Позднее в компетенцию Конституционного Суда привносились пункты изменений и дополнений действовавшей в тот период Конституции существенные новеллы, хотя Закон о Конституционном суде не менялся. Расширение круга полномочий этого органа обуславливалось также интеграцией в государственное строительство России принципов федерализма и подписанием Федерального договора, потребовавшего дополнения Основного Закона.

Конституция и прежний Закон о Конституционном Суде Российской Федерации не установили порядка выдвижения кандидатов судьи. На практике выдвижение кандидатов осуществлялось различными фракциями Верховного Совета Российской Федерации. Выдвинутые кандидатуры обсуждались комитетами парламента, затем – Верховным Советом. Обсуждение кандидатов в судьи, набравших наибольшее число голосов в процессе предварительного рассмотрения, было продолжено на пятом Съезде народных депутатов Российской Федерации. В частности, на заседаниях трёх комитетов Верховного Совета были предварительно рассмотрены тридцать восемь кандидатур, но двадцати их которых комитеты вынесли положительное заключение. Кроме того, комитетами Верховного Совета по законодательству, по вопросам законности, порядка и борьбы с преступностью и правам человека были рекомендованы ещё три кандидатуры, не набравшие установленного числа голосов.

30 октября 1991 года одиннадцать судей Конституционного Суда были приведены к присяге и торжественно поклялись истинно добросовестно исполнять обязанности судей Конституционного Суда, защищать конституционный строй и верховенство Основного Закона, подчиняясь при этом только Конституции Российской Федерации, ничему и никому более. Эту дату можно считать днём рождения Конституционного Суда Российской Федерации.

На своём первом организационном заседании Конституционный Суд избрал Председателем Суда Зорькина В.Д Заместителем Председатель был избран Витрук Н.В., секретарём суда – Рудкин Ю.Д.

Фактически Суд начал действовать в январе 1992 года и по сентябрь 1993 года рассмотрел более тридцати дел. Однако события сентября-октября 1993 года прервали относительно плавное течение политического процесса в стране. Указ Президента Российской Федерации от 21 сентября 1993 года № 1400 «О поэтапной Конституционной реформе в Российской Федерации» прекратил «осуществление законодательной, распорядительной и контрольных функций Съезда народных депутатов Российской Федерации и Верховным Советом Российской Федерации» (пункт.1). В ответ Верховный Совет констатировал прекращение полномочий Президента Российской Федерации Б.Н. Ельцина и переход полномочий Президента Российской Федерации к вице-президенту Российской Федерации А.В. Руцкому.

3-4 октября противостояние с исполнительной и законодательной властей достигло апогея. Уличные столкновения и обстрел из орудий Дома Советов Российской Федерации привели к многочисленным человеческим жертвам. Председатель Верховного Совета Р.И. Хасбулатов, вице-президент А.В. Руцкой и другие защитники Дома Советов были арестованы. Первый парламент России, законодательно обеспечивший начало преобразований в стране, прекратил своё существование.

Под угрозу было поставлено и существование Конституционного Суда Российской Федерации. В Указе Президента Российской Федерации от 7 октября 1993 года №1612 «О Конституционном Суде Российской Федерации» утверждалось, что суд оказался в глубоком кризисе. Дважды в течение 1993 года он своими постепенными действиями и решениями ставил страну на грань гражданской войны. Но когда угроза гражданской войны становилась реальной, Конституционный Суд бездействовал. Также говорилось, что Конституционный Суд из органа конституционного правосудия превратился в орудие политической борьбы, представляющее «исключительную опасность для государства».

В связи с этим Президент Российской Федерации констатировал «невозможность деятельности Конституционного Суда в неполном составе». В Указе было прямо подписано не созывать его заседания до принятия новой Конституции Российской Федерации. Будущему Федеральному Собранию, в свою очередь, было предложено рассмотреть в качестве первоочередного вопроса об организационно-правовых формах осуществления конституционного правосудия в Российской Федерации. Это означало приостановление деятельности Конституционного Суда Российской Федерации по осуществлению судебного конституционного контроля в Российской Федерации. Указом Президента исполняющему обязанности Председателя Конституционного Суда Российской Федерации было предложено лишь обеспечить деятельность судей и аппарата Конституционного Суда по подготовке предложений для Федерального Собрания Российской Федерации, об организационно-правовых нормах осуществления конституционного правосудия в Российской Федерации, включая возможность создания Конституционной коллегии в составе Верховного Суда Российской Федерации, подготовке всех необходимых материалов по находящимся в производстве Конституционного Суда делам для последующего их рассмотрения; опубликованию решений и иных материалов Конституционного Суда Российской Федерации.

Принятие Конституции Российской Федерации открыло новый этап становления и развития конституционного правосудия в России. Но понадобилось ещё семь месяцев, чтобы 12 июля Совет Федерации одобрил принятый Государственной Думой 24 июня 1994 года Федеральный конституционный закон «О Конституционном Суде Российской Федерации» 21 июля 1994 года этот закон явившимся первым в ряду федеральных конституционных законов, принятие которых предусматривается Конституцией Российской Федерации 1993 года, был подписан Президентов Российской Федерации и со дня официального опубликования 23 июля 1994 года вступил в силу.

В феврале 1995 года завершилось формирование полного состава Конституционного Суда. По представлению Президента Российской Федерации судьями были назначены профессора М.В. Баглай, В.Г. Стрекозов, В.А. Туманов, О.С. Хохрякова, а также авторитетные практики Ю.М. Данилов и В.Г. Ярославцев. В марте 1995 года Председателем Суда был избран В.А. Туманов, заместитель Т.Г Моршакова, секретарём суда Ю.Д. Рудкин. Тем самым было положено начало реальному функционированию модели конституционного строя России, базирующегося на принципе народовластия как основе государства, федерализме, государственном суверенитете, правах и свободах человека как высшей ценности, верховенства права, политическом плюрализме, разделении властей, многообразии форм экономической деятельности, полноправном участии России в мировом сообществе.

В деятельности судебного конституционного контроля начался новый этап. В обращении к судьям Конституционного Суда в марте 1995 года Президента Российской Федерации в связи с этим было подчёркнуто: в стране идёт процесс укрепления конституционных органов власти, формируется правовое государство. Роль Конституционного Суда при этом чрезвычайно важна. От Конституционного Суда в значительной степени зависит реальное действие Конституции Российской Федерации, упрочнение основ конституционного строя, защита прав и свобод человека. Своими решениями судьи Конституционного суда способны оказать большое влияние на воспитание в россиянах уважение к праву, закону, правосудию. Новый Основной Закон отказался от определения Конституционного Суда как высшего судебного органа конституционного контроля в Российской Федерации, осуществляющего судебную власть в форме конституционного судопроизводства, которое содержалось первом абзаце 165 статьи примений Конституции.