В годы регентства дома Ходзё (1199 - 1333) самураям впервые в истории довелось столкнуться с внешним врагом. Япония оказалась перед лицом внешней опасности - монгольского нашествия (гэнко), которое существенно повлияло в дальнейшем на обстановку в стране в целом, затронув в значительной степени и самурайство. Дважды (в 1274 и 1281 гг.) монгольские завоеватели под предводительством внука Чингисхана Хубилая, завершившего покорение Китая и фактически овладевшего Кореей, пытались подчинить своей власти последний независимый клочок суши в Восточном море - Японскую империю. Дважды объединённые монголо-китайские силы пытались совершить высадку на юге архипелага, и оба раза беззаветная храбрость самурайского ополчения, поддержанная силой тайфунов - "камикадзэ", одерживала победу. Особенно кровопролитным было второе сражение на острове Кюсю, длившееся сорок девять дней и закончившееся полным разгромом монголо-китайских полчищ. Монголы в тот период были, несомненно, носителями самой передовой в мире военной техники, заимствованной чуть ли не во всех странах Азии и Европы. Их короткие луки были вдвое более дальнобойными по сравнению с огромными японскими "юми", лёгкие доспехи и сабли позволяли лучше маневрировать в бою. Они использовали пушки и катапульты с пороховыми снарядами. Их тактика конных атак была отработана до мелочей в бесчисленных завоевательских походах. Немалый урон причиняли самурайским дружинам и китайские копейщики, завербованные в экспедиционный корпус.

Но наибольшим шоком для буси, привыкших к определённому военному церемониалу, было полное отсутствие уважения к противнику. Обычно в междоусобных баталиях воину надлежало выбрать себе достойного противника и после обмена приветствиями и соответствующими изысканными оскорблениями по всем правилам сразиться. Поле боя подчас превращалось в сплошные "парные турниры" с выбыванием участников. Не принято было нападать сзади, не окликнув предварительно жертву, прибегать к помощи слуг и оруженосцев, если к тому не понуждали чрезвычайные обстоятельства. Отрезанная голова противника, которая потом демонстрировалась сюзерену и выставлялась на всеобщее обозрение, была не просто варварским трофеем, а самым достоверным сертификатом личного участия в схватке с равным. Монголы же применяли исключительно тактику массовой атаки и набрасывались на горделивых буси, как стаи голодных собак. Известно, что и "трофеи" они брали анонимные, указывающие лишь на количество жертв, а именно уши врага.

При вторжении Хубилая самурайские дружины впервые столкнулись с новой для них тактикой ведения войны, заключавшейся во взаимодействии всех подразделений войска, общем командовании, в действиях флангов (обходы и окружения) и т.д., а также с незнакомым доселе огнемётным оружием (ими применялась метательная артиллерия китайского типа - балисты), которое уничтожило и сожгло большую часть береговых укреплений японцев.

Тем не менее интересно, что японские воины, одержав победу и захватив множество пленных в полном вооружении, даже не подумали воспользоваться опытом пришельцев. Разве что приёмы владения копьём были несколько усовершенствованы. Все прочие виды воинских искусств без изменения благополучно дожили до XVI в., когда с появлением португальцев в армию стало широко внедряться огнестрельное оружие - мушкеты, пушки, пистолеты. Появились даже специальные части пехотинцев-мушкетёров, которые сильно поколебали престиж непобедимых конных рыцарей. Но верность традиции возобладала. Буси вплоть до середины XIX в. пренебрегали "огненным боем", который шёл в разрез с высокими идеалами будзюцу. Тем не менее это заложило основу новой военной организации, которая, при использовании военного опыта португальцев, помогла впоследствии полководцу Хидэёси во многих его победах. Претерпело изменение также и военное снаряжение, которое стало изготавливаться в соответствии с требованиями маневренного боя в более облегчённом варианте.

Монгольское нашествие потребовало мобилизации всех внутренних сил страны и создало предпосылки для кризиса мелкопоместного хозяйства и ослабления самурайства: буси, в частности, перестали получать средства от даймё и должны были нести службу за свой счёт. В это время появилась тенденция к распаду системы сёэн (средних и мелких хозяйств) и образованию новых крупных земельных поместий, в которых искали покровительства многочисленные самураи окончательно оторванные от сельского хозяйства.

Окончательное размежевание сословий крестьян и самураев произошло в начале периода Асикага, между 1321 и 1334 гг.

В начале XIV в. разгорелась борьба между даймё юго-западных и восточных областей, вызванная неравномерным экономическим развитием отдельных провинций. Даймё более развитого юго-запада объединились под руководством Нитта Ёсисада и Масасигэ Кусуноки и разгромили сиккэнов. Имена этих двух великих воинов, сражавшихся против дома Ходзё, гремели по всей стране, они не знали поражений в боях. Кусуноки выступал в защиту императора Годайго, оскорблённого заносчивыми временщиками. С горсткой бойцов ему удалось отстоять небольшую крепость Тихая и обратить в бегство нападавших. Последним примером вассальной верности Кусуноки стала битва при Минатогава, где мужественный полководец совершил сэппуку, прикрыв отход своего сюзерена.

Однако власть захватил, опираясь на военную силу и не считаясь с интересами представителей рода Ходзё, управлявших Японией с 1219 г. в качестве так называемых своих союзников, Асикага Такаудзи (1305 - 1358), который ниспроверг власть Ходзё в 1333 г. и на два века установил правление новой династии сёгунов Асикага (Муромати-бакуфу). Война возобновилась и продолжалась до 1392 г. под названием Намбокутё-дзидай (период двух правительств, 1331 - 1392 гг., когда Южное правительство (или династия) поддерживало императора Годайго и носило название Нантё, Северное правительство (Хокутё) - императора Комё), закончившись победой рода Асикага.

С начала XV в. Япония надолго погружается в состояние всеобщего хаоса, а её территория почти повсеместно становится ареной военных действий. Вершиной этих столкновений была война между домами Сиба Хатакэяма, Хосокава и Ямана, получившая название "смута годов Онин" (1467 - 1477). Эта война способствовала ещё большему усилению раздробленности и концентрированию земельных владений в руках нескольких сотен крупных даймё.

Междоусобицы, длившиеся десятилетиями, подорвали экономику всех провинций Японии, вызвали упадок земледелия; из-за войн крестьянство на долгое время отрывалось от земли, подвергалось нещадной эксплуатации и поборам, облагалось налогами. Ухудшение положения крестьянских масс приводило к частым крестьянским восстаниям, к которым нередко примыкали ронины и разорившиеся самураи. Наиболее значительным из них было восстание крестьян провинции Ямасиро, установившее крестьянское самоуправление, которое просуществовало восемь лет (1485 - 1493).

К началу XVI в. сёгуны Асикага теряют всякий контроль над крупными землевладельцами, Япония распадается на ряд независимых княжеств с влиятельными даймё во главе. Наступает наиболее смутное и тяжёлое время в истории японского средневековья - период военной анархии, или, как его назвали, "Сэнгокудзидай" - "период сражающихся областей". Непрерывные гражданские войны "всех против всех" длились с 1507 по 1573 г.