После того как Вавилов "признал" себя "вредителем и врагом народа", до марта 1941 года его больше не вызывают на допросы, и, сидя в одиночной камере он мог отдаться своим мыслям. Но Вавилов все еще оставался Вавиловым. Он не мог бездействовать: между допросами пишет давно задуманную книгу «История развития земледелия (Мировые ресурсы земледелия и их использование)». Под рукой он не имел ничего, кроме карандаша и бумаги, но зато обладал поистине безграничными знаниями. Это был последний подвиг великого ученого (сентябрь 1940 – март 1941 года). Ища справедливости, Н.И. Вавилов пишет письмо в Президиум ВС СССР. Далее приводится его оригинальный текст (подчеркивания принадлежат Н.И. Вавилову)

«В Президиум Верховного Совета СССР

от осужденного к высшей мере наказания – расстрелу

бывшего члена АН СССР, вице-президента

Академии сельскохозяйственных наук им. Ленина

и директора Всесоюзного института растениеводства

Вавилова Николая Ивановича

Обращаюсь с мольбой в Президиум Верховного Совета о помиловании и предоставлении возможности работой искупить мою вину перед Советской властью и Советским народом.

Посвятив 30 лет исследовательской работе в области растениеводства (отмеченной Ленинской премией и др.), я молю о предоставлении мне самой минимальной возможности завершить труд на пользу социалистического земледелия моей Родины.

Как опытный педагог, клянусь отдать себя всего делу подготовки советских кадров. Мне 53 года

Осуждённый

Н. Вавилов

Март 1941 бывший академик, доктор биологических наук» (10)

В марте 1941 года снова начинаются допросы. К этому времени Вавилов был переведен в 27-ю камеру Бутырской тюрьмы, в которой уже сидели около 200 человек. Каждую ночь Вавилова уводили на допрос, а на рассвете, обессиленного, волокли назад и бросали прямо у порога камеры.

Надо было показать, что академик Вавилов – страшный, очень страшный преступник, чье неприятие Советской власти восходит чуть ли не к 1917 году. И следователь напрягал свою небогатую фантазию, чтобы придумать, как выглядели эти «преступления». Он грузил корабль, чтобы утопить его, сочинял небылицы, чтобы придать видимость законности предстоящему убийству.

«В один прекрасный день он предъявляет подследственному обвинение в том, что директор ВИРа «портил посадочные площадки Ленинградского военного округа, производя засев аэродромов семенами, зараженными карантинным сорняком» (?!). Николай Иванович не мог не посмеяться над этой абракадаброй. Но Хвату было не до смеха. В связи с началом войны, следователь получил распоряжение быстрее передавать дело в суд. Возникла реальная опасность: за плохую работу начальство может отправить провинившегося на фронт. 29 июня Хват приобщает к следственному делу якобы обнаруженный при обыске манифест контрреволюционного «Великорусского союза» и фотографию Керенского А.Ф. Новые документы позволяют изобличить троцкиста Вавилова в связи с черносотенными монархистами и одновременно в том, что он является сторонником Временного правительства, низложившего монархию. Познания старшего лейтенанта Хвата в области истории не уступали его познаниям в ботанике. Но военная коллегия Верховного суда не нашла в этих обвинительных заключениях никаких недостатков…

Каждый раз, когда ученого вводили, Хват задавал ему один и тот же вопрос:

− Ты кто?

− Я академик Вавилов.

− Мешок г…на ты, а не академик, - заявлял доблестный старший лейтенант и, победоносно взглянув на униженного «врага», приступал к допросу.

Всегда общительный, жизнерадостный Николай Иванович сильно изменился, почти не разговаривал, замкнулся в себе». (14, стр. 194-195)

Вскоре Вавилова перевели во внутреннюю тюрьму НКВД, а 9-го июля 1941 года состоялась комедия суда над "троцкистом и монархистом".

Перед судом следователь организовал экспертизу научной деятельности Вавилова. Организованная Хватом "экспертная комиссия" состояла из явных противников и личных врагов Вавилова. Хват умело подобрал экспертов, и когда он послал список президенту ВАСХНИЛ, чтобы тот мог "познакомиться со списком комиссии и высказаться по его составу", то президент написал на полях: "Согласен, Лысенко". Состав экспертной комиссии его вполне устраивал. Закрытое заседание военной коллегии Верховного суда СССР происходило 9-го июля 1941 года и продолжалось лишь несколько минут. «Судил Вавилова сам В.В. Ульрих, председатель военной коллегии. В протоколе время начала и конца заседания не отмечено, текста – 2 страницы. Николай Иванович не признал себя виновным. В постановлении на арест утверждалось, что он был одним из руководителей антисоветской, шпионской, контрреволюционной организации «Трудовая крестьянская партия» и по его заданию в ВИРе проводили специальные исследования, опровергавшие новые теории Мичурина и Лысенко. Свидетели по делу не допрашивались» (2, стр. 7). Вавилову выносят приговор – высшая мера наказания, расстрел. В помиловании Вавилову было отказано, и он был переведен в Бутырскую тюрьму для приведения приговора в исполнение.

Но Вавилова не расстреляли в Бутырской тюрьме. Расстрел был отсрочен на полтора года. Фактически мгновенная смерть была заменена медленной мучительной смертью.

2-го октября 1941 года Вавилов был переведен из Бутырской тюрьмы во внутреннюю тюрьму НКВД, а 15-го октября ему было заявлено, что он получит полную возможность научной работы как академик и что это будет выяснено окончательно в течение двух-трех дней. Очевидно, речь шла о его работе в одном из тюремных институтов. 8-го августа 1941 года Вавилов обращается к Берии с просьбой дать ему возможность закончить в течение полугода составление "Практического руководства для выведения сортов культурных растений, устойчивых к главнейшим заболеваниям", а в течение 6 - 8 месяцев закончить при напряженной работе составление "Практического руководства по селекции хлебных злаков" применительно к различным условиям СССР. Но он так и не получает ответа из НКВД.

С началом войны жена (доктор биологических наук Е. И. Барулина) и сын Вавилова были эвакуированы из Подмосковья в Саратов. Там жила сестра жены Николая Ивановича. В середине октября немецкие войска подходят вплотную к Москве, и многих важных заключенных этапируют из столицы на восток. Николая Ивановича решено было этапировать в Свердловск. Но это оказалось невозможным, поскольку пути были разбомблены вражеской авиацией. Тогда стрелки перевели на саратовское направление. 29-го октября 1941 года Вавилова на поезде привозят в Саратов. Вавилов попадает в корпус, где содержали наиболее крупных общественных и политических деятелей. Здесь с ним вместе оказались редактор "Известий" Ю. М. Стеклов, философ, историк и литературовед, директор Института мировой литературы Академии наук СССР академик И. К. Луппол и другие крупные деятели. Сначала Вавилов сидел в одиночке, а затем он попал в камеру, где его соседями оказались И. К. Луппол и инженер И. Ф. Филатов. Несмотря на ухудшающееся здоровье, Вавилов не падает духом и ободряет товарищей. Вавилов держался очень стойко, был бодр и прочитал в камере 101 час лекций по биологии, генетике, растениеводству. Он был настроен оптимистически, много рассказывал о путешествиях. Виновником своего ареста он называл Лысенко.