В XII - XVI вв. "дзенсю" достигла наивысшего расцвета и стала наиболее влиятельной буддийской сектой, поддерживаемой правительством сёгунов. В то время дзен-буддизм оказал значительное воздействие на развитие всех областей культуры Японии. Само собой разумеется, что в первую очередь эту культуру воспринял сам господствующий класс средневековой Японии, в том числе и сословие самураев, которое пользовалось культурными ценностями, создаваемыми в стране. Однако в связи с развитием дзен самурайство несколько изменило свои воззрения на жизнь и смерть, культуру и её восприятие.

Дзен в тот период было уже не столь строгим учением, как первоначально. Наряду с тезисом о готовности в любую минуту хладнокровно уйти из жизни самураи приняли также положение, по которому человек одновременно обязан жить, наслаждаясь жизнью, вычерпывая её до самых глубин. "Солдатский дух должен был связывать себя с подлинной художественностью", а "японский воин - обладать не только военной доблестью (бу), но и культурой, гуманностью (бун)".

Так, некоторые самураи в редкие периоды мирного времени, кроме военных упражнений, предавались чайной церемонии, рисовали иногда тушью, любовались искусной аранжировкой цветов и даже принимали участие в представлениях театра. Но все эти элементы культуры средневековой Японии в большей или меньшей степени подвергались при своём развитии воздействию учению дзен или были порождены им. Хотя это и выглядело парадоксально, но в свете дзеновских утверждений о ненужности знаний, о закалке одной лишь воли индивидуума буси считали положительным и полезным для своей профессии восприятие подобных производных дзен, помогающих в сложении характера воина.

Создать надлежащую обстановку при молчаливом созерцании призваны были и сухие сады, которые первоначально устраивали дзеновские монахи в своих монастырях. Каменные сухие сады, названные японцами "садами медитации и мышления", представлявшие собой ровные площадки с установленными на них в определённом порядке камнями и окружённые глухими стенами (в качестве классического примера обычно приводится сад монастыря Рёандзи в Киото), наиболее подходили для упражнений в психотерапии, развивали философский образ мыслей в дзеновском понимании и учили "видеть скрытое содержание" того, что было не завершено, понимать внутреннюю глубину явлений (югэн).

После окончания периода междоусобных войн противоречия между дзен и воспитанием воина по системе дзен стали ещё заметнее. Самураи, переставшие участвовать в военных действиях, получили больше времени для образования вообще. Многие буси в силу различных обстоятельств оставляли свою профессию и становились учителями, художниками, поэтами.

Несмотря на то, что подавляющее большинство самураев были преемниками идей дзенсю, имелись и такие представители сословия воинов, которые следовали учениям других сект буддизма. Прежде всего это нужно сказать о секте "нитирэн", возникшей в середине XIII в. и проповедовавшей положение о непременном превращении через определённый срок всех существ и вещей в Будду, так как он заключается во всём, будь то человек, животное или какой-либо неодушевлённый предмет. Многие самураи, будучи сторонниками догм секты "нитирэн", являлись её членами, однако большинство приверженцев "нитирэн" составляли всё же деклассированное самурайство - ронины, крестьянство и другие эксплуатируемые слои общества.

Самураями почитались и отдельные божества буддийского пантеона. Особенно популярными среди сословия буси были бодхисаттвы Каннон (Авалокитешвара) - богиня милосердия и сострадания и Мариситэн (Маричи) - божество, покровительствующее воинам. По существующему обычаю перед началом военной компании самураи вкладывали в свои шлемы маленькие изображения Каннон; у Мариситэн воины часто просили покровительства и содействия перед поединком или сражении. Важное место в религиозном мировоззрении самураев занимал древний культ синто, который мирно существовал с буддизмом. Основной чертой этой религии японцев было почитание сил природы, местных божеств, предков. В качестве одной из трёх главных синтоистских святынь японцами рассматривался священный меч. (Тремя сокровищами синто считались меч, драгоценность (ожерелье из нефрита, яшмы или просто драгоценный камень) и зеркало.)

Меч (амэ-но муракумо-но-цуруги - меч небесных густых облаков) являлся символом самурайского воинства, храбрости и должен был направляться против врагов Японии.

Драгоценность (ясакани-но магатама - сияющая изогнутая яшма) символизировала совершенство, доброту, милосердие и в то же время твёрдость при управлении и повелевании. Древние воины носили целые связки магатама. Возможно, что магатама (первоначально зубы диких животных) служила древним японцам амулетом, как и у многих народов Сибири.

Зеркало (ята-но кагами) - было эмблемой мудрости и символом солнечной богини Аматэрасу. Оно использовалось часто в качестве предохраняющего талисмана.

(Все три этих атрибута синто служили нередко жертвами, приносимыми синтоистским божествам, а иногда и сами составляли синтай ("тело" бога) других богов).

Меч, наряду с зеркалом и драгоценностью, стал в ряде случаев рассматриваться синтоистами как "тело" или "облик" бога (синтай), который помещался в закрытой части главного храма любого комплекса синто - хонся. Иногда мечи не только служили синтаем, но и обожествлялись. Богом, почитаемым в Ацута, например, был пресловутый меч Кусанаги, (Кусанаги - букв. "косящий траву". По легенде меч, переданный Аматэрасу земным властителям Японии, получил такое название после того, как с его помощью спас свою жизнь императорский принц, завоевавший северные территории страны. Принц сумел остановить надвигавшийся на него огненный шквал тем, что скосил вокруг себя траву мечом). Добытый Сусаноо в хвосте убитого им змея, богом же Исоноками считался меч, названный "Фуцу-но Митами".

Кроме меча, синто освящало также другое оружие самураев, в частности копьё. В честь копья в одном из районов Эдо Одзи, (Многие военные праздники проводились именно в Эдо (нынешний Токио), так как этот город являлся столицей сегуната, в которой присутствовало всегда большое число феодальных князей, а следовательно и их вассалов - самураев. Устраивался 13 августа древний самурайский праздник "яримацури". Праздник проходил при обязательном присутствии двух самураев в доспехах чёрного цвета с копьями и мечами (у каждого из воинов на поясе висело по семь мечей длинной более четырёх сяку каждый - 1 сяку = 30,3 см.) и восьми мальчиков-танцоров, бросавших после исполнения танцев ("сайбара" и "дэнгаку") в толпу свои шляпы, которые рассматривались как талисманы счастья. В этот же день священники синто раскладывали в храме маленькие копья. Их разрешалось уносить верующим с собой, однако с условием возвращения на следующий год не одного, а двух таких же миниатюрных копий. Они служили амулетами, защищавшими якобы от воровства и пожара.