Осенью 1611 года в Нижнем Новгороде собралось второе ополчение, которое возглавили посадский староста Кузьма Минин и мужественный полководец, князь Дмитрий Михайлович Пожарский. Главные силы подошли к Москве в августе 1612 года. В ожесточенным бою были отброшены королевские войска, пытавшиеся извне прийти на помощь своему московскому гарнизону. В разгар боя ополченцев поддержал большой отряд казаков - остаток первого ополчения. Предводитель казаков князь Д.М.Трубецкой вначале противился участию своих таборов в сражении, не доверяя руководству Второго ополчения.

Кремль представлял в то время жалкое зрелище, хотя пожары и не тронули его, но он был весь разграблен. Сокровища царской казны, иконы, драгоценности - все было разграблено поляками.

В осажденном Кремле начался страшный голод. Смертность от истощения и была ужасная. Тогда поляки вынуждены были сдаться сами. Кремль был опять в руках русских. Это был день освобождения России. Этот день был предвестником новой, лучшей доли, лучшей будущности, ожидавшей Россию. 25 октября русские торжественно вступили в Кремль. Все ворота Кремля были открыты. Впереди всех шло о духовенство с Дионисием во главе, с крестами, иконами и хоругвями. В Успенском соборе был отслужен торжественный, благодарственный молебен.

Наконец русское ополчение после стольких усилий вступило в Кремль, вероломно отданный полякам, вступило для того, чтобы в нем советом всей земли выбрать государя и умиротворить русскую земле, страдавшую столь долго от бесчисленных бедствий. Под единой властью должно было вновь создано сильное и славное государство, под властью человека, которому были дороги русские интересы.

Теперь настало время окончить вторую миссию земского ополчения - выбрать царя. Весьма многие дворяне, боярские дети, служилые люди и казаки, стоявшие за Михаила Федоровича Романова, подали челобитную с множеством подписей Авраамию Палицыну для представления ее Собору. С таким же заявлением желания видеть Михаила Федоровича на царстве прибыл посол от Калуги и северных городов.

Понятно было общее желание народа. Дом Романовых был всегда уважаем и любим. Анастасию и Никиту Романовых народ не только любил и помнил, но память о них сделалась даже достоянием его эпоса. Сочувствие к дому Романовых пробудилось с особенной силой во время притеснения их Годуновым, когда они подверглись несправедливым жестокостям. Наконец теперь, в Смутное время, старший представитель этого рода митрополит Филарет мужественно стоял за правду и в настоящее время был задержан в Польше, по-прежнему оставаясь твердым и непреклонным.

21 февраля 1613 года все выборные собрались на Красную площадь, и не успели еще окончить вопроса о том, кому быть царем, как народ громко провозгласил; “Михаил Федорович Романов будет царь-государь Московскому царству и всей Русской державе”.

2 мая произошел торжественный въезд царя в столицу и в Кремль. Михаил и мать его слушали молебен в Успенском соборе, после чего всяких чинов люди подходили к руке царской и здравствовали великому государю. 11 июля произошло коронование на царство. С избранием и воцарением Михаила Федоровича окончилось Смутное время.

В продолжение всего царствования Михаила Федоровича идет усиленная деятельность по постройке различных хором и зданий. Вместо деревянных зданий строится много каменных, но последние с трудом завоевывают себе симпатию; так царское семейство, убежденное, что в деревянных зданиях жить полезнее, не жило в каменных. В Кремле тогда еще находился Разбойный приказ, место уголовного суда, а местом пыток был Константиновский застенок, откуда тела тюремных сидельцев вывозились на переулки для сбора милостыни на их погребение. Местом казни было полое место в Кремле, а потом перед Лобным местом, на теперешней Красной площади. Все пространство от Никольских до Спасских ворот в прежнее время служило ареной для казней. Здесь стояло около 15 церквей, выстроенных родственниками казненных на тех местах, где прежде торчали на кольях головы, где валялись обезглавленные тела, где висели повешенные. Церкви эти назывались “на крови у голов, что на рву”.

Вообще все тридцатидвухлетнее царствование Михаила Федоровича было посвящено как на устройство земли русской, так и на устройство дворцов в Кремле, как мы видели, чрезвычайно разоренных при господстве поляков, так как все ценное было разграблено во дворцах, и сам дворец был без окон и дверей. Но Московское государство, совершенно разграбленное и разоренное, первоначально доставляло скудные средства к восстановлению благолепия и красоты дворца, который постепенно увеличивался и обстраивался. В 1614 году были уже выстроены новые большие государевы хоромы, а в следующем иконописцы расписывали в них подволоки или плафоны, а затем сторож Михалка Андреев делал в Серебряную палату тех же хором литую вислую подволоку; потом устроены новые кровли (которые, по всей вероятности, были сделаны котельными мастерами) над Золотой, царицыной палатой и над проходными палатами, а также на Постельном крыльце. Но пожары являются сильными врагами построек и усовершенствований Кремля. Так в 1619 году, по всей вероятности, сгорели царские деревянные хоромы, так как уже в следующем году дворцовый плотничный староста Исаев выстроил для государя новые хоромы. Лучшие иконописцы того времени расписывали эти хоромы живописью в иконном стиле. Через несколько лет к ним были прибавлены две мыленки, избушка и сенничек, а в 1625 году была возобновлена церковь Рождества Богородицы на Сенях с приделом Св. Лазаря. В то же время за дворцом были выстроены каменные ледники и пивоварни, а над каретными дворами - светлица, палата, мастерская для золотых и белых швей; для них же вблизи палаты было поставлено несколько деревянных светлиц на подклетях. Таким образом, мало-помалу обстраивался дворец в Кремле, но только он был окончательно устроен, как вновь сильный пожар в мае 1626 года опустошил его. При этом сгорели: двор государев и патриарший, монастыри Вознесенский и Чудов и “в приказах каменных всякие дела погореша, и казна, и конюшни, и житницы все и все дела государевы погореша”. Но вскоре были вновь воздвигнуты новые жилые постельные хоромы, и уже в сентябре Михаил Федорович справлял в них новоселье, именно в новой передней избе. Через два года царь праздновал новоселье в новой брусяной столовой избе и угощал бояр обедом, а те ему били челом, хлебом да солью, да соболями, кто сколько мог, парой или даже целым сороком собольих мехов. В 1627 году палатный мастер, иностранец Джон Талер возобновлял Сретенский собор, выстроил новую церковь на сенях царицы, новую каменную церковь во имя великомученицы Екатерины, по всей вероятности, на место деревянной же сгоревшей. Именно после майского пожара 1626 года мы видим преобладающий тип построек, уже каменный, так как обитатели Кремля горьким опытом были научены опасности постоянных пожаров деревянных построек. По указу государя из разных мест были собраны в Кремль каменщики и кирпичники для многих церковных, дворцовых и палатных “каменных дел”. Вызван был кирпичный мастер из Голландии для постройки кирпичной поварни, на которую была проведена вода посредством водоподъемной машины, так как в то время вода в Москве-реке не была загажена стоками фабричных нечистот и представлялась чистой и годной для питья. Свиблова башня, в которую была проведена из Москвы-реки вода, а из нее в поварню, на сытный коровой дворец, - с тех пор начала вызываться Водовзводной. В 1635 и 1636 годах были выстроены каменные хоромы для государя и его детей, которые были поставлены на стенах старого здания над мастерской палатой, бывшей в начале XVI века приемной Софии Палеолог, а позже Елены Глинской и называлась задней и западной, и над палатами - подклетными, которые тянулись до палаты меньшей - Золотой. Это место было занято прежде деревянными хоромами, на месте которых появились теперь три новых каменных этажа, выведенных подлицо с царицыными приемными палатами и с теремом наверху. Надпись, возобновленная над входом, указывает, что верхний этаж предназначен был для малолетних царевичей Алексея и Ивана. Это здание существует и теперь и носит название Теремного дворца. Несмотря на то, что этот дворец каменный, по своему устройству и расположению он вполне представляет собой тип деревянных жилых хором и является чрезвычайно интересным памятником русского зодчества, как в самом фасаде, так и в деталях, даже во внешних, наружных украшениях, например, окон, которые по своему рисунку весьма напоминают резьбу из дерева, но внутри дворца характер деревянных построек является еще более заметным. Почти все комнаты трехэтажного дворца одинаковой величины, с тремя окнами - тип великорусской избы, так это Теремной дворец представляет несколько таких изб, поставленных рядом и связанных между собой в несколько ярусов с теремом или чердаком наверху. Хотя мы и видим, что теснота деревянных построек и довольно частые пожары, посещавшие Кремль, и заставляют строить каменные дворцы, но тем не менее помещение в обширном дворце не расширяется, а еще остается вполне подчиненным условиям быта наших предков. С восточной стороны этого дворца был устроен храм во имя Нерукотворенного образа с пределом Иоанна Белградского. Эти церкви при дворцах, составлявших необходимую принадлежность каждого отдельного помещения, назывались “что на Сенях” и находились при помещениях цариц, царевичей и царевен. Площадка, образовавшаяся между теремом и этой новой церковью, составляла передний каменный двор, с которого шла лестница на постельное крыльцо и впоследствии запиралась золотой решеткой, почему и эта церковь Спаса на Сенях получила название “Спас за Золотой Решеткой”. Вообще же в этих каменных постройках дворцов хотя и вполне удержалась традиция русской деревянной избы, но все-таки вводились некоторые, хотя мелкие, нововведения, приближавшие архитектурную реформу.