Еврейский мыслитель Спиноза (1632-1677) в своем «Богословско-политическом трактате» заложил основы научной критики Библии. Исходя из концепции «двух истин», он считал, что для познания подлинной истины Библия имеет мало цены, так как авторитетом может быть только разум, а не Священное писание. Он отвергает тот ореол, которым окружена Библия, и полагает, что необходимо учитывать исторические обстоятельства, при которых создавались те или иные тексты. Спиноза доказывал, что Моисей не мог быть автором Пятикнижия. Он также выявил много противоречий, повторений и разночтений в текстах различных книг Библии.

Причины религиозного суеверия Спиноза видел в страхе народа перед непонятными и таинственными силами природы. Между религией и суеверием то различие, писал он, что суеверие имеет своей основой невежество, а религия – мудрость.

Классическое естествознание XVII—XVIII вв., дающее начало современной Науке сосредоточено на изучении движения тел, законов динамики.

Наиболее последовательно сформулированные еще Ньютоном принципы были проведены выдающимся французским мате­матиком и астрономом XVIII в. П. С Лапласом, чьи труды поды­тожили развитие механики XVII—XVIII вв. Рассказывают, что, получив в подарок экземпляр книги ученого «Изложение системы мира», Наполеон (1769 — 1821) как-то заметил автору: «Ньютон в своей книге говорил о Боге, в Вашей же книге я не встретил имени Бога ни pазу». П. С. Лаплас ответил: «Гражданин первый консул, в этой гипотезе я не нуждался».

Успехи механики как науки привели к созданию механической картины мира, в которой Бог признавался в качестве творца материи и движения. На этой научной основе возникает новая философская концепция — деизм, которая противопоставляется исторически существовавшей религии. Конфликтная ситуация возникает не из-за законов самой небесной и земной механики; противостоят друг другу разные картины мира, разное понимание божественного присутствия в нем, а вере в Откровение противопоставляется рациональный метод познания мира, сформировавшийся в недрах науки.

Бурный процесс накопления положительных званий в XIX в. привел к созданию новой картины мира. Особую роль в ее формировании сыграл открытый и 40-х годах XIX в. закон сохра­нения энергии, утверждавший неуничтожимость энергии, ее пере­ход из одного вида в другой; неуничтожимость материи. Другим важным открытием в исследовании живой природы было установ­ление клеточного строения живых тел. Было доказано, что клетка является структурной элементарной единицей всего живого: рас­тений, животных, микроорганизмов. Химики, синтезировав мочевину, находимую ранее только в живом теле, показали, что при всей глубине различий живого и неживого между ними нет непро­ходимой пропасти.

В конце 50-х годов XIX в новый конфликт между религией и наукой возникает в связи с появлением теории Ч. Дарвина. Ч. Дарвин, обобщив обширный фактический материал, доказал, что виды растений и животных не постоянны, а изменчивы. Кроме того, он пришел к выводу, что способность организмов приспосабливаться, целесообразность их строения и поведения есть результат процесса естественного отбора. Теория Ч. Дарвина вступала в противоречие с идеей божественной целесообразности живой природы, подводила к выводу о естественном возникновении жизни на Земле. Эти и другие открытия создали такую новую картину единого природного мира, в которой различные формы движения при всех их отличиях оказались взаимосвязанными и объясняемыми на основе имманентных им законов.

Множество гениальных мыслителей имели свои собственные взгляды на религию и науку и именно в этих взглядах кроются причины многовековых споров.

Англичанин Рассел (1872-1970) утверждает, что в науке существует определенные принципы, такие как постоянство вещей и индуктивный вывод, которые должны быть приняты как основы науки, даже если они и не могут быть проверены на опыте. Он утверждает, что они так или иначе извлечены нами из опыта.

Рассел был скептически настроен в отношении аргументов в пользу существования Бога, говоря, что он не видит таких доказательств, и в книге «Почему я не христианин?» (1927) систематически исследует эти аргументы: «Мир располагает знанием, способным обеспечить счастье всем людям; главной преградой на пути использования этого знания является религиозное учение. Религия не позволяет нашим детям получить рациональное образование; религия препятствует нам в устранении коренных причин войны; религия запрещает нам проповедовать этику научного сотрудничества вместо старых и жестоких доктрин греха и наказания. Возможно, что человечество уже стоит на пороге золотого века; но если это так, то сначала необходимо будет убить дракона, охраняющего вход, и дракон этот – религия». [Рассел Б. Почему я не христианин. М., 1987. С. 114-130]

Рассматривая этот вопрос итальянский мыслитель, основатель томизма Фома Аквинский (1225-1274), как и некоторые его предшественники говорил о том, что религия и наука обладают разными способами достижения истины. Так, если религия и теология обретают свои истины в откровении, Священном писании, то наука и философия приходят к истинам посредством опыта и разума. В то же время по предметам исследования наука и религия, философия и теология не так резко отличаются, как по отношению к методам исследования. Аквинат полагал, что в теологии существуют истины, которые могут быть обоснованы с философских позиций. Конечно, они могут обойтись и без этого философского обоснования, но все-таки последнее больше укрепляет веру человека в эти истины, т.е. принципы вероучения нуждаются в рациональном обосновании лишь как в дополнительном укреплении веры.

Позиция превосходства веры над знанием продиктована также стремлением Аквината устранить противоречия между ними, которые возникают, по его мнению, в силу того, что ученые, стремясь к знанию, забывают о Боге, о божественном откровении, и поэтому над ними господствуют ошибки чувственного восприятия и логического рассуждения. Если же возникают противоречия между верой и разумом, то приоритет всегда должен принадлежать вере. Более того, все науки должны согласовывать свои положения с теологией как с высшей мудростью, они должны стремиться прежде всего к обоснованию всего того, что содержится в Библии, а философия, занимаясь также доказательством христианских догматов, выступает как преддверие веры. Доказательства бытия Бога у Фомы сведены в 5 пунктов:

1) Если брать движение во всей его полноте, а не только как механическое движение, нельзя не прийти к «перводвигателю», то есть к Богу.

2) Если все в мире имеет свою причину, то должна быть «первопричина» - Бог

3) Бесчисленное множество случайностей и возможностей в мире должно управляться абсолютно необходимой причиной – то есть Богом.

4) Для измерения степеней совершенства (красоты, блага, истинности) всего, что есть в мире, должно существовать абсолютное мерило всех совершенств, то есть Бог.

5) Все существующее в мире обладает какой-то степенью целесообразности. А значит должна существовать «последняя» и главная цель – Бог.