг, приказом Минфина РФ от 29 июня 1999 года № 172 был произведен зачет в счет направляемых краю трансфертов. Впоследствии, исполнение данного приказа Минфином РФ было приостановлено до конца 1999 года, а 19 января 2000 года он вступил в силу.

В ходе двух проверок Палатой, в июне и декабре 1999 года, оказание всесторонней помощи со стороны администрации края удалось разрешить эту проблему и 24-26 января 2000 года АПС "АССОЯ" перечислило краевому бюджету 13,8 млн. рублей, что позволило в полном объеме восстановить в краевом бюджете, ранее удержанную сумму Министерством финансов РФ.

Проблематичным является возврат кредитов ОАО компания "Кубаньптицепром" АКБ "Инкомбанк". В феврале 1998 года "Кубаньптицепром" под гарантию краевого бюджета заключил с АКБ "Инкомбанк" кредитный договор на получение простых векселей в сумме 7,7 млн. рублей с уплатой за их пользование 10 процентов годовых и сроком возврата кредита 28 сентября 1998 года. Данные векселя 28 февраля 1998 года ОАО компания "Кубаньптицепром" передала машинотракторной станции "Лабинск" в качестве оплаты за зерно в соответствии с договором контрактации от 8 октября 1997 года. Получение вексельного кредита позволило приобрести по фиксированным ценам зерно для птицефабрик края, приостановить дальнейшее снижение производства, увеличить среднесуточные привесы бройлера, повысить яйценоскость кур, несколько улучшить финансовое состояние.

В октябре 1998 года ОАО компания "Кубаньптицепром" представил АКБ "Инкомбанк" векселя этого же банка на погашение кредита и процентов по нему в сумме 7,8 млн. рублей, которые по акту от 30 октября 1998 года банком были приняты, однако, кредит погашен не был. В этот период Центральный банк РФ отозвал у АКБ "Инкомбанк" лицензию на право проведения им всех финансово-расчетных операций. В связи с этим, образовалась дебиторско-кредиторская задолженность, которая может быть урегулирована в период конкурсного производства по банкротству АКБ "Инкомбанк ".

Не лучше положение дел складывается по погашению задолженности кредитов, полученных департаментом сельского хозяйства и продовольствия администрации края под гарантию краевого бюджета в Краснодарском филиале банка "СБС-АГРО". По состоянию на 01.01.2000 года департамент задолжал филиалу 638,5 млн. рублей, а погасил в течение 1999 года лишь 15,6млн. рублей.

В соответствии с планом работы, Контрольно-счетная палата направляла свою деятельность по контролю и анализу исполнения бюджетов целевых бюджетных фондов, занимающих третью часть доходов краевого бюджета. Как показывает анализ, в некоторых из них не создан эффективный механизм контроля за полнотой поступления средств в бюджеты, целевого и эффективного их использования. Проверками установлено, что, несмотря на общее выполнение плановых доходов краевых фондов, задолженность прошлых лет по платежам здесь достигла почти 120 млн. рублей, а нецелевое и неэффективное использование средств за проверяемый период составило 126,0 млн. рублей.

Так, проведенной проверкой фонда воспроизводства минерально-сырьевой базы края (далее - ВМСБ) установлено, что за 1997-1998 годы предприятиями Краснодарского края перечислено отчислений на ВМСБ в сумме 222,2 млн. рублей, в том числе в федеральный бюджет 80,6 млн. рублей, в краевой бюджет 27,9 млн. рублей, оставлено в распоряжении добывающих предприятий по согласованию с администрацией края 113,6 млн. рублей. Использование этих средств позволяет финансировать мероприятия по ВМСБ Краснодарского края, включающих в себя как работы по разведке новых месторождений полезных ископаемых, так и ряд других работ.

В тоже время, в ходе контрольных мероприятий выявлены серьезные недостатки и нарушения действующего законодательства при формировании и использовании средств на воспроизводство минерально-сырьевой базы края. Прежде всего, для организации лицензионной работы в Краснодарском краевом комитете по геологии и использованию недр "Кубаньгеолком" не был создан специальный лицензионный орган, отсутствовало краевое положение о лицензировании недропользователей. Выдача лицензий осуществлялась без учета специфики и порядка предоставления пользования месторождениями общераспространенных полезных ископаемых и подземных вод, установленных администрацией края.

Из 1761 объекта, подлежащего лицензированию, фактически выдано лицензий 1324 предприятиям или 75 процентов от необходимого. Большое количество безлицензионного пользования выявлено на предприятиях, осуществляющих добычу гидроресурсов. Из 1256 предприятий, пользующихся подземными водами, имеют лицензию на право их добычи только 823 объекта или 65,5 процента. При этом предприятия, не имеющие лицензии на право добычи полезных ископаемых, в расчетный объем отчислений в краевой фонд ВМСБ "Кубаньгеолкомом" не учитываются, а все средства, поступающие от безлицензионных предприятий, в данный фонд полностью зачисляются в федеральный бюджет. Только территориальной государственной налоговой инспекцией № 3 г. Краснодара за проверяемый период зачислены платежи безлицензионных недропользователей вместо краевого бюджета в федеральный фонд ВМСБ в сумме 567,1 тыс.рублей.