Во время правления характер архитектурной деятельности в Кремле значительно усовершенствовался. Кремль приобретает в общем вполне благообразный вид. Приказы переведены из Кремля в Белый и Китай-города вследствие того, что постройки, в которых они помещались, чрезвычайно обветшали. По улицам Кремля прежде стояли нищенские избушки, где жили убогие, но с 1678 года они мало-помалу уничтожились, так как для убогих велено было строить богадельные избы при церквях.

В шесть с небольшим лет, в которые царствовал Федор Алексеевич, Кремль значительно украсился. На портрете его при гробнице в Архангельском соборе есть надпись, из которой мы узнаем следующее: “Многие церкви Божии пречудно многим благолепием украси и научение свободных мудростей российского народа присно промышляше и монастырь Спасский, иже во граде Китае на то учение определи и весьма похвалы достойную свою царскую утвердительную грамоту со всяким опасным веры охранением, на то учение написа; домы каменные на пребывание убогим и нищим со довольным пропитанием содела и оных упокояще многие тысящи, царских многолетних долгов народу отдате и впредь дани облегчи, царский дом и грады Кремль и Китай преизрядно обнови”.

В Кремле, еще в царствование Михаила Федоровича, на скате горы были устроены на сводах красные набережные сады - верхний и нижний - и которые были украшены и устроены при царе Федоре Алексеевиче, в конце царствования. Каменная стена с окнами огораживала с набережной стороны эти сады, а с внутренней - решетка. В 1681 году был устроен здесь пруд, выложенный свинцовыми плитами, в который проведена была вода из водовзводной кремлевской башни. Этот пруд весьма замечателен. Петр в детстве здесь плавал в потешных карбусах и шнавах, и, без всякого сомнения, здесь зародилась у великого монарха любовь к мореплаванию и кораблестроению. При Федоре Алексеевиче процветает садоводство и цветоводство. Кроме цветов и аптекарских трав в обоих набережных садах росли только плодородные деревья и кусты. В это же царствование впервые привезены в Кремль розы. Здесь рос виноград и посеяны были арбузы. Впоследствии в садах были устроены по шесть оранжерейных палат в каждом, отапливаемые муравленными, израсцовыми печами. В летнее время сады защищались от птиц сетями из медной проволоки. В 1687 году построенная в Кремле Водовзводная башня доставляла воду в сады. Верх ее украшен был часами, а в середине помещалась машина. По углам верхнего сада от дворца к реке стояли большие чердаки вроде беседок. Подле самых хором устроены были комнатные или сенные сады. Федор Алексеевич был вообще любитель садоводства и украшал царские вертограды.

В 1682 году Федор Алексеевич умер. Его братья Петр и Иван (умерший в возрасте 16 лет) были взошли на престол. В 1689 году Софья, их сестра попыталась при поддержке стрелецких войск произвести переворот, чтобы захватить царский трон, но потерпела неудачу. Ее отстранили от власти и заточили в Новодевичий монастырь. Царем стал Петр.

Прежде чем перейти к новой эпохе в истории Кремля, когда взамен его Петр Великий соединяет вновь выстроенный им город Петербург с историческими судьбами России, остановимся на общем очерке Кремля, над его улицами и площадями, дворцовыми и другими зданиями, какими они представлялась в это время, в конце XVII столетия.

Между двумя стенами Кремля простирался глубокий ров; стены были покрыты на два ската деревянной кровлей. Креме стены с бойницами, внутри Кремля по верху Подола к нижней стене на берегу Москвы-реки примыкала третья стена от Свибловской до Водовзводной башни. Внутри Кремля между зданиями и стенами было десять ворот. На стене у Спасских ворот, на полубашне, называвшейся царской и всполошной, висел всполошной колокол. Возле этой башне у стены была стрелецкая караульня. При Константиновской и Никольской башнях стояли одноименные с ними застенки, где заключались и истязались обвиняемые в преступлениях.

Большие улицы в Кремле шли от Ивановской площади, между каменными стенами и палатами к Спасским воротам, между деревянными стенами к Никольским и Ризположенским воротам, между каменными приказами и двором Мстиславского к Водяным воротам. От Никольских ворот до Вознесенского монастыря шла прямая улица. В кремле, кроме этих главных улиц, находились малые улицы, “тупики” и переулки.

Позади собора Св. Николы Гостунского, от церкви Рождества Богородицы на Трубе, проходила каменная труба подле стен Кирилловского подворья и двора князя Черкасского у Фроловских ворот; другая, свинцовая труба шла от Хлебного дворца к Водовзводной башне близ Боровицких ворот.

Ивановская площадь была древней и самой главной площадью в Кремле. Она служила сборным пунктом площадных подьячих - тогдашних маклеров, которые на площади же писали для желающих различные акты: купчие, закладные, оборочные и местные памяти, которые свидетельствовались тут же собравшимися сюда послухами (свидетелями). Такое площадное производство дел продолжалось до Петра I. До 1681 года в Кремле совершались и казни над преступниками. Разбойный приказ находился на Подоле, между церковью Константина и Елены и Константиновской башней. Площадь, где ныне Арсенал, тогда была сборным местом стрельцов. На ней стояли дома князя Лыкова, Оболенского и трех братьев Годуновых. На юг по скату Боровицкого холма, против дворца расположены были два набережных сада, о которых мы уже говорили.

Так как Кремль был местоприбыванием царя и его дворца, то в них находились каменные и деревянные дворцы. В XVII веке находились: Золотая палата от Благовещения к Красному крыльцу, Грановитая, чердак царицы Анастасии, где жил царь Иван Васильевич, дворец с Золотой палатой царицы Ирины, Мастерская палата или так называемый Теремной дворец и проч. К домашнему обиходу принадлежал житный двор с портомойными воротами и запасной дом, хранилище всяких съестных припасов, который разделен был на три дворца; хлебный, кормовый и сытный с погребами.

Кроме царских дворцов, приказов и других казенных зданий в Кремле, бояре и духовные особы имели также свои помещения, палаты и дворы. В конце этого столетия в Кремле еще славились дворы: Милославского, Морозова, Шереметьева, князя Черкасского, боярина Стрешнева, с крестовыми на них церквями. В разных местах Кремля, на своих дворах и двориках, жили протопопы и попы кремлевских церквей. Обыкновенно боярские дома были двухэтажные, а улицы вымащивались бревнами. Вообще, в то время деревянных зданий в Кремле было гораздо больше каменных, а скученность построек делала их очень небезопасными от огня.

В ноябре 1682 года в Кремле произошел большой пожар. Сгорели выстроенные Федором деревянные хоромы царя Петра и хоромы царевен. Загорелся Успенский собор, на котором сгорела кровля и в главах оконницы, так что все значительные иконы и мощи чудотворцев вынесены были из предосторожности в Архангельский собор. Через 3 года на месте погоревших выстроены были новые, для царя Петра и его матери, деревянные хоромы, а для царевен Софьи и других были возведены трехэтажные каменные палаты, в нижнем этаже которых была устроена комната, по приказанию царевны Софии, “где сидеть с боярами, слушать всякие дела”. В то же время построена новая церковь Красного сада и новых хором царя Петра построена церковь во имя Петра и Павла. Для подкрепления Верхоспасского собора в Меньшой Золотой палате подведены были под своды крестообразные, каменные “перетитивья”, которые хотя и обезобразили палату, но сберегли ее от разрушения. Возобновлены были: Грановитая, Золотая Средняя, Ответная и другие палаты, а также Красное крыльцо.