В прибрежной акватории Байкала встречаются омуль, сиг, черный и белый хариусы, ленок, таймень и очень редко — байкальский осетр. Соровой рыбы у берегов заповедника мало.(Сорами называют обширные мелководья в заливах, где обитают такие обычные виды рыб, как окунь, щука, сорога (плотва), налим, карась и др.)

Уникальные байкальские голомянки живут только на больших глубинах и в прибрежное мелководье не заходят.

Пояс прибрежных равнин там, где он выражен в заповеднике, непосредственно примыкает к байкальскому побережью. Среди млекопитающих, характерных для этого пояса, можно отметить лисицу, волка, солонгоя, лесного лемминга и некоторых насекомоядных. Для большинства других животных нет четкой привязанности к определенному высотному поясу, или же она проявляется в отдельные сезоны года, как, например, у ряда копытных.

Список птиц, встречающихся на равнине и избегающих гористых ландшафтов, гораздо обширней. Среди них каменный глухарь, лебедь-кликун, кряква, чирок-свистунок, длинноносый и большой крохали, серый журавль, черный аист, обыкновенный и азиатский бекасы, вальдшнеп, орлан-белохвост, скопа.

Все виды рептилий и амфибий, за исключением живородящей ящерицы и отчасти обыкновенного щитомордника, также предпочитают пояс прибрежных равнин.

Обширные массивы кедрово-лиственничных лесов, непосредственно начинающихся от берега Байкала, зимой выглядят довольно безжизненными, если осенью не было хорошего урожая кедровых шишек. Особенно пустынны леса с преобладанием лиственницы. Численность соболя и белки здесь обычно невысока. На некоторых участках держатся группы северных оленей, спускающихся к берегу Байкала на зимовку. Кое-где встречаются следы лосей и значительно реже — благородных оленей. Лоси большую часть зимы держатся преимущественно по долинам рек и ключей там, где есть ивняки, кусты смородины, подрост пихты, березы, осины. Вблизи байкальских мысов зимой на равнину спускается кабарга. В ее распределении по территории отмечается ряд характерных особенностей. В высокогорной части Баргузинского хребта кабарги нет, но она относительно многочисленна в отрогах, круто спускающихся к Байкалу, особенно если на мысах есть скалы и россыпи. Встречается она и в районе “шек”, то есть на крутых горных склонах, где реки, зажатые хребтами, вырываются на равнину. На значительной части территории ее нет совсем, или же она отмечается только по возвышенностям, поросшим темнохвойными лесами. Зимой из-за глубокоснежья кабарга кое-где выходит на равнину и даже на лед Байкала, где чаще, чем обычно, становится жертвой хищников.

В зимнем питании кабарги большую роль играют эпифитные лишайники и побеги пихты, чем и объясняется ее тяготение к темнохвойным лесам. Если позволяет глубина, кабарга “копытит” снег, отыскивая кладонии и разнотравье. Во второй половине зимы большое значение в ее питании приобретают лишайники, сбитые ”кухтой”.(Кухта — комья снега, падающие с деревьев.) В обычной обстановке кабарга — оседлое животное, придерживающееся определенного участка с тропами и маркировочными точками. Индивидуальный участок кабарги (суточный и сезонный) составляет обычно не более 50 га. В течение года границы участка пульсируют, на лето его территория увеличивается (для западного склона Баргузинского хребта — до 75%). У самок в период выкармливания молодых размеры индивидуального участка наименьшие. Длина суточного хода кабарги зимой составляет 260-2000 м. В оптимальных условиях обитания индивидуальные участки налегают друг на друга. Зимой кабарга за сутки съедает 135-140 г лишайников.

Изредка вдоль байкальского побережья и по долинам рек идут следы росомахи и рыси. Оба эти хищника зимой при случае охотятся на кабаргу. Следы мелких куньих (горностая, ласки) встречаются преимущественно на опушках леса, по берегам водоемов.

Из мелких млекопитающих в кедрово-лиственничных лесах чаще других встречаются красная и красно-серая полевки. Живущий в более увлажненных или заболоченных участках лесной лемминг обычно крайне малочислен. В отдельные годы здесь бывает довольно много бурозубок.

Зимняя орнитофауна прибрежных лесов не очень богата. В некоторых местах можно увидеть каменного глухаря (Филонов, I960). Встречаются небольшие стайки рябчиков. Крики кедровок слышны очень часто, если есть кедровые шишки, и крайне редко, если урожай кедра был слабым. Иногда, бесшумно планируя, перепархивают стайки кукш. Слышится перестукивание дятлов или тихое попискивание буроголовых гаичек, длиннохвостых синиц, московок. Пролетит, посвистывая крыльями, ворон.

В летние месяцы для кедрово-лиственничных лесов, помимо уже перечисленных птиц, характерны синехвостка, мухоловка-касатка, корольковая пеночка.

Из млекопитающих весной в этих лесах появляются бурундук и бурый медведь. Почти все северные олени откочевывают в предгорья, а затем в гольцы. К лету уходит вверх по долинам рек часть лосей и благородных оленей. Численность медведей в кедрово-лиственничных лесах непостоянна и всецело определяется запасом и сезонной сменой кормов. В годы неурожая кедра к концу июня в прибрежных лесах медведей остается очень немного. Летом в глубинных местах заповедника, как и во всей таежной зоне, бывает масса кровососущих насекомых. Из-за обилия гнуса и жары многие млекопитающие меняют суточный режим, часто купаются или спасаются от насекомых, заходя в воду. На берегу Байкала кровососов обычно бывает мало. Значительно меньше их и в альпийском поясе.

В кедровниках в благоприятные годы с максимальной плотностью обитают соболь (до 40 зверьков на 1000 га) и белка (до 170 на 1000 га). В годы обильного плодоношения кедра здесь бывает много медведей. Высока и плотность населения бурундука. Нередка в кедровниках и летяга, но наибольшей численности она достигает в перестойных лесах по берегам рек, где наряду с хвойными деревьями (елью, пихтой, кедром, лиственницей) встречаются группы тополей, рощицы чозении и ряд других лиственных пород. Мягкая пихтовая хвоя — наиболее частый зимний корм зверька. Летяга охотно посещает таежные зимовья, где нередко грызет полки, оконные проемы.

В кедровниках, как правило, высока и стабильна численность мелких грызунов. Здесь преобладают полевки, особенно красная, которая встречается от побережья Байкала до альпийского пояса, но с наибольшей плотностью населяет горные и равнинные кедровники. Максимальная плотность обитания в последнее десятилетие достигала 130 полевок на I га. Красно-серая полевка распространена так же широко, как и красная, но с максимальной плотностью (около 100 зверьков на 1 га) населяет сфагновые болота с лиственнично-сосновым редколесьем, В кедровых лесах насчитывается до 40-60 зверьков на 1 га. В осветленных лесах, редколесье и высокогорье красно-серая полевка имеет более высокую численность, чем красная. Оба вида часто поселяются в зимовьях, усадьбах и дворовых постройках. Из других мелких грызунов следует отметить азиатскую лесную мышь и лесного лемминга. Лесная мышь встречается в различных типах леса от прибрежных равнин до горно-лесно-го пояса, предпочитая кедровые леса. Иногда очаги с повышенной численностью лесных мышей отмечаются по старым гарям вблизи кедровых массивов. Максимальное коли-, чество лесных мышей не превышает 10 зверьков на 1 га. Лесной лемминг еще малочисленное. Несколько чаще он встречается на моховых болотах и в кедрово-лиственничных лесах с признаками заболачивания.