Левые фракции в Думе получили в совокупности 222 мандата (43% общего числа избранных депутатов). Народники разных направлений - 157 мест. Со­циал-демократическая фракция насчитывала 65 депутатов. В то же время «центр» - кадеты потеряли 80 мандатов. Одновременно усилились правые и ок­тябристы, они заняли в Думе 54 места (10%). Резкое ослабление кадетского «центра» и столь же явное усиление левого крыла уже говорило о том, что воз­можность соглашения между правительством и Думой стала еще более при­зрачной. Уже 6 марта Столыпин выступил перед депутатами с правитель­ствен­ной программой. Список открывал знаменитый указ 9 ноября, далее пе­речисля­лись другие аграрные мероприятия. Во всей остальной части речи Столыпин четко дал понять, что правительство для реализации этой про­граммы готово со­вместно с законодательными учреждениями приложить все усилия, оратор сразу пояснил, какое правительство он имеет в виду: прави­тельство, которое «хранит исторические заветы России», то есть самодер­жавно-монархическую власть. Концовка речи явно провоцировала левую часть Думы на резкие выступления. Столыпин говорил с особо выразительной интонацией, его слова были напол­нены силой и чувством особенного достоин­ства. Речь была короткой, но слова, произнесенные в ней, стали историче­скими: “Все ваши нападки рассчитаны на то, чтобы вызвать у власти и прави­тельства паралич воли и мысли; Все они сво­дятся в двум словам :»Руки вверх!» На эти слова правительство с полным спо­койствием и с сознанием своей правоты , может ответить тоже только двумя словами «Не запугаете!”. Как ни тяжело было впечатление, произведенное на него заседанием 16 марта, Столыпин еще не допускал и мысли о роспуске Думы. В это время в Думе шли дебаты по двум вопросам: аграрная политика и принятие чрезвычайных мер против революционеров. Правительство требовало осуждения революци­онного терроризма, но большинство депутатов отказались это сделать. Более того, 17 мая Дума проголосовала против «незаконных дейст­вий полиции». Уже ни у кого не оставалось сомнения, что скоро II Дума прекра­тит свое существо­вание, искался только предлог для роспуска думы. И вскоре предлог нашелся. С помощью двух провокаторов, агентов охранки было состря­пано обвинение социал-демократической фракции II Думы, в подготовке ею во­енного заго­вора, который был направлен против царя и всего государства. На этом осно­вании Столыпин 1 июня 1907 года потребовал отстранения 55 депута­тов и лишние 16 из них депутатской неприкосновенности, чтобы их можно было немедленно арестовать. Через несколько месяцев на страницы печати «вы­плыли» две фамилии - Шорникова и Бродский. Они признавались, что «заго­вор» был организован по заданию охранки.

3 июня Николай II сам объявил о роспуске думы и назначил созыв на 1 но­ября 1907 года. В манифесте, провозгласившим роспуск Думы, было объяв­лено о коренных изменениях в законе о выборах. Акт 3 июня 1907 года был справед­ливо назван государственным переворотом, он был совершен в нару­шение ма­нифеста 17 октября 1905 года, согласно которому ни один закон не может быть принят без санкции Государственной Думы. Надежды Столыпина на то, что может удастся склонить «центр», который был приемлем правитель­ству, но уже с первых дней стало понятно, что надежда нереальна.

Мысль о необходимости изменения избирательного закона стала главной задачей не только для правительства и царя, но и для всей буржуазии. В это время начались разработки проектов. Он был разработан Советом объединен­ного дворянства спустя всего лишь неделю после открытия II Думы, на засе­да­нии 27 февраля 1907 года. Проекты избирательного закона вышли из октяб­рист­ской среды. Таким образом, царь и Столыпин, встав на путь государст­венного переворота, опирались на поддержку не только черносотенцев и по­местного дворянства, но и большую часть цензовой «общественности», вклю­чая не только октябристов, но и группу прогрессистов, хотя они предпочитали свое со­чувствие взятому правительством курсу открыто не афишировать. При разра­ботке нового избирательного закона, были полностью перераспределены квоты выборщиков в пользу буржуазии и помещиков. I и II Думы явно не впи­сывались в самодержавную систему, и надо было создать новую Думу, более «поклади­стую», а для этого все средства хороши.

Теперь, избавившись от оппозиционной думы, Столыпин мог проводить политику авторитарную и консервативную, основанную на твердой решимо­сти обновить страну и укрепить власть. Почва для этого была подготовлена новым избирательным законом.

Думский справочник 1916 года рисует такую картину: дворяне, состав­лявшие, по переписи 1897 года, менее 1% населения, получили в III думе 43% мест от общего числа, то есть 66 мест, примерно 15% мест получили поме­щики . Лица либеральных профессий 84 (19,4%), торговцы -36 (7,5%), священ­ники и миссионеры получили 44 места, что примерно (10%) от общего числа. Рабочие и ремесленники получили всего 11 мест. Таким образом, Дума получи­лась такой, какая нужна была Столыпину.

16 ноября 1907 года Столыпин выступает перед Думой с правительствен­ной декларацией. Первая и основная задача, как он говорил, это не реформы, а борьба с революцией, которая может сорвать все, что было задумано им. По­сле принятия указа 9 ноября Думой он с внесенными поправками поступил на об­суждение Государственного совета и также был принят, после чего по дате его утверждения царем стал именоваться законом 14 июня 1910 года. По сво­ему экономическому содержанию это был либеральный буржуазный закон, который способствовал развитию капитализма в деревне. Конечно же это был прогрес­сивный закон.

Столыпин не ограничивался реформами в сельском хозяйстве, он об­думы­вал реформы местного управления, образования для малоимущих и кре­стьян. Речь, в которой затрагивались эти вопросы прозвучала в Думе 9 ноября 1908 года. Вскоре в Думе возник «Польский вопрос», он появился в 1910 году в связи с вопросом о западном земстве и выборах от западных губерний в Го­сударст­венный совет.

Законопроект был принят 29 мая 1910 года. Но, несмотря на быстрые темпы, срок введения земства в западных губерниях в законопроекте при­шлось передвинуть на год: Государственный совет уже не успевал принять его до 1 июля, то есть до срока выборов.

Законопроект о выделении из Царства Польского Холмщины был по-на­стоящему первым выходом нового столыпинского «центра». Законопроект о Холмщине был принят 26 апреля 1912 года правооктябристским большинст­вом. 4 мая его передали в Государственный совет, а уже 23 июля того же года утвердил царь и законопроект стал законом.

Между тем, к осени с полной очевидностью обнаружилось, что реформ не будет. Это привело к резкому обострению противоречий всех звеньев сис­темы - между правой и либеральной частью Думы.

Столыпин в интервью одной из немецких газет суть случившегося с За­падным земством объяснял следующим образом: Дума «еще слишком юна и чересчур нестройна по духу политической подготовке своих членов, чтобы ее взгляды и решения считались без дальнейших справок непогрешимыми».