Однако, по мере развития (от книги к книге) художественного мира "Полдня" усиливалось ощущение статичности и внутренней "благости" будущего по Стругацким, их оптимистические представления, объяснимые романтическими построениями 1960-х годов, вступали в противоречие с изменениями в окружающей действительности. Чтобы преодолеть изначально присущую всякой утопии бесконфликтность или "конфликты хорошего с лучшим", авторы старались вводить в жизнь "утопийцев" проблемы, разрешить которые без моральных потерь было практически невозможно. В повести "Далекая Радуга" (1963) — это, вызванная научным экспериментом физиков, глобальная катастрофа на планете-полигоне, ставящая население перед выбором, кого эвакуировать на единственном звездолете — результаты научных исследований или детей; дилемма "наука-человечность" усилена трагическим образом бессмертного ученого, "скрестившего" себя с компьютером. В повести "Малыш" (1971)— это педагогическая проблема контакта с земным ребенком, "космическим Маугли", воспитанным негуманоидными инопланетянами (при решении ее земная цивилизация также терпит моральное поражение); вместе с циклом "Полдень, XXII век" повесть объединена в один том — сборнике "Полдень, XXII век. Малыш" (1975).

Магистральный путь своего творчества, обогативший и значительно ожививший мир "Полдня" (и всю современную НФ в целом — единственным аналогом в западной НФ служит творчество Урсулы Ле Гуин), братья Стругацкие впервые нащупали в повести "Попытка к бегству" (1962), в которой остро поставлена проблема вмешательства в ход Истории. В обобщенно-философском смысле авторов интересует столкновение принципиально "несовместимых" цивилизаций, художественно воплощенное в конфликте частных носителей несовместных систем морали, ставящим перед необходимостью индивидуального нравственного выбора и индивидуальной ответственности перед Историей. Одно из проявлений конфликта — столкновение в ряде произведений Стругацких коммунистической утопии "Полдня" с рудиментами фашизма, тоталитаризма и милитаризма на лишь слегка "замаскированных" иных планетах. Герой повести, офицер Советской Армии, необъяснимым способом переносится из фашистского концлагеря в мир "Полдня" и, вместе с новыми друзьями, отправляющимся в космический "турпоход", попадает на планету, где сталкивается со столь знакомым ему — и совершенно неведомым жителям будущей утопии — местным "фашизмом", эксплуатирующим технологические дары галактической сверхцивилизации Странников.

Тема "вмешательства" развита и доведена до художественного совершенства в одной из лучших книг мировой НФ последних десятилетий — повести "Трудно быть богом" (1964), изданной впервые вместе с «Далекой Радугой» в сборнике "Далекая Радуга" (1964); повесть экранизирована. В центре конфликта — один из кардинальных вопросов существования современного человечества, в год публикации не представлявшийся таким острым и актуальным, вопрос о возможности и нравственной приемлемости какого бы то ни было ускорения естественного исторического процесса. Трагизм индивидуального выбора подчеркивается душевными терзаниями главного героя — сотрудника Института экспериментальной истории Антона-Руматы, разведчика, посланного с заданием не вмешиваться, а только наблюдать, на планету, где правит бал средневековое варварство, отдельными чертами напоминающее и фашизм, и религиозную деспотию Инквизиции, и, насколько оказалось возможным показать в середине 1960-х годов, сталинский тоталитаризм. Несовпадение благородных утопических идеалов "Полдня" с исторической реальностью, в более широком контексте — неизбежный крах любых социальных доктрин, направленных на "улучшение" человечества, — с художественной силой показанное в повести, знаменовало собой ступень внутренней эволюции мира "Полдня", дальнейший отрыв его от литературных традиции принципиально неизменной утопии.

Если повести "Попытка к бегству" и "Трудно быть богом" несколько обособлены от общей хронологической схемы истории будущего, то трилогия о Максиме Каммерере, создававшаяся Стругацкими на протяжении двух десятилетий, непосредственно (через общих героев, целые эпизоды, тщательно разработанную систему взаимопересекающихся ссылок) связана с миром первого сборника — "Полдень. XXII век", представляя собой дальнейшее развитие (и, по мнению ряда критиков, окончательное "закрытие" темы). Книги трилогии — "Обитаемый остров" (сокращенный вариант 1969; исправленный и дополненный 1971), "Жук в муравейнике" (1979-80), "Волны гасят ветер" (1985-86), объединенные в одном томе — сборнике "Волны гасят ветер" (1989), — посвящены, соответственно, юным годам, зрелости и старости Максима.

В первой книге представлена многоплановая и сюжетно богатая панорама "пост-ядерной" антиутопии на планете, где анонимная хунта использует направленное излучение с целью глобального "промывания мозгов"; из рядов, обладающих иммунитетом к излучению мутантов, производит пополнение как революционное подполье, так и правящая элита. Чуждый рефлексии Антона-Руматы, и по своим физическим и психологическим возможностям близкий к "сверхчеловеку", Максим, со свойственным юности энтузиазмом, бросается в водоворот местной политики и готов "наломать дров", но вовремя остановлен и взят под свое покровительство опытным земным разведчиком-резидентом Рудольфом Сикорски. В "Обитаемом острове" авторы впервые серьезно обсуждают идею "прогрессорства", хотя сам термин появился только в повести-продолжении, в которой Максим — уже правая рука Сикорски, к тому времени руководителя службы безопасности Комкон-2 ("Комиссии по контактам -2"), охраняющей мир и покой "Полдня". Сюжет построен вокруг тайно ведущегося следствия по делу одного из "космических подкидышей" — землянина, родившегося из оплодотворенной яйцеклетки, найденной в "инкубаторе" гипотетических Странников; есть основания полагать, что действиями "подкидышей" управляет заложенная в них генетическая программа, представляющая опасность для земной цивилизации (или не представляющая — авторы намеренно рассыпают по тексту аргументы "за" и "против", не давая героям и читателям спасительных отгадок и, тем самым обостряя нравственный выбор, в ситуации недостатка информации). Трагическое решение Сикорски, не выдержавшего тяжести ответственности и пошедшего на убийство подозреваемого "носителя угрозы", можно расценить по-разному: как профессиональную паранойю "спецслужб" (и, как следствие, их несовместимость с утопией), как продолжение трагического вопроса Ф.Достоевского о построении утопии на крови невинного, — или же как абсурдность упований на то, что в "идеальном" обществе человек будет избавлен от мучительного процесса принятия решения (и моральной ответственности за его последствия). В заключительной повести трилогии, художественно менее удачной, но идейно дерзкой и оригинальной, Максим — теперь уже в качестве руководителя Комкона-2 — расследует цепь загадочных событий, наводящих на мысль о "прогрессорской" деятельности пришельцев на Земле; однако эффектная инверсия ситуации ранних произведений Стругацких приводит к непредвиденной развязке. Оказывается, на Земле (до поры тайно) действуют не агенты гипотетических Странников, а просто новая элита "избранных", отдельные земляне, совершившие гигантский скачок в эволюции и все дальше уходящие не только от человеческих несовершенств и сомнений, но и от человечности. Отдельные герои и сюжетные детали связывают с трилогией о Максиме повесть "Парень из Преисподней" (1974; 1976), в основном, повторяющую темы других произведений Стругацких.