База потока наличности является относительно сложной, потому что при ее исчислении заработная плата должна отделяться от прибыли, так как расходы на заработную плату разрешено вычитать из базы налога. Но она позволяет разделить налог на зарплату с налогами на доход от капитала, что является важным для определения величины социальных выплат, которая определяется на базе заработной платы.

В основном при применении в рамках упрощенного режима налогообложения косвенных методов выбор базы налогообложения зависит от того, какие налоги предполагается заменить единым налогом, а кроме того, соображениями, улучшения механизма администрирования данной категории налогоплательщиков. Использование в качестве базы налогообложения потока наличности, в большей мере схоже с применением налоговой базой налога на прибыль. Использование валовой выручки в качестве базы, налогообложения целесообразно только в тех случаях, когда преобладают соображения администрирования.

Упрощенный режим налогообложения, в большей мере это, как уже отмечалось, даже упрощенный режим налогообложения, учета и отчетности, направлен в первую очередь на стимулирование развития деятельности субъектов малого предпринимательства. Основной целью применения данного режима в отношении субъектов малого предпринимательства является максимальное упрощение взаимоотношений названной категории налогоплательщиков с бюджетом и на этой основе создание у них заинтересованности в добровольном и объективном декларировании своих доходов.

Упрощенный режим позволяет данной категории налогоплательщиков получать значительную экономию за счет снижения налогового бремени, и естественно за счет сокращения управленческих расходов.

Однако в качестве отрицательного фактора применения упрощенного режима налогообложения можно выделить вероятность возникновения определенных потерь бюджетов связанных с усложнением контроля за достоверностью исчисления и, как следствие, уплаты налогов.

Третий вид режимов налогообложения субъектов малого предпринимательства полностью основывается на использовании косвенных методов определения налоговых обязательств налогоплательщика. Основой применения косвенных методов налогообложения являются различные способы определения размера вмененного дохода. Вмененный доход в данном случае употребляется в широком смысле, то есть как налоговая база, для расчета которой используются косвенные методы, отличные от методов, основанных на общепринятом учете. Фактически налогообложение вмененного дохода подразумевает не непосредственный расчет налоговой базы, исключительно исходя из данных бухгалтерского и налогового учета, а определение ее расчетной величины на основе косвенных признаков и различных физических показателей. Причем применение налога на вмененный доход целесообразно исключительно в том случае, когда эти косвенные признаки и физические показатели просты и для измерения, и для контроля со стороны налоговых органов.

Самой тривиальной формой вмененного налога является аккордный налог, устанавливаемый в зависимости от вида экономической деятельности, места осуществления деятельности или стоимости капитала.

Наиболее простой формой аккордного налога однозначно можно считать фиксированную сумму налога, устанавливаемую исключительно в зависимости от вида экономической деятельности. Примером данной формы являлся действующий в Российской Федерации до введения специальных налоговых режимов порядок налогообложения индивидуальных предпринимателей по упрощенной системе налогообложения, учета и отчетности. Стоимость патента и являлась той самой фиксированной суммой налога.

Другой подход к налогообложению доходов малого бизнеса строиться на установлении определенного размера регулярных выплат в зависимости от стоимости собственного капитала. К примеру, в Боливии, где стоимость капитала используется в качестве критерия для применения к налогоплательщику упрощенного режима, сумма налога, подлежащая уплате, устанавливается в виде фиксированных выплат, размер которых зависит от категории собственного капитала налогоплательщика.

Применение аккордного налога целесообразно в отношении четко определенной и в высокой степени однородной категории налогоплательщиков.

Так, аккордный налог, установленный в каком-то определенном размере, будет оправдан в отношении, к примеру, такой категории налогоплательщиков, как сапожники без наемных работников. В тоже время, аккордный налог оправдан и "для частных адвокатов, с количеством работников до 15 человек. Но, один и тот же аккордный налог, установленный в одной и той же сумме и в отношении сапожников, и относительно адвокатов, приведет либо к непосильной налоговой нагрузке для сапожников, либо к потерям бюджетов всех уровней в результате заметного уменьшения поступлений сумм налогов от адвокатов.

Альтернативой аккордному налогу, хотя иногда они применяются одновременно, является определение суммы налога в виде процентной доли оборота или валовой выручки. Фактически данный метод используется и в рамках упрощенного режима налогообложения.

При выборе соответствующей налоговой базы самое простое - это придерживаться того показателя, который используется в качестве критерия для определения налогоплательщика. Так, если в качестве критерия обложения вмененным налогом или освобождения от НДС выбран оборот предприятия, его обычно принимают за налоговую базу при исчислении налогового обязательства. В то же время, как уже отмечалось, следует признать, что с экономической точки зрения данный показатель вряд ли оправдан, несмотря на то, что он прост в применении и способен обеспечить определенные поступления в казну. Размер оборота или валовой выручки слабо соотносится с доходом и, как правило, неточно отражает способность налогоплательщика уплачивать налог.

Системы вмененного налога могут распространяться на предприятия определенного размера или занимающиеся определенными видами деятельности, а также на лиц отдельных профессий, которые либо механически подпадают под данный режим, либо переходят на него по своему выбору. При этом некоторые страны могут использовать более сложную методику, закрепленную в соответствующих законодательных актах, в которой применяются различные коэффициенты и показатели.

Отдельно можно выделить методики оценки дохода налогоплательщиков, отказывающихся от сотрудничества с налоговыми органами (оценка на основании собственного суждения). Хотя используемые в таких случаях методы оценки аналогичны вышеописанным, обстоятельства их применения различны.

Налоговые органы оценивают облагаемый доход на основании собственного суждения в тех случаях, когда необходимая информация для определения фактического дохода отсутствует, поскольку налогоплательщик не подал налоговую декларацию или указанные в декларации сведения не подтверждаются соответствующими учетными документами. Кроме того, налоговым инспекторам предписывается прибегать к такому способу, если у них появляются сомнения в правильности начисленного самостоятельно налога, а налогоплательщик отказывается давать пояснения. Примером в данном случае является Германия.