Наказанию вплоть до смертной казни подлежали сговор о перебежке к неприятелю (арт. 99). К дезертирству относилось промедление с возвращением из поездки без уважительных причин (арт. 100).

В условиях создания регулярной армии особое значение получили составы преступлений против порядка подчинённости и воинской чести, т.е. против воинской дисциплины. Наиболее тяжко - смертной казнью наказывалось вооружённое или невооружённое нападение нижестоящего на вышестоящий чин или просто обнажение шпаги в присутствии вышестоящего начальника (арт. 36); избиение, грабеж или нанесение вреда лицам или имущественным объектам (дома, замки, сёла), находящимся под особой охраной или военных властей (арт. 23); угроза побоями, оскорбление словом или неповиновение, совершаемые в походе или в лагере, где караульная служба (арт. 26), поношение бранными словами высших командиров-фельдмаршалов и генералов в компаниях или собрании (арт. 22), а также неисполнение приказа начальника “из злости или упрямства” (арт. 27). Неисполнение приказа “от лености, глупости или медления, однакож без упрямства, злости и умыслу”, непристойное рассуждение об указах, а также неуважительное отношение к судьям, провиантским служителям, экзекуторам наказывались по усмотрению военного суда, а неисполнение их распоряжений или воспрепятствование отправлению ими своих служебных обязанностей (например, нападение на палача) влекло смертную казнь (арт. 28, 29, 34, 35, 204, 205). Закрепляя безусловное повиновение подчинённых своему начальнику и просто вышестоящему чину (арт. 31), Воинский Устав и Артикул воинский в отличие от западноевропейского законодательства предоставлял право не только офицерам, но и солдатам не выполнять приказы начальника, если они противоречат смыслу воинской службы и интересам государства, с обязательным сообщением своего мнения высшему начальству (арт. 30).

Специфическими преступлениями, связанными воинской службой, являлось нарушение уставных правил караульной, конвойной и внутренней службы. К нарушениям правил караульной службы относились опоздание, оставление караула, сон во время караула, невозможность несения караульной службы из-за опьянения и другие (арт. 38-41). Как нарушение порядка воинской службы рассматривались действия, вызывающие необоснованную тревогу в ночное время, совершённые не только караульным, но и любым военнослужащим (арт. 37, 48). В отличие от прежних норм, предусматривающих за эти составы смертную казнь, Устав устанавливал наказания в зависимости от умысла и обстоятельств дела - от аркебузирования (расстрела) до шпицрутенов. Субъектом этих преступлений являлись те, кто несёт караульную службу, препятствует её правильному отправлению или несёт за неё ответственность.

С созданием регулярной армии возникла необходимость определения составов военных должностных преступлений. К ним относились отказ солдата от исполнения всевозможных работ в крепости, лагерях, на кораблях или где будет приказано, если эти работы идут на пользу государю и войску. Невыполнивший приказ должен был быть расстрелян (арт. 50-51). “По розыску”, т.е. по обстоятельствам дела, наказывался уход с работы до её окончания или прогул (арт. 52). Вводилась ответственность офицера в виде лишения чести, чина и имущества за принуждение солдат к трудным и тяжёлым работам на себя (арт. 54-55).

Предусматривается наказание за превышение власти начальников в отношении с подчинёнными. Требуя исполнения приказа, офицер должен был “весьма воздержаться от всех поносных и чести касающихся слов”, тем более от побоев. В противном случае он мог быть не только “накрепко наказан”, но и лишён чина (арт. 31, 32). Во избежание разного рода недовольств, дезертирства, грабежей со стороны военных, не получающих необходимого довольствия, впервые в российском законодательстве вводились наказания за злоупотребления, связанные со снабжением армии продовольствием, обмундированием и выплатой жалованья. Артикул воинский признаёт преступным получение денег за умерших, беглых и т.п., а также получение денег на действительное количество солдат, если оно превышает установленное (арт. 65). Аналогично от лишений чина и ссылки на галеры до смертной казни наказывались офицеры, присвоившие полагавшееся солдатам довольствие (арт. 66). К должностным преступлениям относилось нарушение порядка увольнения и отпуска из армии. Субъектом преступления могли быть офицеры, освободившие солдат от военной службы без разрешения высшего начальства или отлучившиеся сами, а также солдаты и унтер-офицеры, которые дерзнут “из службы своего господина отходить” (арт. 69-75).

Появляются составы о преступном посягательстве на военное имущество. К ним относились “небрежение” ружья или обмундирования, что влекло дисциплинарное взыскание (арт. 56); умышленное уничтожение или порча, наказуемые шпицрутенами и выплатой стоимости испорченного имущества (арт. 57-58); промотание военного имущества путём продажи, заклада, проигрыша, караемое в третий раз расстрелом. Субъектом этих преступлений являлись не только владельцы имущества, но и покупатели и залогоприниматели, как лица, способствовавшие непригодности солдата к военной службе. Помимо штрафа в размере тройной стоимости имущества, они могли быть в зависимости от социального положения наказаны шпицрутенами (арт. 59).

Значительное место занимают составы, связанные с воинскими преступлениями, совершаемыми в районе боевых действий. К ним относились различные виды уклонения от похода: опоздание с явкой в свой полк или роту, неприбытие в часть в момент похода, оставление своего места в строю, отказ во время боя исполнить приказ начальника (арт. 76-80). Наказания в этих случаях определялись воинским судом по обстоятельствам дела. Шельмованием и смертной казнью для офицеров, децимацией ( выборочное наказание каждого десятого, обычно повешение) и шпицрутенами для солдат каралось самовольное оставление крепости или укреплённых позиций. Отказ воинской части выполнить приказ о вступлении в бой и побег воинской части с поля боя карались смертной казнью (арт. 103).

Отдельно выделяются преступления, совершаемые против местных жителей. Повешением карались воровство или грабёж “вне обоза”, т.е. преимущественно в отношении жителей (арт. 83), а стоимость украденного возмещалась начальствующим составом, в обязанность которых входило предотвращение грабежей со стороны своих подчинённых (арт. 81). Запрещалось самовольное занятие квартир, самоуправство в отношении хозяина квартиры и его людей, нанесение им убытков, а также несоблюдение правил поведения и поддержания чистоты в лагерях и самовольные отлучки особенно “для добычи” (арт. 84-93). Последнему составу посвящена глава XIV Артикула воинского. Утверждая право воинских людей на разграбление имущества граждан захваченного населённого пункта, Артикул определяет порядок пользования военной добычей и обращения с пленными. Под угрозой смертной казни запрещались грабежи и разрушение строений, имеющих общественное значение, - церквей, школ, госпиталей (арт. 104), убийство женщин, стариков, детей, священников (арт. 105), а также захват военной добычи без данного на то разрешения (арт. 106). Наказание, по усмотрению суда, полагалось за нарушение правил дележа и продажи добычи (арт. 107-112).