Томас начал проповедовать в церкви святой Екатерины, ему удалось сойтись с членами состоявшего при ней ремесленного братства. В своих проповедях Мюнцер выступил с резким осуждением богатого духовенства и монашества, представители которых забыли евангельские заповеди. Слова Мюнцера о том, что монахи "отличаются ненасытной пастью" и что "лицемерные служители Христа придумали себе доходную статью в виде учения о чистилище" находили горячий отклик у слушателей. В свою очередь Мюнцер начал посещать собрания церковного ремесленного братства и близко сошелся с сектой анабаптистов, которые совершенно отрицали значение духовенства как посредника между богом и людьми и верили в непосредственное откровение свыше, доступное каждому человеку - удостоившиеся его становились в их глазах пророками и апостолами. Анабаптисты отвергали и все принадлежности церкви, как учреждения: ее таинства, церемонии и обряды. Все эти взгляды разделял Мюнцер. Деятельность Лютера стала возбуждать в нем скептическое отношение, - по мнению Мюнцера, она не заслуживала названия преобразовательной. "Бороться против власти папы, - писал он, - не признавать отпущения грехов, чистилища, панихид - значит проводить реформу только наполовину. Лютер - плохой реформатор, он подкладывает подушечки нежному телу, слишком превозносит веру и мало значения придает делам."

Мюнцер стал отвергать внешнее откровение: лишь тот, кто истерзан сердцем, кто в душевных бурях познал Бога - истинный Его избранник. Писание лишь убивает, но не оживляет. Божьим избранникам должны служить государи; народы, не подчиняющиеся им, должны погибнуть. В 1520 г. Мюнцер, в качестве проповедника в Цвиккау, выступает как пламенный демагог, как самый яркий выразитель настроения, охватившего ремесленные слои города; его грубая речь, ветхозаветные аллегории как раз отвечали простонародным представлениям. Отставленный магистратом, Мюнцер едет в Прагу, где в опубликованном на латыни воззвании громит "попов и обезьян". "Я, Томас Мюнцер из Штольберга, - так начинается воззвание, - вместе с верным и достославным поборником Христа Яном Гусом свидетельствую перед церковью избранных и целым миром, куда направил меня сам Христос и его наперсники, что я с прилежанием учился у всех живущих в мое время, пока не удостоился полного и редкого познания непобедимой, святой христианской веры. Бывшие до меня говорили о ней холодными устами . Я слышал от них лишь писание, которое они выкрали из Библии, как воры и грабители . Горько оплакиваю я величайшее бедствие христианства, что слово его затемнено и запятнано, что со смертью апостольских учеников непорочная девственница-церковь, изменив духу, стала блудницей. Но радуйтесь, возлюбленные! Небо наняло меня в поденщики, и я точу мой серп, чтобы жать колосья Голос мой возвестит высшую истину . а если я не сумею сделать это, то пусть поразят меня муки земной и вечной смерти - у меня нет более ценного залога!". После выхода воззвания городские власти немедленно приставили к автору 4 полицейских наблюдателей, и в их сопровождении Мюнцеру пришлось покинуть Чехию.

После посещения Праги Мюнцер появляется в г. Альштедте (в Тюрингии), собирает прежних своих сторонников и проповедует установление на земле царства "святых": "Израиль" (избранники) должен истребить безбожных "ханаанитов".

Руководимые Мюнцером энтузиасты разрушают иконы и жгут церкви как "пещеры дьявола". Мюнцер развивает здесь и социальный идеал: всюду должно водвориться равенство и братство, правители должны сравняться с последним христианином. В своих посланиях к властям и городам Мюнцер заявляет, что призван Богом к истреблению тиранов; право меча - у общин, а не у князей. Памфлеты его были подписаны: Мюнцер с молотом, Мюнцер с мечем Гедеона. Один из памфлетов был посвящен "светлейшему, высокорожденному владыке и всемогущему Господу Иисусу Христу". Лютеру и умеренной, чистоцерковной реформе был объявлен полный разрыв. Лютер называл Мюнцера " сатаной", а Мюнцер Лютера - виттенбергским папой, архиязычником, льстецом князей, освободившим совесть только от папы, но держащим ее в плотском плену. Лютер выступил против "альштедской фурии" с "Посланием к князьям саксонским о мятежном духе". Он обвинял Мюнцера в приготовлении к мятежу и требовал от князей изгнания лжепророка. Донос Лютера послужил поводом к дознанию. 1 августа 1524 года Мюнцер был вызван на допрос к герцогу Иоанну, в Веймарский замок. Уличить его в ереси было трудно - он в совершенстве знал Святое Писание и мог оправдать им все мысли своих проповедей и сочинений.

После новых странствований по Южной Германии, где Мюнцер завязал отношения с революционерами и вождями подготовлявшегося крестьянского восстания, он утверждается в конце 1524 г. опять в Средней Германии, в имперском городе Мюльгаузене. Здесь он возглавляет, вместе с бывшим монахом Пфейфером, городской бунт и заставляет капитулировать зажиточных бюргеров и магистрат. Избирается новый "вечный, христианский" магистрат, из "бедных" и "земледельцев". В городе проводится общность имуществ; Мюнцер отбирает монастырские владения, в соседних землях захватывает дворянские замки и монастыри. В новом строе Мюнцер не занимал определенной должности, а держал себя как пророк и вдохновитель; отпустив длинную бороду "как отцы-патриархи", в богатой одежде, он торжественно появлялся в народе и творил суд на основании закона Моисеева; перед ним носили красный крест и обнаженный меч. Его проповеди гремели против роскоши, золота, "идолов в домах и сундуках"; главной его идеей было кровавое истребление всех врагов Христа. Скоро к городскому радикализму примкнули крестьяне. Восстание крестьян вспыхивает в Тюрингии одновременно с южно-германским, но отмечено здесь отличительной чертой, которую выражал главным образом Мюнцер: оно носит теократический Характер, в духе чешского таборитства, с обращением к ветхозаветным образам. В то время, как князья Средней Германии собрали военные силы для обуздания тюрингенских крестьян и продвигались к центру влияния Мюнцера, он ждал появления из-за гор франконских крестьян и переписывался с лидерами южногерманского восстания. Наконец, он решился выйти на встречу княжескому войску при Франкенхаузене во главе 8000 крестьян, большей частью плохо вооруженных и без конницы. На требование выдать Мюнцера крестьяне ответили отказом; он обратился к ним еще раз с горячим воззванием, уверяя, что Бог отклонит от них выстрелы. Во время битвы, кончившейся полным разгромом крестьян, Мюнцер бежал и скрылся в городе, но его нашли, и после пыток обезглавили.

«Когда Мюнцер предстал перед князьями, - писал Меланхтон, - они спросили его, зачем он развращал и вводил в заблуждение бедный народ». Несмотря на всю свою ненависть к Мюнцеру, лютеранский летописец не мог не признать того, что пленник держал себя с непреклонным достоинством. «Он твердо ответил, что поступал правильно, желая наказать князей, так как они были врагами Евангелия».