Таким образом, из числа налогоплательщиков, имеющих право на освобождение от НДС при выполнении НИР и ОКР по хозяйственным договорам, Федеральной налоговой службой исключены организации, для которых научная деятельность не является основной, что ставит их в неравное положение, лишает положительной мотивации для занятия данным видом деятельности.

Попытка исправить ситуацию сделана путем принятия Федерального закона от 19 июля 2007 г. N 195-ФЗ "О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в части формирования благоприятных налоговых условий для финансирования инновационной деятельности", согласно которому с 1 января 2008 г. статья 149 НК РФ дополняется подпунктом 16.1.

Новый подпункт уже не содержит требования, чтобы НИР и ОКР выполнялись исключительно научными организациями, однако предъявляет такие требования к содержанию работ, подлежащих освобождению от НДС, что сотрудникам налоговых органов кроме знаний в сфере налогообложения, бухучета, экономики потребуются и специфические знания в области техники, технологии и инноваций. Иначе как они смогут понять, является ли предметом освобожденных от налогообложения работ " .создание способов объединения физических, химических, технологических и других процессов с трудовыми процессами в целостную систему, производящую новую продукцию (товары, работы, услуги); создание опытных, то есть не имеющих сертификата соответствия, образцов машин, оборудования, материалов, обладающих характерными для нововведений принципиальными особенностями .".

Можно предположить, что, столкнувшись со столь сложно сформулированным предметом договора, сотрудники налоговых органов пойдут по привычному пути отказа в возмещении и перекладывании ответственности за решения на арбитражные суды.

Конституционный Суд РФ в Определении от 10 ноября 2002 г. N 313-О указал, что "в соответствии с правовыми позициями Конституционного Суда Российской Федерации, выраженными в ряде его решений, установление тех или иных особенностей взимания налоговых платежей, в том числе освобождение от уплаты налога, является прерогативой законодателя, который, однако, не может при этом нарушать общие принципы налогообложения; в силу принципов справедливого налогообложения, юридического равенства налогоплательщиков, равного финансового обременения, всеобщности налогообложения установление для отдельных категорий плательщиков особых условий уплаты обязательных платежей является разновидностью государственной поддержки, при том что такое регулирование не может носить дискриминационный характер, вводить необоснованные и несправедливые различия и ставить одни категории налогоплательщиков в худшее по отношению к другим положение, т.е. нарушать конституционный принцип равенства".

Применение освобождения от налога в зависимости только от вида выполняемых работ, а не от категории налогоплательщика является некоторой предпосылкой для злоупотреблений, так как в договоре исполнитель и заказчик могут указать любой вид работ, а сотрудник налогового органа не всегда обладает достаточной квалификацией и опытом, чтобы заметить это.

Предоставление льгот и освобождение от уплаты НДС как федерального налога требует более четкого определения законодателем во избежание произвольного толкования правоприменителем.

Кроме того, в данном случае возникает вопрос о разграничении освобождения от налога и предоставления налоговой льготы. Изначально термин "льгота" в тексте НК РФ встречается в пункте 2 статьи 3, содержащей запрет на установление налоговых льгот в зависимости от формы собственности, гражданства физических лиц или места происхождения капитала.

Институты, понятия и термины, используемые в НК РФРФ, даны в статье 11. Пункт 2 данной статьи перечисляет понятия, используемые для целей Налогового кодекса. Однако понятие "льгота" там отсутствует.

В статье 12 НК РФ предусматривается возможность установления льгот законодательными органами, а в статье 17 говорится, что льготы могут в необходимых случаях предусматриваться в актах законодательства при установлении налога.

Однако само понятие "льгота" появляется лишь в статье 56 НК РФ, согласно которой льготами по налогам и сборам признаются предоставляемые отдельным категориям налогоплательщиков и плательщиков сборов предусмотренные законодательством о налогах и сборах преимущества по сравнению с другими налогоплательщиками сборов, включая возможность не уплачивать налог или сбор либо уплачивать их в меньшем размере.

Определяющим в данном понятии является отличие одной категории плательщика налога от других, в то время как при применении освобождения от исполнения обязанностей налогоплательщика возможность освобождения зависит не от признаков налогоплательщика, а от экономических условий его деятельности.

Так, в соответствии со статьей 145 НК РФ организации и индивидуальные предприниматели имеют право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога на добавленную стоимость, если за три предшествующих последовательных календарных месяца сумма выручки от реализации товаров (работ, услуг) этих организаций или индивидуальных предпринимателей без учета налога не превысила в совокупности два миллиона рублей, то есть определяющим является результат хозяйственной деятельности налогоплательщика.

При осуществлении НИР и ОКР по хозяйственным договорам для организации, основной деятельностью которой является научная или научно-техническая деятельность, исходя из разъяснения ФНС России, данного в письме от 15 марта 2006 г. N ММ-6-03/274@, устанавливается именно льгота, зависящая от вида налогоплательщика, хотя из текста статьи 149 НК РФ следует, что речь идет не о льготах, а об "операциях, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения)".

Дополнительную сложность данный вопрос приобретет в связи с отменой аккредитации научных организаций согласно Федеральному закону от 30 июня 2005 г. N 76-ФЗ "О признании утратившими силу положений законодательных актов Российской Федерации по вопросам государственной аккредитации научных организаций", после чего научный статус организации надо будет устанавливать по совокупности признаков, определение которых законодатель постоянно меняет.

Согласно письму от 11 августа 2005 г. N ММ-6-03/678@ ФНС России, основополагающим моментом она считала наличие действующего три года свидетельства о государственной аккредитации, которая выдается при наличии и ученого (научного, технического, научно-технического) совета в качестве одного из органов управления, и объема научных работ в деятельности организации не менее 70%, но уже в письме от 15 марта 2006 г. N ММ-6-03/274@ ФНС России полагает, что "основной вид деятельности ежегодно подтверждается в порядке, установленном постановлением Фонда социального страхования Российской Федерации от 6 февраля 2002 г. N 12. При этом в соответствии с п. 3 Порядка для подтверждения основного вида деятельности необходимо ежегодно в срок до 1 апреля представлять в соответствующий исполнительный орган Фонда социального страхования РФ заявление о подтверждении основного вида деятельности и справку - подтверждение основного вида деятельности.