В северной и особенно в центральной частях заповедника, где главный водораздел Баргузинского хребта удален от Байкала на значительное расстояние и где среди основных форм рельефа большое место занимают равнины, схема вертикального распределения растительности имеет ряд своих особенностей. Здесь слабее выражен ложноподгольцовый пояс, а светлохвойные леса уходят по равнине и пологим возвышенностям до 20 км и более вглубь территории.

Несмотря на то, что лиственница лучше многих других хвойных пород приспособлена к суровым условиям высокогорий, далеко в горы и к верхней границе леса она не проникает. На юге заповедника она преобладает только на самой нижней части склонов, до 100 м выше уровня Байкала. Примерно до этой высоты в покрове доминируют багульник и брусника. Выше по склону растет сосновый лес с примесью лиственницы и кедра, а после 250 м обычно идут сосново-кедровые леса без участия лиственницы. Единичные экземпляры лиственницы встречаются до 450 м выше уровня Байкала. В центральной части заповедника лиственница проникает в глубь территории примерно на 18 км, а в северной — очень редко до 40 км. На мысах, обрывающихся к Байкалу, лиственница преобладает на северных и отчасти западных склонах.

Большая часть лиственничников или лесов с участием лиственницы имеет неустойчивый, временный характер. В них лиственница — либо первопоселенец естественно возникающих новых субстратов, либо звено в сменах растительности, происходящих после лесных пожаров. Среди всех типов лиственничников на северо-восточном побережье Байкала устойчивы только лиственничники багульниковые. В них не наблюдается тенденции смены лиственницы другими породами, даже при длительном отсутствии пожаров.

Подпояс смешанных темно хвойно-светлохвойных лесов простирается примерно от 600 до 900 м над уровнем моря. Его характерная особенность в том, что темнохвойные кедровые леса с пихтой занимают северные склоны. На хорошо прогреваемых южных и западных склонах преобладают сосняки. Лиственница в этих местах встречается в виде примеси. В зависимости от рельефа, экспозиции, крутизны склона и увлажненности почвы существует значительное разнообразие типов леса. В частности, на очень крутых, хорошо прогреваемых склонах встречаются сосняки мертво-покровные. Подлесок в них развит слабо и состоит из редких кустов кедрового стланика или ольховника и шиповника. Редкий и бедный покров состоит из куртинок брусники и некоторых других растений. Моховой покров практически отсутствует.

К числу широко распространенных типов леса относятся сосняки зеленомошные. В травяно-кустарничковом покрове встречаются черника, брусника, линнея северная, майник двулистный, ортилия однобокая, грушанка красная, плауны можжевельниковыи и сомнительный, папоротник щитовник Линнея. На каменистых участках распространен бадан толстолистный. Мохово-лишайниковый покров состоит из различных видов зеленых мхов, кладоний и других лишайников.

Самые крутые и сухие склоны южных экспозиций — исконные и устойчивые места обитания сосняков. Сосна здесь возобновляется и после пожаров. В нижней части темно-хвойно-светлохвойного подпояса встречаются сосняки брус-нично-багульниковые и сосняки с кедровым стлаником, имеющие в своей структуре много общего с лиственничниками багульниковыми. Сосняки с кедровым стлаником можно видеть и у верхней границы распространения сосны.

Кедровые и кедрово-пихтовые леса в заповеднике широко распространены на моренных и древних аллювиальных отложениях в долинах рек, а также на коренных склонах в верхней части горно-лесного пояса. Структура этих лесов разнообразна. В долинах рек на террасах, сложенных моренными отложениями, особенно часто встречаются кедровники-брусничники- Они составляют около 30% лесо-покрытой площади всего лесного пояса. Ближе к Байкалу, в полосе, подверженной температурной инверсии, в таких кедровниках существенную роль в древостое играет лиственница Чекановского, а в покрове — багульник болотный. Во втором ярусе, кроме кедра, встречаются пихта сибирская и ель сибирская. В подлеске чаше береза Мидден-дорфа, редкие кусты кедрового стланика, ольховник кустарниковый, можжевельник сибирский, рябина сибирская, шиповник иглистый, таволга средняя, жимолость Палласа, редко рододендрон золотистый.

В зависимости от рельефа, почв. увлажненности и удаленности от Байкала существует много вариантов кедровников: то более сухих, с участием сосны, то с большей долей лиственницы. Иногда это леса, где ель и пихта выходят в первый ярус. В увлажненных местах в подлеске пышно разрастается ольховник, а пихтовый стланик образует сплошные заросли. В долинах рек на низких надпойменных участках с хорошим увлажнением и богатыми почвами встречаются кедровники широкотравные со смешанным древостоем. Высота деревьев здесь более 27 м, подлесок очень пышный и богатый. На заболачивающихся участках кедровые леса становятся более разреженными, с признаками угнетенности. Появляются багульник, голубика, Кассандра- В травяно-кустарничковом ярусе везде то большую, то меньшую роль играют брусника, черника, водяника (шикша). изредка голубика, обильны линнея, майник, бадан, грушанка. плауны, два вида хвощей. Напочвенный покров состоит из зеленых мхов или сфагнов (в наиболее сырых местах). Разнообразны и обильны лишайники.

В оптимальной (средней) лесной полосе и в нижней части темнохвойного пояса на маломощных каменистых, достаточно увлажненных почвах широко распространены кедровники бадановые. Верхний ярус на затененных склонах обычно составляет кедр или кедр с небольшой примесью пихты. На склонах западной экспозиции бывает примесь лиственницы и сосны. Второй ярус образует пихта или пихта с примесью березы. В трав яио-кустарничке вом покрове преобладает бадан толстолистный, встречается черника, а кое-где и брусника, линнея северная, щитовник Линнея. Моховой покров обычно не сомкнут или отсутствует- На более увлажненных почвах развиты кедровники ольховниково-бадановые и травяно-бадановые.

Надпойменные террасы речных долин нередко занимают ельники и елово-пихтовые леса. Доля еловых лесов невелика.

Обычно в ельниках существенную примесь составляют пихта, кедр, береза. В подлеске куртинами встречаются ива шерстисто побеге вая, черемуха уединенная, ольховник кустарниковый. В травяном покрове преобладают вейннк и другие злаки, грушанка круглолистная, майник двулистный.

Растительный покров находится в постоянной динамике, наиболее быстро и заметно проявляющейся в травянистых луговых сообществах. Особенности температурного режима и распределения осадков в разные годы могут до неузнаваемости изменять облик одной и той же местности. В теплые и влажные сезоны в пойменных лугах яркое разнотравье поднимается выше пояса человека и скрывает пасущихся медведей. В холодные и сухие годы жестковатая низкая трава покрывает те же поляны неровными пятнами, и отдельные высокие саранки и соцветия зонтичных лишь подчеркивают общий невеселый фон. Смену лесных сообществ обычно можно отметить лишь через многие годы, когда деревья из нижних ярусов пробьются к солнцу сквозь поредевший строй лесных ветеранов. Эти смены, или сукцессии, связаны с целым рядом внешних и внутренних процессов. Среди внешних причин к числу наиболее заметных по своим последствиям относятся лесные пожары и различного рода стихийные явления (штормовые ветры, снежные лавины и пр.).