Высотная поясность в распределении позвоночных животных в заповеднике прослеживается достаточно отчетливо. На узкой береговой полосе сформировался вполне специфичный природный комплекс. Из птиц здесь обычны околоводные виды. Среди уток на побережье наиболее многочисленны гоголь и длинноносый крохаль, значительно реже встречается большой крохаль. Летом в прибрежных водах Байкала держатся крупные стаи уток, преимущественно гоголей и больших крохалей, скапливающихся на период линьки. Значительно реже в низовьях рек у Байкала встречаются кряква, чирок-свистунок, касатка. Часть гоголей и крохалей гнездятся на некотором удалении от озера, а затем спускаются с выводками на побережье и здесь воспитывают молодняк.

Крупных гнездовий чаек у берегов заповедника нет. На маленьких островках к югу от мыса Валукан ежегодно отмечают несколько колоний речных крачек, около 60-70 гнезд. Единичные гнезда крачек или небольшие их группы встречаются в низовьях рек. В конце лета и осенью у берегов Байкала отмечаются перелетные чайки — поодиночке или стаями, иногда очень большими.

В прибрежных водах Байкала или на мелких островках можно увидеть байкальскую нерпу. Зимой, когда озеро замерзает, в акватории заповедника нерпы нет. Как только Байкал вскрывается, единичные животные, а иногда и небольшие группы начинают встречаться у заповедных берегов и кое-где у скалистых мысов могут выходить на островки и камни. Основная пища байкальской нерпы — два вида голомянок (большая и малая), обитающих на больших глубинах.

На обширных глухих болотах вблизи устьев некоторых рек гнездятся серые журавли. Очень редко весной на побережье можно увидеть отдыхающих пролетных черных журавлей,

Основная масса перелетных птиц мигрирует вдоль побережья Байкала. На побережье отмечали залеты таких экзотических для тайги видов, как фламинго, дрофа, журавль-красавка, пятнистая трехперстка. На берегу Байкала встречали выпь, рыжую цаплю, майну, серого скворца, клинтуха и др. Здесь же периодически отмечали черных аистов- Одна-две пары этих птиц гнездятся в тайге вблизи Байкала.

Видовой состав куликов, зарегистрированных во время пролета, весьма разнообразен, но гнездятся из них у Байкала очень немногие: перевозчик, малый зуек, черныш, чибис.

Из пернатых хищников для побережья характерны орлан-белохвост, скопа, чеглок. Орлан и скопа держатся также по долинам всех крупных рек. Чеглок предпочитает поляны и открытые заболоченные участки, преимущественно в низовьях рек. Вблизи Байкала могут встречаться и многие другие дневные хищники и совы, но их нельзя считать типичными обитателями побережий.

Из куриных птиц вдоль береговой полосы встречаются каменный глухарь и белая куропатка. Каменный глухарь в Прибайкалье в основном обитает в кедрово-лиственничных лесах прибрежных равнин, но в осенне-зимний сезон глухари прилетают на песчано-галечные пляжи, где клюют мелкую гальку и кормятся хвоей молодых кедров, растущих на береговых валах. Пребывание белой куропатки близ Байкала носит также сезонный характер. Зимой эту очень малочисленную в заповеднике птицу обычно отмечают в ерниках низовий рек и на заболоченных участках побережья- На период размножения белые куропатки поднимаются в высокогорье.

Из воробьиных в прибрежной полосе обычны белая трясогузка. дубровник и сорокопут-жулан.

Из млекопитающих для байкальского побережья во все сезоны года характерна лисица. Очень редкий в заповеднике солонгой отмечался только в береговой полосе. Зимой в прибрежных лесах концентрируются все виды копытных животных, спасающиеся здесь от глубоснежья, а некоторые, особенно северный олень и кабарга, нередко выходят непосредственно на берег Байкала.

Весной и в начале лета береговая полоса населена особенно густо. Обычно во второй половине апреля снег, лежавший на льду Байкала, стаивает, и вода, просачиваясь вниз, превращает монолитный ледяной панцирь в пористую ледяную губку. “Шах”, как называют на Байкале этот иглистый весенний лед, с каждым солнечным днем все более теряет свою прочность. По пустотам между ледяными иглами из вод Байкала поднимается масса насекомых — веснянок, которые устремляются к прибрежным камням, где остаются до июля. Отложив в воду яйца, они отмирают. Веснянки служат кормом многим воробьиным птицам. Во второй декаде мая начинается массовый выход на берег Байкала куколок ручейников из группы байкалинид. В конце мая — начале июля в теплые дни ручейники заполняют воздух.

Насекомые летают плохо, и легкий ветерок уносит их далеко от берега. С понижением температуры ручейники утрачивают подвижность. Присаживаясь на ветки прибрежных деревьев и на камни, они черной мохнатой сеткой покрывают крону, сучья, береговые валуны и плавник. В эти дни литораль изобилует кормом. В береговой полосе питаются ручейниками большинство воробьиных птиц, кукушки, некоторые пернатые хищники (пустельга и др.). Желудки байкальских рыб (хариуса, ленка, сига и др.) наполнены этими насекомыми. Медведи, питающиеся члипачаном” (эвенкийское название ручейников), скапливаются на берегах Байкала, бродят по утрам и вечерам у кромки воды, усердно переворачивая береговые валуны. В период массового вылета ручейников на отдельных участках побережья можно видеть до 3 зверей на 1 км маршрута. Содержимое желудков бурундуков и белок в это время наполовину состоит из этих насекомых. Во второй половине июня ручейники погибают. Примерно в эти же сроки на мелководье нерестятся байкальские бычки-широколобки, прикрепляя комья оранжевой икры под камнями. Медведи тщательно обследуют литораль, поедая бычковую икру, подбирают туши нерп-подранков.

К середине лета оживление на байкальском побережье заметно спадает. Большинство медведей поднимается вверх по долинам рек. Вблизи Байкала остаются лишь коренные его обитатели и кочующие стайки птиц. В конце лета и начале осени, когда идет массовый перелет птиц, побережье оживает вновь. К концу октября берега Байкала становятся пустынными и холодными. Частые штормы усиливают суровость обстановки. Но особенно неприготным делается побережье зимой. Огромные ледяные наплески “сокуи” на берегах и гряды голубых торосов вдали в сочетании с суровыми морозами напоминают Арктику.

Ихтиофауна северо-восточного Прибайкалья, представленная 50 видами рыб, очень своеобразна. В первой декаде мая из Байкала в реки заповедника заходит черный хариус. Он нерестится в большинстве рек Прибайкалья и кормится там до августа. В конце мая по крупным рекам заповедника поднимается на нерест ленок, а в Большую речку заходит таймень. Однако все эти виды, закончив нерест, постепенно возвращаются в Байкал. Изредка в речках встречаются бычки-подкаменщики. Уже к началу августа реки заметно пустеют, а в сентябре немногих хариусов можно увидеть только в Большой речке и Сосновке. Единичные ленки и таймени остаются в Большой речке до октября. Зимой реки заповедника практически пусты. Лишь в омутах наиболее крупных рек очень редко можно увидеть зимующих хариусов, а в Большой речке — ленков и тайменей. Щука, налим, окунь, сорога, гольян встречаются в небольшом Кудалдинском озере близ устья р.Кудалды. Налим зимой заходит на нерест в Язовку. В этой же речке иногда отмечали щук. В Карасевых озерах встречается карась. В приустьевых частях рек летом можно видеть стайки гольянов. В долине р. Таркулик есть небольшие озера, в которых живет измельчавшая форма хариуса.