Принцип «всеобщего священства», провозглашённый Кальвином, предполагает отказ от традиционной священнической иерархии и демократическую организацию церкви, власть в которой должна принадлежать всем её членам. Поэтому каждая община автономна и независима в делах спасения; она сама организует и поддерживает своё управление. Государство же - сугубо земное учреждение. Однако, поскольку лишь церкви принадлежит высший авторитет в делах веры, то государство должно проникнуться её духом и принимать все меры для практического воплощения предначертаний Божьих.

Идеальной формой государства Кальвин считает республику, управляемую «избранными» святыми. Эту идею он попытался осуществить в Женеве, заменив там папскую власть протестантским теократическим режимом. Позже в этой связи Вольтер горько заметил: «Кальвин широко растворил двери монастырей, но не для того, чтобы все монахи вышли из них, а для того, чтобы загнать туда весь мир».

Самоуправление Женевы осуществлялось 3 органами: Общим собранием граждан, решавшим важнейшие вопросы и избиравшим городских исполнителей; Малым советом, ведавшим всей городской администрацией; и Большим советом, игравшим промежуточную роль между Общим собранием и Малым советом. Кальвин осуществил серьёзную реформу этих органов. Из Малого совета постепенно удаляются прокатолически настроенные городские патриции и вводятся представители предпринимательства и купечества. На периферию власти были оттеснены Большой совет и Общее собрание. Малый совет и стал опорой Кальвина. Кроме того, Кальвин значительно расширил власть высшего церковного органа - конгрегации, или коллегии проповедников. Новый Церковный кодекс, воплотивший идеи Кальвина, позволял членам конгрегации контролировать религиозно-нравственную жизнь своего сообщества, добиваясь наказания нарушителей церковной дисциплины и нравственности.

Основная же власть сосредотачивалась в руках консистории, в которую входили все проповедники города и 12 наиболее достойных (то есть отобранных самим Кальвином) членов Малого совета. Членам консистории вменялось в обязанность надзирать за образом жизни каждого жителя города и немедленно доносить о малейшем намёке на богохульство и безнравственность. В результате, жизнь каждого женевца была опутана сетью бесчисленных мелочных регламентаций - во что одеваться, чем питаться, что пить, что читать. Категорически были запрещены танцы, карнавалы, театральные представления.

Итак, в распоряжении Кальвина оказался богатый торговый город, уже вскоре превратившийся в протестантскую Мекку. Со всей Европы сюда устремляются противники Рима. В типографиях города многотысячными тиражами печатаются богословские труды. В 1559 году в Женеве была учреждена протестантская Академия и при ней - коллегия для подготовки священников. Таким образом, следуя своему амбициозному замыслу, Кальвин не только выдвинул предельно радикальную, систематически изложенную доктрину, но и создал дисциплинированную и эффективную организацию, ставшую оплотом, боевым авангардом реформационного движения во многих странах.

Кальвин перевел Библию на французский язык и написал к ней ряд комментариев, лучшим из которых признается комментарий к Посланию Римлянам (1539). Толкования на книги Ветхого Завета реформатор писал в последние женевские годы жизни. В какой-то мере он использовал свои знания, вынесенные из школы гуманистов, но в целом его толкования носили догматическо-назидательный характер с акцентом на конфессиональной полемике. «Поскольку, — писал он, — величие Духа Христова проявляется в каждой части послания, я не решусь его отвергнуть, хотя все усилия увидеть в нем подлинный язык Петра тщетны». Как и Лютер, Кальвин относился к Апокалипсису осторожно и комментария к нему не написал. Определение книг канона он считал не делом Церкви, а исключительно сверхъестественным актом «дивного совета Божия». Кальвин исходил из мысли, что в Библии полнота истины содержится в законченном виде. Отвергнув Предание, реформатор настаивал на строго буквальном понимании всего священного текста как универсального и обязательного норматива для жизни общества, при этом Кальвин не делал различия между Ветхим Заветом и Новым Заветом. Лишь в некоторых случаях он допускал исключения: например, когда ему указывали, что в Ветхом Завете существовало искусство (украшения в Храме), он возражал, что то была уступка «слабости времени». Толкуя мысли апостола Павла о свободе, Кальвин рационализировал антиномию человеческой свободы и Божественного предвидения и считал свободу иллюзорной. Поскольку все предусмотрено, каждый человек предопределен либо к спасению, либо к погибели. Никто не знает своей конечной участи и поэтому должен трудиться в полной покорности воле Божьей.

Влияние кальвинизма усилилось после того, как он нашел почву во Франции (реформаты, или гугеноты). Современные богословы признают ценность главным образом двух идей Кальвина: убеждения, что через Библию Бог обращается к человеку, и веры в социальную роль христианства. Эти идеи в 20 в. развивал Барт. Но конкретное применение их самим реформатором привело к превращению христианства в «религию книги» и к законничеству замкнутой «общины праведников».

После возвращения в Женеву, Кальвин с удвоенной энергией берется за строительство новой Церкви, простой, дешевой, демократической, формирующейся снизу вверх как союз независимых общин, выбирающих своих пасторов, пресвитеров-мирян и делегатов. Он добивается строгого и неукоснительного соблюдения религиозно-нравственных предписаний, создает диктатуру реформатской консистории и подчиняет ей городской магистрат. С этого момента начинается эволюция Кальвина к догматизму и крайней нетерпимости в отношении идейных и политических противников. Так, в 1553 г. по обвинению в антитринитарской ереси в Женеве был казнен ученый Сервет. К 1555 г. Кальвин физически уничтожает, подчиняет или изгоняет из города оппозицию и становится непримиримым "женевским папой" Реформации.

15 июня 1559 г. в переполненном соборе Святого Петра, в присутствии бургомистра, городского Совета и первых студентов Кальвин сказал вступительную речь на открытии Женевской академии. Ее возглавил ученик и биограф Кальвина — Теодор Беза. Так исполнилась давняя мечта Кальвина, появилась школа, которая должна была распространить идеи Реформации по всему миру и подготовить служителей для нее. До самой своей смерти Кальвин оставался душой, вдохновителем и главным лектором этой Академии, которая позже расширилась благодаря созданию медицинского, юридического и филологического отделений и превратилась во всемирно известный университет. Сюда стали съезжаться поклонники Реформации со всего мира. Почти сто пятьдесят студентов было в Академии через несколько дней после ее открытия, а через десять лет их стало более 2000. Здесь, в строгой духовной обстановке, воспитывалась элита кальвинизма, которая понесла идеи Реформации в разные страны. Один из наиболее усердных и деятельных учеников Кальвина, великий шотландский реформатор Джон Нокс, сумевший реорганизовать церковь в Шотландии по образцу церкви в Женеве, вопреки воле королевы Марии Стюарт, говорил об Академии: "Это совершеннейшая на земле от времен апостольских школа Христа". В Женеве получил образование Гвидо де Бре, реформатор Бельгии, казненный в 1567 г., здесь учился Флорен Хрестьен, воспитатель короля Генриха IV.