Для того чтобы четко определить компетенцию территори­альной прокуратуры, необходимо прежде всего выяснить полномочия военной прокуратуры: она осуществляет надзор за ис­полнением законов в Вооруженных Силах. В упомянутом при­казе Генерального прокурора в числе поднадзорных военной прокуратуре субъектов не выделено само Министерство оборо­ны РФ, хотя по Закону о прокуратуре Российской Федерации оно наряду с другими министерствами ей поднадзорно. Глав­ный военный прокурор и подчиненные ему прокуроры надзи­рают за исполнением законов Министерством обороны, его структурными подразделениями (управлениями, отделами, сек­торами), а также всеми подчиненными ему органами военного управления (командованием округов, гарнизонов, краевыми, областными, городскими, районными военными комиссариата­ми). Надзор распространяется на воинские части, соединения, различные учреждения, подчиненные Министерству обороны, на всех военнослужащих, граждан, находящихся на воинских сборах, работающих в воинских организациях по трудовому договору, а также на различные воинские формирования, не входящие в состав Министерства обороны: Главное управление охраны, Пограничную службу, Службу внешней разведки, Фе­деральное агентство правительственной связи и информации, Федеральную служба железнодорожных войск, а равно и на все подчиненные им органы.

Кроме того, воинские подразделения находятся и в подчине­нии других министерств, ведомств, надзор за соблюдением за­конности которыми реализует территориальная прокуратура, а за исполнением законов воинскими образованиями — военная. Например, в составе МВД РФ находится Главное командова­ние внутренних войск МВД (Главкомат ВВ МВД РФ). Надзор за исполнением законов самим Министерством внутренних дел и всеми подчиненными ему органами — компетенция террито­риальной прокуратуры, а надзор за соблюдением законности во внутренних войсках — компетенция военной прокуратуры.

Министерству по делам гражданской обороны, чрезвычай­ным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий подчиняются определенные воинские соединения. Здесь над­зорные функции распределяются так же: в отношении военных их выполняет военная прокуратура, а в отношении самого министерства и его органов — территориальная.

От военной прокуратуры обособлены прокуроры войсковых частей. Они подчиняются Второму управлению Генеральной про­куратуры РФ, и деятельность их связана с обеспечением закон­ности в закрытых административно-территориальных образова­ниях, особо важных и особо режимных объектах. В этих зонах работа выполняется воинскими формированиями, при которых созданы прокурорские органы. Их должностные лица именуют­ся прокурорами войсковых частей и располагают двумя видами полномочий: полномочиями военной и территориальной про­куратур. Как военные прокуроры они надзирают за соблюдени­ем законности в самих воинских частях, органах управле­ния, занятых на строительстве, эксплуатации особо важных и особо режимных объектов. Как территориальные — за испол­нением законов органами местного самоуправления, предпри­ятиями, учреждениями, организациями, органами контроля закрытых административно-территориальных образований, особо важными и особо режимными объектами. Само же Второе управление Генеральной прокуратуры осуществляет надзор за исполнением законов федеральными министерствами, ведомствами, представительными и исполнительными органами субъек­тов РФ в части, касающейся режимных территорий и объектов. Прокуроры же войсковых частей надзирают за соблюдением за­конности подчиненными им органами, расположенными на их территориях.

В упомянутом приказе Генерального прокурора РФ «О раз­граничении компетенции территориальных прокуроров и про­куроров специализированных прокуратур» компетенция транспортной прокуратуры определена наиболее полно. В нее входит надзор за исполнением законов учреждениями государственно­го таможенного комитета, предприятиями, организациями, об­щественными объединениями, должностными лицами системы Министерства путей сообщения, Министерства транспорта, Фе­деральной авиационной службы, Федеральных служб морского и речного флотов, Межгосударственного авиационного комитета.

При определении компетенции транспортной прокуратуры имеет значение место совершения правонарушений. Если они совершены на территории транспортных предприятий (на вок­залах, пристанях, платформах, в полосе железных дорог и т. д.), то независимо от категории правонарушителей меры по их выявлению, привлечению виновных лиц к ответственности прини­мают транспортные прокуроры.

Можно выделить два ограничения полномочий транспортных прокуроров. Первое касается учреждений, предприятий и орга­низаций автомобильного транспорта, осуществляющих между­городные и международные перевозки. За соблюдением ими законов надзирает территориальная прокуратура по месту их нахождения. Второе относится к учреждениям, предприятиям, организациям городского, внутрирайонного транспорта (трамвайно-троллейбусные депо, автотресты, иные объединения), которые поднадзорны прокурорам районов, городов.

Деятельность природоохранной прокуратуры связана с обеспечением строгого и точного исполнения природоохранного законодательства, направленного на создание благоприятной экологической обстановки в стране. Перед государством и обществом возникла сложная задача: предотвратить экологическую катастрофу, сохранить на Земле животный и растительный мир.

С этой целью была образована природоохранная прокуратура, основное назначение которой — проведение последовательной и решительной борьбы с нарушениями законов, направленных на охрану лесов, вод, воздуха, земли и т.д. К компетенции этой прокуратуры относится надзор за исполнением законов прежде всего природоохранными органами государственного управле­ния, различными инспекциями, санитарно-эпидемиологической, ветеринарной службой и т. д. Необходимо активизировать их деятельность по борьбе с нарушениями природоохранного зако­нодательства, усилить надзор за исполнением последнего руко­водством заводов, фабрик, комбинатов и других предприятий, представляющих повышенную опасность для окружающей при­родной среды. Перечень таких предприятий определяется про­курором республики, края, области, автономного округа. На­пример, в акватории Волги данный перечень устанавливается Волжским природоохранным прокурором по согласованию с про­курорами республик, областей.

Последний вид специализированной прокуратуры — проку­ратура по надзору за исполнением законов при исполнении уголовных наказаний. Ее органы создаются в местах сосредото­чения исправительных учреждений. Практически они не обра­зуют систему и действуют на том же уровне, что и районные прокуроры, подчиняясь соответственно прокурору республики, области, края, на территории которых находятся. Если в том или ином регионе имеется одно исправительно-трудовое учреж­дение, то надзор за исполнением им законов осуществляет прокурор района, города. Специализированная же прокуратура обеспечивает соблюдение законности в исправительных коло­ниях всех режимов, воспитательных учреждениях, тюрьмах, след­ственных изоляторах и т.п. Этот надзор касается как админи­страции мест лишения и ограничения свободы, так и находящихся в них граждан. Прокуроры, с одной стороны, реализуют функцию уголовного преследования (все осужденные должны подвергнуться воспитанию и перевоспитанию в духе добро­совестного отношения к труду, соблюдения правил социально­го общежития), а с другой — выполняют правоохранительную функцию (охрана прав осужденных, неприкосновенность лич­ности граждан, если они содержатся в исправительных учреж­дениях без законных оснований).