Параллельно Мартин занимается изучением Библии и богословия, и в 1512 становится профессором Виттенбергского университета. Также Лютер приносит присягу: соблюдать верность Церкви, не проповедовать никаких учений, осужденных Церковью или посягающих на ее догматы, и доносить на тех, кто станет проповедовать такие учения. Вскоре на него наваливается много работы: помимо философских штудий - лекции по философии, служба в Церкви и административные обязанности в монастыре (как хороший работник и монах он явно пользуется расположением университетского начальства и братьев-монахов в монастыре). В соответствии со своими обязанностями он читал лекции по различным Книгам Библии: Псалтири (1513-1515), Посланиям к Римлянам (1515-1516), Галатам (1516-1517), Евреям (1517-1518), затем он вернулся к лекциям по Псалтири (1519-1521).

Суровая средневековая религиозность, аскетические подвиги, умственные занятия не избавили Лютера от назревшего в нем глубокого кризиса. Он ощущал себя недостойным спасения. По его собственному признанию, он порой испытывал «такие страшные адские муки, что никакой язык не может их выразить». Только в Писании Лютер обрел, наконец, свет надежды. Готовя лекцию по Посланию к римлянам, он внезапно осознал, что «праведность» Божья не есть обычная «справедливость», а спасающая милость, которая даруется по вере.

Разрабатывая идею об "iustitia Dei" ("праведности Божией"), Лютер столкнулся с непреодолимыми трудностями. Идея о праведности Божией занимает видное место в Псалтири и Послании к Римлянам, по которым Лютер читал лекции в период с 1513 по 1516 гг. На этой стадии своего развития он понял, что "праведность Божия" является беспристрастным Божественным свойством. Бог судит отдельных людей с полной беспристрастностью. Если отдельный человек удовлетворяет основному предварительному условию для оправдания, то он или она оправдываются; если нет, то он или она осуждаются. Бог не проявляет ни снисходительности, ни предрасположенности: Он судит исключительно на основании человеческих заслуг. Беспристрастность и справедливость Божия заключаются в том, что Он дает каждому конкретному человеку то, что он или она заслужили — ни больше и ни меньше.

В конце 1514 или начале 1515 гг. сложность этой теории, похоже, становилась Лютеру все более и более понятной. Что происходит, если грешник не в состоянии удовлетворить этому основному требованию? Что происходит, если грешника так парализовал и засосал грех, что он не может исполнить выдвигаемое ему требование? Пелагий и Гавриил Биль, которые работали над идеей "праведности Божией", предполагали, что люди могут без труда удовлетворить этим условиям. Однако по этому вопросу Лютер, похоже, стал принимать взгляды Августина, утверждая, что человечество настолько связано своей греховностью, что не в состоянии само освободиться без особого Божественного вмешательства.

Собственные замечания Лютера по поводу его дилеммы показательны. Он говорит о том, что пытался изо всех сих делать все, что необходимо для достижения спасения, однако все более и более убеждался в том, что не мог быть спасен.

"Я был хорошим монахом и соблюдал свой обет так строго, что мог бы сказать, что если какому-либо монаху и дано было с помощью монашеской дисциплины достичь небес, то этим монахом был я. Все мои собратья по монастырю могли подтвердить это . И все же моя совесть не могла дать мне уверенности, и я всегда сомневался и говорил: "Ты это делаешь неправильно. Ты недостаточно раскаялся. Ты это упустил из своей исповеди". Чем больше я старался исправить неуверенную, слабую и обеспокоенную совесть человеческими традициями, тем я становился более неуверенным, слабым и обеспокоенным".

Лютеру казалось, что он просто не мог удовлетворить условиям спасения. У него не было необходимых для этого средств. Бог никоим образом не мог справедливо наградить его спасением — Он мог лишь осудить его. Мысль о "праведности Божией" превратилась для Лютера в угрозу. Она означала лишь осуждение и наказание. Обещание оправдания было реальностью, но условия, которые с ним связывались, делали его невыполнимым. Это было похоже на то, как если бы Бог обещал слепому миллион долларов при условии, что он прозреет. Идея "праведности Божией" не была для грешников Евангелием, Благой Вестью, ибо она несла в себе лишь осуждение. Растущий пессимизм Лютера относительно способностей греховного человечества привел его к сомнению в его собственном спасении, которое все больше и больше казалось невозможным. "Как могу я обрести милостивого Бога?" спрашивал он. К концу 1514 г. Лютеру, похоже, не удалось найти ответ на этот вопрос.

Но это была не только богословская проблема, имеющая чисто академический интерес. Растущая озабоченность Лютера этой проблемой имеет сильное экзистенциальное измерение. Она касалась его лично. Для Лютера, как и для многих других, коренной вопрос человеческого существования касался того, возможно ли достичь спасения. Для того, чтобы войти в положение Лютера и по достоинству оценить важность его "богословского открытия", необходимо понять, насколько остро стоял перед ним этот вопрос.

Затем что-то произошло. Мы, видимо, никогда точно не узнаем, что это было и когда оно произошло. Мы не знаем, где это произошло: многие ученые называют это открытие "Turmerlebnis" ("Опыт, пережитый в Башне"), основываясь на позднейшем и несколько путанном воспоминании самого Лютера. Однако, чем бы это ни было и когда бы оно не произошло, оно полностью изменило взгляды Лютера на жизнь и, в конечном итоге, выдвинуло его в первые ряды деятелей Реформации.

«Вся Библия, — писал об этом перевороте Лютер, — предстала для меня в ином виде». Он обрел Христа «как зерцало отеческой любви Божией». На этот внутренний источник его реформационной деятельности наложились смущения Лютера перед лицом упадка церковной жизни. Светский быт и злоупотребления иерархов, особенно в Риме, вызывали у него категорический протест.

Но с требованием обновления Церкви он открыто выступил лишь в 1517. Накануне дня Всех Святых он рассылает 95 тезисов об индульгенциях по епископатам. Однако епископы никак не отреагировали на его вызов. Тогда Лютер изложил эти тезисы некоторым богословам, от которых они затем в поразительно короткое время, в сущности, загадочным образом, подобно буре, обрушились на широкую общественность, хотя и были написаны по-латыни. Таким образом, Лютер и его критика выступили на арену мировой истории, и произошло это в ситуации церковных нестроений и вывоза денег в Рим, так что выступление Лютера наверняка должно было найти громкое, даже страстное одобрение. Его тезисы против индульгенций ознаменовали начало восстания против старых порядков, хотя Лютер еще не помышлял о расколе.

В 1518-м году во время так. наз. Аугсбургского рейхстага кардинал-легат Каэтан потребовал от Лютера отозвать 58-й тезис (против высшего вероучительного авторитета папы). Лютер отвечает категорическим отказом и впервые называет папу антихристом. На протяжении 1519-1520 гг. общенародную известность Лютеру приносят Лейпцигский диспут с доктором Иоганном Экком: Лютер отрицает непогрешимость соборов и папский примат, а также сочинение «Жалобы немецкой нации», опровержение «Константинова дара», издание трактата Гуса о Церкви. Теперь борьба с Римом становится для Лютера еще и патриотическим делом, он использует национальное возмущение и недовольство курфюрстов.