Интенсивная кампания против академика Н.И. Вавилова и его соратников не могла не отразиться и на положении в самом институте растениеводства, куда И.И. Презент стал часто наведываться в качестве эмиссара. Внутри института была создана антивавиловская группа. «Вавилон» хотели взорвать изнутри.

Раскол в институте растениеводства усилился особенно после того, как заместителем директора Т.Д. Лысенко назначил молодого специалиста С.Н. Шунденко, не посчитавший с резкими протестами Вавилова, который считал Шунденко малоспособным работником и презирал его за угодничество по отношению к Т.Д. Лысенко. Группа Шунденко и Шлыкова всячески старалась навязать парторганизации ВИРа резолюцию об освобождении Н. И. Вавилова с поста директора.

За период с 1924 по 1940 год в ВИРе было арестовано 18 ученых-биологов. Несмотря на хлопоты директора, спасти Т.А. Максимову, С.И. Королева, В.П. Кузьмина, А.А. Орлова и многих других не удается. Но разрушали «Вавилон» и по-другому. Так, Ф.Х. Бахтеев, ученик Н.И. Вавилова на страницах между народного журнала поведал, что в июне 1939 года Лысенко зазвал его к себе в кабинет и напрямик предложил ему бросить своего учителя и начать научную деятельность под его руководством. На решительный отказ Лысенко ответил: «Думай, думай! Только не забывай, что у меня не так много времени для того, чтобы тратить на разговоры с тобой!». (14, стр. 139)

ВИРу тем временем наносятся другие незаживающие раны. Ликвидировано институтское издательство, в то же время лысенковцы захватили все сельскохозяйственные издательства страны. Вавиловцы теряют возможность публиковать свои работы.

От института одна за другой «отходят» опытные станции. Такие станции в разных климатических и почвенных зонах были необходимы для проверки и размножения вировских растительных коллекций. Отторгаются украинская, белорусская, воронежская, северодвинская, сухумская станции.… Вместе со станциями уходили и лица, из которых каждый был незаменимым знатоком одной или нескольких культур во всесветном масштабе. ВИР терял свое главное, столь дорогое Николаю Ивановичу, качество – энциклопедичность.

Бюджет ВИРа трещит не только из-за «никому не нужных экспедиций». С 1937 года Наркомзем резко снижает ассигнования на крупнейшее свое научное учреждение. При осаде Вавилона начинает играть немалую роль финансовый таран.

До какой-то поры Вавилов воздерживался от прямых дискуссий, понимая, что советская пресса, несомненно, поддержит не какого-то там профессора-буржуя, на которого он походил, а выходца из крестьянской семьи. Такая терпимость привела к тому, что Лысенко стал высказываться совсем просто: «Что это еще за ген, кто его видел? Кто его щупал? Кто его на зуб пробовал?» А некто А.К. Коль в статье, напечатанной в журнале «Природа», заявил: «Вавилов и его сотрудники, посещая Абиссинию, Палестину, Северную Африку, Турцию, Китай, Японию, Монголию и другие страны, интересовались не столько отбором наилучших для Союза экотипов, как это делали американцы, сколько сбором морфологических диковинок для заполнения пустых мест его гомологических таблиц».(4, стр. 363)

Вот начало статьи того же автора в газете «Экономическая жизнь» за 1931 год: «Революционное задание В.И. Ленина обносить землю совземлю новыми растениями оказалось сейчас подмененным реакционными работами по прикладной ботанике над центрами происхождения растений. Под прикрытием имени Ленина окрепло и завоевывает гегемонию в нашей сельскохозяйственной науке учреждение, насквозь реакционное, не только не имеющее никакого отношения к намерениям Ленина, но им классово чуждое и враждебное. Речь идет об Институте растениеводства Сельскохозяйственной академии им. Ленина». (1, стр. 98)

Некто Г. Шлыков в журнале «Советские субтропики» писал: «Н.И. Вавилов пытается спрятаться за одобрение его теории мировой, т.е. буржуазной, литературой. Кому же неизвестно, что эта литература не признает научной значимости марксизма-ленинизма, отрицает материалистическую диалектику?» И дальше целая страница доказательств того, что вавиловский закон гомологических рядов не только порождение буржуазной науки, но и научная база фашистских расовых «драконовских законов». (14, стр. 135)

Вот цитата из статьи 1939 года: «Заморозив в своих 2-3 растительных кладовых сотни тысяч подчас ценнейших для производства и селекционной работы растений, работники ВИРа ревниво охраняют этот запас, как скупые рыцари, сидящие на сундуках с золотом… Правда, иногда И.В. Мичурин получал от ВИРа несколько штук семян или косточек кое-каких растений, но они, как правило, всегда были невсхожи». (14, стр. 134)

В марте 1939 года во Всесоюзном институте растениеводства проходила выездная сессия областного бюро секции научных работников, на которой состоялся откровенный обмен мнениями, ярко выявивший противоречия, раздиравшие сельскохозяйственную и биологическую науку.

Н.И. Вавилов спокойно и мужественно воспринимал критику. Осветив в своем выступлении замечательные по своей значимости итоги работы института, рассказов о внедрении в практику сельского хозяйства десятков новых сортов различных растений (один только ячмень селекции ВИРа занимал в тот период половину всех площадей под ячменем в СССР), Вавилов сжато, но очень ярко охарактеризовал существо тех трудностей, перед которыми стояла наша наука:

«Крупным специфическим дефектом в нашей обстановке является разноголосица, которая существует сейчас в науке, и это очень сложный вопрос. Мы большое учреждение, охватываем громаду науки, вопрос о культурах, об их распределении, об их введении в жизнь, о земледельческом освоении территории, Вопрос сейчас идет не о всей громаде, вопрос идет о генетики, но участок стал злободневным, ибо наши концепции очень расширились. Конечно, как всегда в науке, вопрос решит прямой опыт, решат факты, однако это длительная операция, особенно в нашем деле селекционном.

Надо сказать, что у нас здесь получается разноголосица очень серьезная.

Я не могу здесь на ней остановиться подробно, но скажу, что существует две позиции: позиция Одесского института (последователи Лысенко) и позиция ВИРа. Позиция ВИРа – это позиция современной мировой науки, в этом нет никакого сомнения, науки, написанной не фашистами, а просто передовыми тружениками. И если бы мы собрали здесь аудиторию, состоящую из самых крупных селекционеров, практиков и теоретиков, то я уверен, что они голосовали бы с вашим покорным слугой, а не с Одесским институтом. Это дело очень сложное. Приказом, хотя бы Наркома, такое дело не решается. Пойдем на костер, будем гореть, но от своих убеждений не откажемся. Говорю вам со всей откровенностью, что верил, верю и настаиваю на том, что считаю правильным, и не только верю, потому что вера в науке – это чепуха, но говорю о том, что я знаю на основании огромного опыта.