Бывшая правящая партия начала консолидировать свои позиции. Было посмертно восстановлено членство в МНРП Ю.Цэдэнбала, проведена конференция, посвященная его памяти. Однако, разногласия в правительственном лагере нарастали. В октябре 1998 г. был убит один из лидеров демократического движения 1990 г. и претендент на пост главы правительства, министр инфраструктуры С.Зориг. Правящей коалиции долго не удавалось назначить нового председателя правительства; 5 кандидатов на этот пост не смогли добиться успеха. Только в декабре 1998 г.хурал утвердил главой правительства мэра Улан-Батора Э.Наранцацралта, который уже в июле 1999 г. подал в отставку и был заменен бывшим министром иностранных дел Р.Амаржаргалом.

Засуха лета 1999 г. и последовавшая за этим необычно холодная зима вызвали катастрофическое падение сельскохозяйственного производства. Погибли до 1,7 из 33,5 млн. голов скота. Продовольственная помощь требовалась не менее чем 35 тысячам человек. Рост зарубежных инвестиций (в 1999 г. они увеличились по сравнению с 1998 г. на 350% и составили 144,8 млн. долларов США) в добычу меди и производство кашемирового волокна, а также текстиля не могли смягчить для населения последствий структурных экономических реформ, которые проводились под патронажем Международного валютного фонда. Треть населения жила ниже уровня прожиточного минимума, средний доход на душу населения составлял 40–80 долларов США в месяц и был ниже, чем в России и Китае.

Разочарование в политике правящей коалиции привело к ее тяжелому поражению на парламентских выборах в июле 2000 г. МНРП завоевала 72 из 76 мест в Великом Государственном Хурале и вернулась к власти. По 1 месту получили НДП, блок Партии гражданской смелости и Зеленых, Альянс родины и независимые.

Генеральный секретарь МНРП Н.Энхбайяр, ставший после выборов главой правительства, пообещал, что рыночные реформы будут продолжаться, но в смягченном варианте. Энхбайяр – известный переводчик русской и англо-американской литературы, в 1992–1996 гг. занимал пост министра культуры, в 1996 г. был избран генеральным секретарем МНРП. Считает себя активным буддистом; в МНРП выступает сторонником социал-демократического облика партии.

Господство МНРП укрепилось в мае 2001 г., когда Н.Багабанди, получив 57,9% голосов, был переизбран на второй срок. Президент подтвердил свою приверженность экономическим преобразованиям, правам человека и демократии и отрицал обвинения в намерении вернуться к однопартийной системе. В 1998 г. Монголию посетил впервые с 1990 г. глава западноевропейского государства: им стал президент ФРГ Роман Херцог. Сменивший его в 1997 г. Н.Багабанди (срок полномочий 1997–2002) является представителем МНРП. При нем началось возвращение коммунистов на многие ответственные посты в республике. Было восстановлено членство в МНРП Ю.Цэдэнбала, проведена конференция, посвященная его памяти. Уже несколько лет длится противостояние МНРП и Демократического союза оппозиционных партий. В октябре 1998 г. страну потрясло первое громкое политическое убийство основателя демократического движения, депутата парламента и министра развития инфраструктуры С.Зорига. Еще в 1990 г. Советский Союз согласился полностью вывести свои войска из Монголии. Теперь во внешнеполитических связях Монголии ведущие позиции занимают Китай, Япония и США.