В Правительстве РФ 13 мая 1997 года Кириенко был назначен первым заместителем министра топлива и энергетики РФ. Пост министра топлива и энергетики РФ в этот момент занимал Б.Немцов и фактически, он пригласил в министерство “своего”, надежного первого заместителя. Заняв пост первого заместителя министра, Кириенко достаточно быстро стал проявлять самостоятельность. Подобные действия не встречали осуждения со стороны Немцова. По мнению большинства экспертов, тот факт, что именно Кириенко реально осуществлял руководство министерством, был удобен для Немцова-политика, поскольку освободил его от “текучки” и позволил заниматься решением глобальных вопросов, в том числе и борьбой за пост наследника Б.Ельцина. В числе первых реальных дел Кириенко выделяют проведение переговоров с Чечней о транзите каспийской нефти. Вопреки позиции Чечни, настаивавшей на том, что Россия в стоимость транзита должна включить и нанесенный экономике республики ущерб и потому “платить много, Кириенко удалось отстоять совершенно иную модель оценки стоимость транзита: “чеченский тариф” должен исходить из оценок экспертов о стоимости прокачки нефти, а все иные выплаты (если они будут иметь место) проходят через бюджет и не связаны с нефтяным транзитом. При этом Кириенко считал чеченское направление основным. К концу мая 1997 года Кириенко передал Б.Немцову предложения по реорганизации Министерства топлива и энергетики РФ. По его словам министерство к этому моменту было с одной стороны “лоббистским органом”, а с другой - погрязло в бессмысленной текучке, оставшейся с советских времен, например предписаниях АО об отгрузке нефтепродуктов. Принципиальным решением стало разделение ведомства не по отраслевому, а по функциональному признаку по двум главным направлениям. Ими должны были стать оперативное управления (сохраняющее отраслевые черты) и направление, отвечающее за реформирование и стратегическое развитие. Соответственно их курировали два первых заместителя министра. Если оперативное направление должен был курировать кадровый нефтяник Виктор Отт, получавший контроль за лицензированием доступа к природным ресурсам и контроль за расходованием ресурсов (включая изъятие подобных функций у структур естественных монополий), то стратегический блок должен был возглавить сам Кириенко. В собственной системе Кириенко образовал департамент аналитического обеспечения и стратегического планирования, предназначенный для формирования среднесрочного стратегического баланса отрасли, и программно-отраслевой блок, предназначенный для разработки программ реформ в отраслях ТЭКа. Тем не менее, Кириенко часто решал именно оперативные вопросы, впрочем пытаясь делать это на стратегическом уровне. В июне 1997 года Кириенко был направлен на разрешение энергетического кризиса в Приморье. Решение проблемы было осложнено политической обстановкой в крае, противостоянием мэра Владивостока В.Черепкова и губернатора Приморского края Е.Наздратенко. Кириенко изначально избрал схему невмешательства в политический процесс, занялся чисто экономическим аспектом проблемы, созданием эффективной схемы функционирования энергетики региона и ее взаимоотношений с потребителями. При анализе кризиса, Кириенко выделил четыре основных причины его возникновения. Во-первых - это несбалансированный убыточный тариф, из-за которого в края накопилось более 500 млрд рублей долга. Во-вторых, возникшая из-за несбалансированности тарифов ситуация на рынке, когда вымывается дешевая энергия. По словам Кириенко, Приморская ГРЭС, способная закрыть до 80% потребностей края, закрывала лишь 20-25% хотя при увеличении производства цена ее энергии была бы дешевле той, что закупалась у федерального рынка. В-третьих - существовавшая в края сложная система посредников и перепродавцов энергии в результате которой возможность проследить путь денег по потребителя к производителю и их собираемость резко падала. И в четвертых - политическое противостояние между властями края и Владивостока, когда мэр призывает граждан не платить за электроэнергию. Предпринятые Кириенко меры основывались на последовательном решении проблем. Во первых, была изменена структура тарифа: для населения он был поставлен в зависимость от употребления электричества, для предприятий - выравнен. При этом были направлены усилия для снижения тарифов для организаций и предприятий федерального бюджета, поднятых во многих случаях искусственно. Во-вторых, в регион были направлены средства для погашения долгов федерального бюджета и приняты меры по взысканию долгов с иных неплательшиков. В-третьих, были приняты меры по увеличению мощностей Приморской ГРЭС, созданию прямых связей ГРЭС с угольщиками. В-четвертых, исключены муниципальные посредники между “Дальэнерго” и потребителями. При этом была разработана схема немедленного перечисления полученных за электроэнергию денег напрямую угольщикам и электросетям. Были ликвидированы многочисленные льготы потребителям энергии. Однако, кризис полностью преодолеть не удалось, ввиду прежде всего политических проблем: громадной задолженности г.Владивостока (возникшей из-за конфликта мэрии и руководства края), а так же неплатежей со стороны финансируемых из федерального бюджета оборонных предприятий и объектов Тихоокеанского флота. Тем не менее, большинство средств массовой информации восприняли работу Кириенко в Приморье как победу. В июне 1997 года Кириенко был одним из участников “пробития” Указа Президента РФ, согласно которому, потребителям газа РАО “Газпром”, расплачивающимся “живыми” деньгами предоставлялась бы скидка до 40% стоимости газа. В июне 1997 года Кириенко начал озвучивать в прессе предложения по реформам в топливно-энергетической сфере. В области электроэнергетики Кириенко выступал за вывод долговой сферы из “подковерных зачетов” и создание цивилизованного рынка долгов, допуск на него большего числа субъектов, в том числе и крупных финансовых институтов. Лозунгом Кириенко стал тезис: “Долги надо возвращать. Если их нельзя вернуть “живыми деньгами”, их придется возвращать имуществом”. При этом Кириенко подчеркивал. что долгов бюджетных потребителей перед, например, РАО “ЕЭС России” существенно больше, чем долгов РАО бюджету и речь вполне может идти не о национализации, а о реструктуризации госдолга. Особо оговаривалось, что текущие платежи и долги предприятий должны быть разведены. Особое внимание уделялось отмене льгот для потребителей электроэнергии. По мнению Кириенко, поддерживать отдельный социальные и профессиональные группы населения путем предоставления льгот по оплате электроэнергии нерационально, лучше повышать зарплату. В то же время предлагалось в бюджете 1998 года принять защищенную статью на оплату бюджетными организациям энергии. Говоря о взыскании долгов с нефтяных предприятий, Кириенко выступал за контроль в той сфере, где государство может его осуществлять наиболее эффективно - не в сфере финансовых потоков, а в сфере экспорта нефти, контроля за счет государственной компании “Транснефть”. Для этого предлагалось выделить 8% квоту экспорта нефти, отведенную ранее под финансирование федеральных программ, для прокачки нефти в счет погашения задолженности перед бюджетом. Подобная программа должна была реализовываться за счет многосторонних договором между компаниями производителем и покупателем, Минфином и Минтопом. По своей сути данная схема весьма напоминает схему “пенсионная нефть”, реализованную Кириенко в Нижегородской области. 20 ноября 1997 года Кириенко был назначен министром топлива и энергетики РФ. Одновременно министром финансов был назначен один из лидеров “Яблока” Михаил Задорнов. Это, более радикальное изменение в Правительстве РФ (Задорнов сменил на посту Анатолия Чубайса) фактически затмило назначение Кириенко, поскольку. по мнению большинства наблюдателей, в Минтопэнерго появился “человек Немцова”. Тем не менее, к этому моменту Кириенко практически стал самостоятельным игроком. В интервью “Независимой газете” вскоре после назначения, Кириенко особо подчеркнул, что структура министерства была построена под министра - вице-премьера. Задачу “своего” министерства Кириенко видел прежде всего в обеспечении государственного влияния в сфере естественных монополий, установление справедливых правил перед участниками рынка. Уже тогда Кириенко заявил, что “аполитичность - это был бы идеальный вариант работы”. Новый министр топлива и энергетики быстро нашел общий язык с премьер-министром В.Черномырдиным. В феврале 1998 года Кириенко представил премьеру программы “спасения ТЭК”, направленную на решение проблемы неплатежей в отрасли. Помимо озвученных ранее тезисов, основой программы было введение режима строгой экономии. Планировалось проведение политики поставок энергии (топлива, электроэнергии и тепла) только на предприятия, которые оплачивают поставки и одновременное снижение цен на энергию. Помимо этого, Минтопэнерго рассчитывало провести четкое лимитирование бюджетных организаций, их энергоаудит. Особенно Кириенко подчеркивал, что в ТЭК съедена не только “жировая прослойка”, накопленная в советское время, идет процесс экономии на строительстве новых мощностей, но и сокращается финансирование ремонтных работ, мероприятий по технике безопасности, что в случае не принятия экстренных мер может привести к развалу отрасли. Для нефтяных компаний, особенно в условиях нефтяного кризиса Правительство должно было обеспечить снижение издержек на прокачку нефти по трубопроводам “Транснефти. Кроме того, предполагалось создать специальную комиссию по проведению единой политики российских нефтегазовых компаний на мировом рынке, шире использовать соглашения о разделе продукции. Программа нашла полную поддержку со стороны Премьера. “Известия” отмечают, что в марте В.Черномырдин общался с Кириенко несколько раз на дню (Известия, 24 марта 1998 г.). 17 марта 1998 года программа была изложена Кириенко на заседании комиссии по оперативным вопросам Правительства РФ. Натуральные лимиты бюджетополучателям были установлены в 70% реально оплаченной в 1997 году энергии, были разработаны и финансовые лимиты. Лимитирование было подкреплено серьезным воздействием - Минфин обещал не принимать бюджетную роспись у ведомств, если цифра будет больше лимита Минтопа. С теми же ведомствами, которые проигнорируют лимиты Кириенко предлагал разбираться просто: ”Мы идем на провокацию и доводим лимит в размере “аварийной брони”, чтобы люди поняли что это серьезно: начинается паника и появляются реальные цифры”. Эта схема была опробована на ФСБ и дала положительный результат. По мнению Кириенко, лимитированные бюджетные потребители могут стать “лучшими плательщиками, за которых пойдет драка”. Это по мнению премьера может привести к ценовой конкуренции и снижению цен на энергоносители. Кириенко продолжил реформирование угольной отрасли. Отмечая, что на угольные предприятия во многом переложены функции социальной защиты горняков, он тем не менее настаивал на проведении реструктуризации предприятий, сочетающейся с созданием новых рабочих мест. Кириенко резко выступал против дотирования цены на уголь, особенно для предприятий, которые могут, после реструктуризации, оказаться рентабельными. Однозначно министр поддерживал закрытие лишь нерентабельных не при каких условиях шахт. Совместно с администрацией Кузбасса Минтопэнерго разработало программу развития угольной промышленности области, на ее базе создало программу развития угольной промышленности России. Уже в январе 1998 года Кириенко довольно четко отмечал, что с началом масштабной реструктуризации угольной отрасли, в стране начнутся “угольные скандалы”. Источником их он видел руководство регионов или угольных компаний.