В ботаническом отношении северо-восточное Прибайкалье еще недостаточно изучено, особенно в части низших растений. На территории заповедника выявлено 212 видов лишайников, среди которых широко распространены представители рода кладония, включающего 32 вида. Из эпифитньгх лишайников рода пармелия отмечено 14 видов. Довольно широко представлены роды пельтигера и цетрария (12 и 9 видов). Список мхов включает 147 видов и вероятно будет дополнен. Преобладают лесные мхи, далее следуют виды, встречающиеся выше предела лесной растительности. На последнем месте стоят собственно гольцовые мхи, а также те, которые встречаются и в альпийском поясе, и на байкальском побережье. Грибов в заповеднике отмечен 171 вид, водорослей насчитывается свыше 1200 видов, список сосудистых растений включает 874 вида.

Из эндемичных видов растений следует отметить астрагал трехграноплодный, мятлик Смирнова, черепоплодник щетинистый. Из реликтовых видов, сохранившихся с ледникового времени, для заповедника характерны гроздовник ланцетовидный, подмаренник трехцветковый, телиптерис болотный, ужовник обыкновенный.

На территории северо-восточного Прибайкалья встречается немало редких видов, нуждающихся в особой охране, например, калипсо луковичная, башмачки настоящий, крупноцветковый и пятнистый, любка двулистная, дремлик зимовниковый, надбородник безлистный, касатики низкий и гладкий, родиола розовая, рододендрон Редовского и др. Весьма богаты редкими видами окрестности термальных источников. По наблюдениям ботаника Н.И.Троицкой, из 214 видов растений, встречающихся кб.шзи теплых источников, 55 — редкие для заповедника, а 30 видов встречаются только в районе выхода термальных вод.

Вертикальное распределение растительности на западных склонах Баргузинского хребта столь своеобразно, что Д.Н.Тюлина (1976) сочла возможным особо выделить влажный прибайкальский тип поясности растительности. Для него характерно распространение на берегу Байкала подгольцовой растительности. Этот “ложноподгольцовый” пояс Представлен зарослями кедрового стланика и низкобонитетными лиственничниками с багульником, брусникой и другими кустарничками.

Здесь же довольно широко распространены представители альпийской флоры — такие, как иван-чай широколистный. березки круглолистная и тишая, смородина душистая. плаун альпийский и гольцовый лишайник алектория бледно-охряная.

На западных склонах Баргузинского хребта нет лесостепной полосы, свойственной Алтае-Саянскому типу поясности И хорошо выраженной на западном побережье Байкала. Это связано с тем, что северо-восточное побережье отличается более холодным и влажным климатом, поэтому здесь выделяются лишь три основных растительных пояса: лесной, субальпийский и альпийский.

В лесном поясе различаются три подпояса. Самый нижний — подпояс лиственных лесов и редколесий с кедровым стлаником — особенно сильно подвержен охлаждающему влиянию Байкала. Средний — подпояс смешанных темно-хвойно-светлохвойных лесов с преобладанием сосновых, Верхний — подпояс темнохвойных лесов, в нижней части которого преобладают кедровники, а в верхней — пихтарники.

Нижняя часть субальпийского пояса — верхняя граница леса. Она представлена пихтово-березовыми лесами, пихтарниками и редколесьями из пихты сибирской и березой шерстистой, перемежающимися зарослями кедрового стланика, ерниками и каменными россыпями. В верхней части субальпийского пояса преобладают каменные россыпи и скалы в сочетании с зарослями кедрового стланика и рододендрона золотистого, альпийско-субальпийскими и альпийскими лугами и пустошами.

Альпийский пояс представляет собой сочетание скал, каменных россыпей, пустошей с нивальными луговинами и разреженными зарослями кедрового стланика и рододендрона золотистого.

На древних аллювиальных байкальских террасах широко распространены лиственничники, В северо-восточном Прибайкалье соприкасаются ареалы лиственниц сибирской и даурской. Эти два вила. легко гибридизируя, дают особую форму — лиственницу Чекановского. В северной части заповедника, особенно вдали от побережья, преобладают гибриды, близкие к лиственнице даурской. в южной — к лиственнице сибирской. Наиболее часто встречаются лиственничники с преобладанием в покрове багульника болотного, брусники, голубики и других кустарничков.

Высокие сухие террасы заняты боровыми лишайниковыми и мохово-лишайниковыми или багульниково-брусничными лиственничниками. На влажных почвах встречаются зеленомошные и зеленомошно-долгомошные лиственничники. На низких заболоченных местах широко распространены сфагновые лиственничники. На побережье Байкала встречаются лиственничные редколесья с ярусом кедрового стланика. Подлесок из березы Миддендорфа и редкого кедрового стланика встречается в мохово-лишайниковых лиственничниках. В сухих лишайниковых лиственничниках подлесок практически отсутствует.

Флора напочвенных и эпифитных лишайников особенно богата в редкостойных лиственничных лесах. Обильны лишайники и в нижней части горно-лесного пояса. Буйное развитие мохово-лишайникового покрова придает подлеморс-кой тайге суровый, мрачный вид. Черными и зеленовато-серыми космами лишайников обросли сучья лиственниц и кедров. Растрепанные нити и гирлянды зеленовато-серых лишайников свисают с крон молодых елей и пихт. Лишайники покрывают почву, ими обросли валежины. упавшие сучья, стволики кустарников.

Среди сфагновых лиственничных лесов встречаются лиственничники с кустарниковым ярусом из березки тощей- В большинстве типов лиственничников во втором ярусе встречается кедр. в наиболее сухих — сосна обыкновенная. Иногда во второй ярус выходят береза и ель.

Влажный прибайкальский тип поясности наиболее отчетливо представлен в долине р. Шумилихи и прилежащем районе побережья Байкала. У южной границы заповедника осевая часть Баргузинского хребта подходит близко к озеру. Склоны здесь круто спускаются к воде, ровные участки почти отсутствуют. Это самый влажный участок северо-восточного побережья, имеющий ряд особенностей в распределении растительности. Здесь на склонах разных экспозиций, от уровня Байкала до гольцов, господствуют темнохвойныс породы, преимущественно кедр и пихта. Светлохвойные леса вкраплены в них лишь небольшими пятнами в нижней части лесного пояса- Как правило, их появление связано со сменой пород после лесных пожаров.

Поясность здесь выражена проще и схематичней, чем в более северных районах заповедника. Весь лесной пояс образован двумя полосами: нижней — кедровой и кедрово-пихтовой с вкраплениями сосны (на южных склонах) и лиственницы (преимущественно на северных), и верхней — пихтовой с участием кедра, немного не доходящей до верхней границы леса. На шлейфах у подножия коренных склонов и на конусах выноса распадков развита узкая кайма низкобонитетных кедровников и кедрово-березовых редколесий с багульниковым покровом. Под мошной торфянистой дерниной близко к поверхности почвы отмечаются линзы вечной мерзлоты. Широко распространены заросли кедрового стланика.