Однако Чэнь Юаньбин не был первым, кто познакомил японцев с шаолиньским ушу. По свидетельству хроник Шаолиня, начиная с XIV века в нем периодически обучались японские монахи, многие из которых активно занимались ушу. Так в 1312-1324 годах в Шаолине жил японец, известный под монашеским именем Дачжи. Уже через несколько лет после своего прихода в монастырь он стал одним из ведущих специалистов по кулачному бою и искусству владения палкой, и добился такого уважения у китайских собратьев, что был допущен на занятия главного наставника Шаолиня по ушу мастера Хуэйвэня, который впервые в истории монастыря передал иностранцу секреты техники боя с 18 каноническими видами оружия.

В мае 1327 года в Шаолинь пришел сын Дачжи, принявший монашеское имя Дэши. Он должен был провести в монастыре три года, но монахи, подружившиеся с умным, трудолюбивым и дружелюбным японцем, упросили настоятеля разрешить Дэши остаться в монастыре еще на несколько лет, благодаря чему он получил возможность овладеть "тайными" разделами кулачного искусства, к изучению которых допускались лишь старшие монахи.

В 1347-1379 годах в Шаолине обучался японский монах, известный под китайским монашеским именем Чжаоюань. В "Хрониках Шаолиньского монастыря" о нем говорится: "Он искушен в китайском языке и каллиграфии. Сначала он занимал пост делопроизводителя, а затем - старшего монаха, к тому же он в совершенстве овладел техникой шаолиньского боевого искусства".

Вообще в XVI-XVIII китайские ушу оказали колоссальное влияние на развитие дзю-дзюцу. Благодаря им в арсенал боевого искусства Японии вошли разнообразные удары руками и ногами, многочисленные варианты болевых и удушающих захватов. "Хроники воинских дел" ("Будо дзенрайки") сохранили имена некоторых мастеров дзю-дзюцу периода междоусобных войн (XV - XVI вв.), таких, как Хитоцубаси Дзёкэн и Сикигути Дзюсин. Однако об из жизни и деятельности почти ничего не известно. Большинство сведений о мастерах бу-дзюцу заключено в своде "Биографии основателей школ" ("Дэнсё"), также неполном и малодоступном. Описания, содержащиеся в "Дэнсё", относятся главным образом к эпохе Токугава - периоду продолжительного мира, когда после нескольких веков беспрерывных смут самурай мог наконец самозабвенно посвятить себя любимым занятиям и вволю порассуждать на тему о воинских искусствах. Количество школ дзю-дзюцу при Токугава достигло рекордной цифры - около семисот.

Как уже отмечалось, большинство школ дзю-дзюцу строили свои занятия не только и не столько на отработке приёмов без оружия, сколько на освоении приёмов против оружия с голыми руками и против оружия с оружием, то есть комбинированного рукопашного боя.

Так, из сочетания кэн-дзюцу и дзю-дзюцу родились школы Араки-рю (основана Араки Матаэмоном в начале XVII в.), Асаяма итидэн-рю, Мусо-рю, Син-син-рю,ю Ёсин-рю, Кураку-рю, Итин-рю, Тэнcин Cинъё-рю (синтезировавшая традиции Ёсин-рю и Син-но синдо-рю и прославившаяся такими мастерами, как Минамото-но Масатори и Янаги Сэкидзай).

Самурайский клан Курода вошёл в историю дзю-дзюцу благодаря заслугам Сасабара Сиродзаэмона, основателя мощной школы Рёи синто-рю (XVII в.), конкурировавшей впоследствии с мастерами дзю-до, воспитанниками Кано Дзигоро на решающем турнире.

Влиятельная школа Ягю-рю, основанная в конце XVI в. Ягю Мунэёси, снискала зловещую популярность благодаря коварным интригам и вероломству Ягю Мусэмори, наставника фехтования при дворе сёгуна Токугава Иэмицу,- того самого, которому адресовал свои назидания преподобный Такуан.

Большую роль в становлении современных воинских искусств сыграли школы Кито-рю и Дайто-рю. Школы чаще всего ожесточённо соперничали друг с другом, доказывая превосходство броска через бедро, подсечки опорной ноги или удара кулаком в переносицу. Различия между ними заключались в постановке дыхания, способах и в преобладании той или иной группы приёмов: бросков с участием бёдер и корпуса, бросков при помощи болевых заломов рук, удушающих захватов или подсечек с подкатом, рубящих или тычковых ударов. Однако общих черт было несравнимо больше, что позволило впоследствии создать на основе дзю-дзюцу универсальные системы борьбы - дзю-до и айкидо.

Как уже говорилось выше, самураи использовали искусство борьбы без оружия в том случае, когда меч ломался, при внезапном нападении неприятеля ночью или же при переходе воинов после сражения на мечах к рукопашному бою. Кроме того, самураи применяли свои секретные приёмы в случаях, когда было нежелательно употребление меча. Так, во время шествия торжественной процессии даймё (даймё-рёгэцу), окружённого свитой своих самураев, каждый местный житель или путник должен был выражать своё почтение князю коленопреклонением, при котором кланяющийся касался лбом земли. В случае неуважительного отношения к феодалу, выражавшегося в нежелании кланяться, вассалы даймё использовали против "упрямцев" не меч, хотя они имели на это право, а приёмы дзю-дзюцу, избегая тем самым особого внимания со стороны публики.

Дзю-дзюцу воины обучались в многочисленных клановых школах под наблюдением опытных наставников, причём тайна приёмов строжайше охранялась, что делало эту борьбу привилегией только высших сословий, недоступной для народа. В противоположность дзю-дзюцу, японские крестьяне, не имевшие права носить мечи, разработали свою собственную систему борьбы без оружия, при помощи которой они могли обороняться от вооружённых самураев. Эта борьба называлась каратэ-дзюцу или каратэ-до. В её основу легли древние приёмы рукопашного боя, заимствованные жителями о-вов Рюкю из Китая. Не удивительно, что идея заимствования этих приёмов возникла первоначально именно у рюкюских крестьян, которые по своей этнической принадлежности были отличны от собственно японцев, удерживавших население Окинавы и других островов архипелага в подчинении при помощи силы самурайских дружин из Японии. Самураи начинали упражняться в искусстве борьбы ещё мальчиками, но даже самым крепким из них требовалась непрерывная практика в течении нескольких лет, чтобы овладеть её приёмами.

Школы формировались исторически, согласно принципам кровного родства (сэй) или профессиональной общности (дай). Чаще всего в период зрелого и позднего средневековья рю действовали в рамках отдельных самурайских кланов и являлись достоянием клана.

Официальный руководитель школы назывался иэмото (букв. "глава дома"). Со временем система иэмото превратилась в широко разветвлённый узаконенный институт, объединяющий не только традиционные искусства, но и такие разнородные области, как придворная музыка, сложение пятистиший - танка, гадание, каллиграфия, живопись, пение, соколиная охота, игра в мяч, аранжировка цветов, изготовление коллажей и фигурок из бумаги, театральные представления Ноо и т. д.

Целью создания системы иэмото была максимальная профессионализация всех "общественно-полезных" занятий по цеховому признаку, выработка канонов и раздел сфер влияния между конкурентами. Кроме того, в рамках каждой школы, как и в Китае, складывались особые отношения между наставниками и учениками, представлявшие собой странную смесь конфуцианских добродетелей, дзен-буддийской жизненной философии и низменных материальных расчётов. Целью обучения провозглашалось постижение великого Пути (кит. - Дао, яп.- До), присущего тем или иным предметам: мечу, копью, кулаку, цветам, чаю, бумаге и т.п. другими словами, учитель должен был раскрыть ученикам истинное предназначение данного предмета (например, меча) и научить извлекать из него все преимущества, которые этот предмет может дать в земной жизни.