Никольскую башню, как рассказывают летописи, заложили на новой, присоединенной к Кремлю территории. Стену от нее повели в сторону реки Неглинной.

В 1492 году рядом с двором бояр Собакиных соорудили третью угловую башню - Собакину, которую ныне называют Угловой Арсенальной. К 1495 году вдоль болотистых берегов реки Неглинной заканчивают строительство цепи мощных башен: Троицкой, Средней Арсенальной, небольших Комендантской и Оружейной. Всего в Кремле 20 башен, 19 из них расположены по периметру стен, а двадцатая - Кутафья - предмостная, отводная от Троицкой башни.

Мартынов и Снегирев в своем сочинении говорят: что “Кремль был наземный и подземный, внешний и внутренний. Повелением великого князя Иоанна III Петр Фрязин построил две отводные стрельницы, или тайника, и многие палаты и выходы (пути) к ним с перемычками по подземелью, на основаниях каменных, как пишет Крекшин, водные печи, чрез весь Кремль-град, осадного ради сиденья. В таких споях и выходах хранились: порох, свинец, каменные ядра и даже государственные сокровища. В кружалах же наготове лежали под навесом пушки, пищали, ядра, чеснок, или пометные каракули, которые бросали под ноги лошадям; там стояли котлы для кипятка и смолы, также и другие воинские снаряды. В таких кружалах, а равно и в самых стенах, помещались избы служилых стрельцов, пушкарей, затинщиков и розмыслов (инженеров). В случае нападения неприятеля осадные дворы в городе служили убежищем для посадских и хранилищем ценных пожитков. На башнях висели осадные или всполошные колокола. Сам Ивановский столп, как называлась в XII веке Ивановская колокольня, имел значение дозорной башни и на ней стаивали дозорные сторожа”.

Во время общей перестройки Кремля из деревянного в каменный при Иоанне III деревянный Успенский собор был сломан и почти выстроенный русскими мастерами каменный вскоре обрушился. Тогда известному строителю итальянцу Аристотелю Фиоравенти выпало на долю воздвигнуть здание более прочное и долговечное. Характеристику мастера этого дает нам г. Снегирев в следующих словах: “Фиоравенти, сдвинувший с места колокольню в Болоньи, а в Ченто выпрямивший покривившуюся башню, научил москвитян обжигать кирпичи, которые он делал уже, длиннее и тверже прежних, а известь приготовлял более клейкой и густой; вместо булыжника он начал класть внутрь стен ровный камень и связывать их железом; своды (покровы) сводил в один кирпич и строил здания палатным образом. Кроме того, Фиоравенти был пушечно-литейным мастером, медальером, монетчиком и пр.” Заимствуя характер сооружения собора Богоматери во Владимире, Фиоравенти окончил постройку в 1479 году в том виде, в каком мы находим его и теперь. В 1484-86 годах псковскими мастерами была построена церковь Ризположения.

Итальянец Алевиз по приказу Иоанна III на месте старого Архангельского собора построил новый, более обширный. В 1509 году новый собор был освящен.

Патриарший двор был перенесен к Успенскому собору; на месте Ханского подворья построена церковь Гостунский собор, и на месте Ханского конюшенного двора был основан знаменитый Чудов монастырь. Дворец в период от конца XV века до половины XVII века изменяет совершенно свой как наружный, так и внутренный вид и характер своих сооружений. Со времен Иоанна III в сооружение зданий Кремля вносится как известно, новый элемент, заменивший собой употреблявшийся до сего времени, почти исключительно, деревянный материал. Материал этот - кирпич, выделывать который научили русских вероятно или итальянцы, вызванные великим князем, или новгородские мастера, познакомившиеся с ним благодаря сношению Новгорода с ганзейскими городами, так как известно, что в то время в Новгороде был сооружен и славился своим великолепием владычный двор.

Постепенность постройки дворца шла так. Сначала был разорбран деревянный Благовещенский собор ( в 1405 году расписанный Андреем Рублевым), а затем на старом нижнем этаже в 1482 году было воздвигнуто здание (расписанное уже при преемнике Иоанна III). Этот собор стал домовой церковью московских государей. Затем построена была Малая или Набережная палата близ Благовещенского собора, ныне не существующая, и потом уже в 1491 году итальянцы Марко Руф и Петр Антоний соорудили на площади большую палату, уцелевшую до наших дней, под названием Грановитой. Затем великий князь переехал в дом боярина Патрикеева и приказал строить дворец каменный, но пожар 1493 года, уничтоживший всю Москву и не пощадивший также Кремля, приостановил на время постройку дворца, так что он был окончен лишь в 1508 году уже при Василие Иоанновиче. Боясь повторения пожара великий князь Иоанн III повелел уничтожить вокруг Кремля все деревянное за Неглинкой и за Москвой-рекой на расстоянии 110 сажен (около 235 метров). Теперь мы воспользуемся описанием, сделанным И.Забелиным, чтобы представить возможно полную картину тогдашнего дворца.

“Передний фасад дворцовых зданий или, вернее сказать, лицо дворца обращено было на площадь между Благовещенским, Архангельским и Успенским соборами и церковью Иоанна Лествичника, что под Колоколы, на месте которой в XVII веке воздвигнут Иван Великий и пристройка патриарха Филарета. На эту площадь выходили две дворцовые палаты - Большая, стоявшая на самой площади, ныне Грановитая, и Средняя, находившаяся между Большой и Благовещенским собором, к западу от них на дворце или на дворе великокняжеском. Перед Средней палатой было Красное крыльцо и Передние переходы, на которые с площади вели три лестницы: одна была, как и теперь, у стены Большой или Грановитой палаты - это та, которую неправильно называли Красное крыльцо; другая - средняя лестница, теперь не существующая: третья - Благовещенская паперть. Между лестницей подле Грановитой палаты и Средней были ворота, которые, посредством проезда под Красным крыльцом и Средней палатой вели с дворца, т.е. с внутреннего двора, на площадь. Средняя лестница прямо, через крыльцо, вела в сени Средней палаты, которая почти с этого же времени называется Средней Золотой и просто Золотой, потому что была расписана внутри золотом. Из этих же сеней двери вели в столовую избу, которая стояла позади Средней палаты против алтарей церкви Преображения. Подле столовой избы была лестница вниз, на двор, к Спасу; крыльцо перед этой избой, служившее продолжение Передних переходов, соединяло ее с двумя набережными палатами, Малой, стоявшей против западных дверей Благовещенского собора и Большой, находившейся далее к западу от Малой, по линии Кремлевской горы. За этими палатами, к Москве-реке, стояли чердаки или терема. Посреди государева двора стоял, как мы уже упоминали, Спасский Преображенский собор. Постельные или жилые хоромы великого князя и постельная изба, княгинина половина, примыкавшая к церкви Рождества Богородицы, находилась на том самом месте, где теперь Теремный дворец. В то время существовал только нижний, подклетный этаж этого здания, построенный Алевизом на белокаменных погребах в одно время с другими палатами. Над этим-то этажом стояли деревянные постельные хоромы великого князя и великой княгини или собственно княгинина половина. Здесь же, у церкви Лазаря Святого, стояла каменная приемная палата великой княгини, называвшаяся Западной и Задней (1547г.) в отношении к Передним переходам дворца, т. е. к Красному крыльцу, а также палатой, что у Лазаря Святого. Двери из этой палаты вели на Постельное крыльцо, которое примыкало также к сеням палаты и соединялось дверью, между этих сеней и сеней Средней палаты, с Передними переходами или Красным крыльцом. Лестница с постельного перехода вела на двор, к Спасу. Поваренный дворец стоял позади Рождественской церкви и хором великой княгини, соединяясь с этими хоромами задним крыльцом с лестницей. По береговой линии дворец простирался до церкви Иоанна Предтечи на Бору, где в палате, что на дворце, в 1537 году скончался в заключении, в нужде, страдальческой смертью князь Андрей Иванович Старицкий.”