Кедровые леса довольно сумрачны. Густые кроны сильно затеняют поверхность почвы и плохо пропускают осадки. Толстый слой хвои под мощными кедрами почти всегда сухой и нужен очень обильный дождь, чтобы его промочить. Кустарниковый ярус в кедровниках обычно развит слабо, и лишь на прогалинах с увлажненными богатыми почвами буйно разрастается ольховник. В кедровниках всегда относительно высока численность рябчиков. Из дневных хищных птиц здесь можно встретить ястребов — тетеревятника и перепелятника. Из сов обычны неясыти, филин, сычи мохноногий и воробьиный. Многочисленны различные виды дятлов. Из воробьиных многочисленны кедровки, обычны кукши, в отдельные годы довольно часто слышатся крики соек, постоянно встречаются поползни и различные синицы, В начале лета в кедровой тайге не стихают барабанные трели дятлов, воркуют горлицы, кукуют обыкновенная и глухая кукушки, поют многочисленные певчие птицы.

Сосновые леса заповедника населены значительно слабее. Кормовая база для большинства животных здесь невысока. Хороший урожай брусники на больших площадей бывает редко. В чистых светлых борах слабы и защитные условия. Численность соболя в сосняках в несколько раз ниже, чем в кедровниках. Как правило, не много здесь и белки. Медведи задерживаются в борах только в годы высоких урожаев брусники. Для копытных, особенно для северного оленя, сосняки привлекательны в основном зимой. В бесснежный период в борах в поясе прибрежных равнин отмечаются в небольшом числе лоси и благородные олени. Зимой в относительно малоснежных сосновых лесах часто держатся северные олени, которые, раскапывая снег, кормятся лишайниками и побегами различных кустарников.

В настоящее время в заповеднике около 100 лосей. Они занимают все сколько-нибудь подходящие местообитания, но в основном концентрируются в долинах рек с разнообразной древесно-кустарниковой растительностью. В бесснежный период они распространены во всех высотных поясах вплоть до высокогорий, нередко совершая переходы через перевалы. С выпадением глубоких снегов все копытные спускаются к побережью Байкала, где глубина снега не превышает критического уровня, и горно-таежные леса пустеют.

Численность мышевидных грызунов в борах обычно невысока и в годы депрессий падает до очень низкого уровня. Здесь обитают красная и красно-серая полевки. Если в тем-нохвойных лесах устойчиво преобладает красная полевка, то в сосняках обычно доминирует красно-серая. Плотность населения бурундуков в борах несравненно ниже, чем в кедровниках.

Обилие куриных птиц в сосновых лесах прибайкальских равнин очень невысоко. Если вблизи Байкала каменный глухарь в небольшом числе еще встречается, то в 10-15 км от озера единичные встречи этой птицы отмечаются далеко не каждый год. Рябчиков в борах также значительно меньше. Здесь довольно много дятлов. Нередко можно увидеть и самого крупного из них — желну. Часто встречается большой пестрый дятел. Из воробьиных птиц, помимо обычных для всей территории кедровок, кукш, поползней и нескольких видов синиц, летом в светлых борах встречаются вьюрок, мухоловка-касатка, рыжая овсянка и ряд других видов. В сосняках вблизи рек отмечен на гнездовье вальдшнеп. Нередко у кромки леса можно увидеть канюка, пустельгу. Встречаются тетеревятник и перепелятник. Ночью иногда можно услышать филина. В светлых лесах чаще попадается на глаза ястребиная сова.

Чистые березняки, особенно если они имеют характер парковых лесов, населены довольно слабо. Многие животные посещают эти леса, но не обитают здесь постоянно. Часто, особенно в снежный период, в березовых лесах можно встретить лося. Северные олени зимой предпочитают смешанные березово-сосново-лиственничные леса, где есть брусника и другие кустарнички. Соболь, белка и другие пушные звери в березняках редки. Несколько чаше, чем в иных типах леса. встречается здесь заяц-беляк, но и он предпочитает смешанные леса с преобладанием березы или березняки, перемежающиеся с другими лесами. Бурундуков и других мелких грызунов в березняках мало. Численность бурозубок резко колеблется по годам, лишь в отдельные сезоны отмечается довольно много средних бурозубок. Из куриных птиц для березняков характерен рябчик, но и он предпочитает держаться на участках, соседствующих с темнохвойными и смешанными лесами. Зимой в березовых лесах кочуют стайки синиц и поползней. Временами появляются стаи чечеток, охотно питающихся семенами березы. Летом здесь часто слышатся голоса вьюрков. Встречаются пеночка-зарничка, соловей-красношей-ка и разные виды синиц, а ближе к опушкам - обыкновенная чечетка.

Берега рек, ключей, озер, небольшие сырые заболоченные участки на прибайкальской равнине отличаются богатым фаунистическим комплексом. Из млекопитающих с водоемами прочно связаны выдра, ондатра, обыкновенная кутора. На луговинах по берегам водоемов обитает полевка-экономка. распространенная весьма широко — от побережья Байкала до альпийского пояса, но в лесных биотопах она отсутствует.

Берега водоемов часто посещают все копытные. Лоси кормятся здесь зимой. Обилие мышевидных грызунов в заросших высокотравьем и захламленных поймах привлекает соболя. В долинах рек особенно многочислен горностай. Здесь же встречается ласка.

В речных долинах всегда многочисленны рябчики. С берегами водоемов всегда связаны гнездовья всех водоплаваюших птиц и большинства куликов. На богатых рыбой реках и озерах охотятся скопа и орлан-белохвост. Их гнезда обычно располагаются на деревьях в непосредственной близости от водоемов. В обрывистых берегах по Большой речке гнездится малочисленный в северо-восточном Прибайкалье зимородок. Летом приречные леса. кустарники и высокотравьс дают приют множеству птиц: белой, желтоголовой и горной трясогузкам, бурой пеночке, седоголовой и желтобровой овсянкам, таежной и малой мухоловкам, пятнистому сверчку, пеночке-зарничке и многим другим. Во влажных, заливаемых талыми водами местах многочисленны азиатский и обыкновенный бекасы. В приречных ельниках гнездятся белокрылые клесты.

С долинами рек и ключей в Прибайкалье связаны луговые поляны. Сочное разнотравье привлекает сюда копытных. Весной на еще залитых талой водой, но уже начинающих зеленеть полянах пасутся лоси и северные олени. В начале июля, когда поднимаются заросли борщевика, разнотравные луга охотно посещают медведи. В долине р. Давше на 32 га лугов отмечалось от 4 до 6 медведей одновременно.

Вблизи полян постоянно обитают зайцы-беляки. На большей части территории заповедника зайцев нет или же они крайне малочисленны. и лишь на луговых полянах в долинах рек и субальпийском поясе их численность редко снижается до критического уровня. В отдельные годы здесь высока численность полевки-экономки.

Зимняя орнитофауна открытых местообитаний бедна. С наступлением весны облик полян резко изменяется. На залитых лугах останавливаются на отдых и кормежку журавли, чибисы, турухтаны, азиатские и обыкновенные бекасы, фифи, черныши, перевозчики, большие стаи темнозобых и некоторых других дроздов, различные овсянки. Часто можно видеть облетающих кромки кустарников полевых луней, встречаются канюк, черный коршун, пустельга, орлан-белохвост, скопа и другие хищники.