1 июня 1606 года Шуйский венчался на царство без малейшей пышности, буд­то человек, вступающий в тайный брак или стыдящийся своего ничтожества. Новый царь был маленький старик, 53-х лет от роду, очень некрасивый, с подслеповаты­ми глазами, начитанный, очень умный и очень скупой. Сразу вслед за тем был воз­веден на престол новый патриарх — быв­ший казанский митрополит Гермоген, из­вестный своим сопротивлением неправославным поступкам Дмитрия.

Первым публичным делом Шуйского после принятия царского сана было пере­везти тело царевича Дмитрия в Москву. За этим телом ездил ростовский митрополит Филарет и с ним двое Нагих — Григорий и Андрей. 3 июня мощи Дмитрия были при­везены и выставлены в Архангельском со­боре. Таким образом царь как бы всена­родно давал понять, что и первый Дмит­рий, и все те, кто явятся за ним (о том, что Дмитрий удалось спастись, говорили в Москве уже на другой день после восстания), — не более, чем самозванцы. Но этой мерой нельзя было уже остановить начинающуюся смуту. Сам Шуйский невольно способствовал ее зарождению. Он сослал в Путивль за преданность Дмитрию князя Григория Петровича Шаховского. Шаховской, приехав в Путивль, собрал жителей и объявил им, что царь Дмитрий жив и скры­вается от врагов. Путивльцы немедленно восстали против Шуйского, их примеру последовали другие северские города. Воевода Черниговский Андрей Телятевский также пристал к ним. Началась волнения в самой Москве. Однажды, идя к обед­не, Василий увидел множество народа у дворца; толпу возбудили известием, что царь будет говорить с народом, Шуйский остановился и. плача от досады, сказал окружавшим его боярам, что им не нужно выдумывать коварных средств, если хотят от него избавиться, что, избрав его царем, могут и низложить его, если он им неуго­ден, и что он оставит престол без сопро­тивления. Потом, отдав им царский посох и шапку, продолжал: "Если так, выбирай­те, кого хотите". Бояре стали уверять, что они верны в своем крестном целовании. "Так наказывайте виновных", — сказал Шуйский. Те уговорили народ разойтись. Пятерых крикунов схватили, высекли кну­том и сослали.

Столица на некоторое время успокои­лась, но на Украине события закручива­лись не на шутку. Здесь никогда не было недостатка в удалых и отважных людях. Теперь же их явилось даже с избытком. Войска, собранные под Ельцом, избрали предводителем Истому Пашкова и при­сягнули все до единого стоять за закон­ного царя Дмитрия. В то же время из Польши явился Иван Болотников и объя­вил, что виделся за границей со спасшим­ся Дмитрием и что тот поручил ему воз­главить восстание. Шаховской дал ему начальство над войском. Болотников вскоре доказал, что в нем не ошиблись. С 1300 казаков он пришел под Кромы и наголову разгромил пятитысячный царс­кий отряд. С этого времени его имя ста­ло широко известно и множество ратных людей стали стекаться под его знамена. Грамоты Болотникова произвели мятеж, охвативший Московскую землю подобно пожару. В Веневе, Туле, Кашире, Алек­сине, Калуге, Рузе, Можайске, Орле, Дорогобуже, Зубцове, Ржеве, Старице целовали крест Дмитрию. Дворяне Ляпуно­вы подняли именем Дмитрия всю Рязан­скую землю. Возмутился Владимир со всей землей. Во многих поволжских го­родах и отдаленной Астрахани провозгласили Дмитрия царем. Из крупных го­родов только Казань, Нижний Новгород, Великий Новгород и Псков сохранили верность московскому царю, А из окра­инных городов сильное усердие к Шуйс­кому показал Смоленск. Жители его не любили поляков и не ждали ничего хоро­шего от царя, посаженного ими.

Осенью 1606 года Болотников двинул­ся походом на Москву. Города сдавались ему один за другим. 2 декабря он был уже в селе Коломенском. К счастью для Шуй­ского, в армии Болотникова произошел раскол. Дворяне и дети боярские, недо­вольные тем, что холопы и крестьяне хо­тят быть равными им, не видя при том Дмитрия, который мог бы разрешить меж­ду ними споры, стали убеждаться, что Бо­лотников их обманывает, и начали отсту­пать от него. Братья Ляпуновы первые по­дали этому пример, прибыли в Москву и поклонились Шуйскому, хотя терпеть не могли его. Болотников был разбит юным князем Михаилом Васильевичем Скопиным-Шуйским и ушел в Калугу.

Избавившись от осады, Шуйский по совету патриарха Гермогена пригласил в Москву бывшего патриарха Иова. Тот при­ехал в феврале 1607 года, простил и раз­решил всех православных христиан от клятвы, наложенной им за нарушение кре­стного целования Борису. Еще прежде гробы с телами Годуновых были переве­зены в Троице-Сергиев монастырь и там погребены. Этими поступками царь хотел примириться с прошлым и тем придать своей власти более законности. Но с на­ступлением лета силы Болотникова опять начали увеличиваться пришедшими каза­ками. Явился новый самозванец, родом муромец, незаконный сын "посадской жен­ки" Илейка, ходивший прежде с бурлака­ми по Волге. Он назвал себя царевичем Петром, небывалым сыном царя Федора Ивановича. Узнав, что войско Петра идет к Калуге, князь Мстиславский, осаждав­ший здесь Болотникова, отступил. Болот­ников пошел к Туле и соединился с Пет­ром. Тогда Шуйский принял меры реши­тельные: разосланы были строгие прика­зы собираться отовсюду служилым людям, монастырские и церковные вотчины дол­жны были также выставить ратников, и таким образом собралось до 100 000 че­ловек, которыми царь решился предводи­тельствовать сам. 5 июня 1607 года на реке Восме он встретил объединенную ар­мию мятежников. Целый день шло упор­ное сражение, и Шуйский одержал побе­ду. По некоторым известиям дело реши­лось тем, что князь Телятевский с 4000 сподвижников перешел на сторону царя. Шаховской, Болотников и царевич Петр отступили в Тулу, а Шуйский начал осаду. Осажденные два раза отправляли гонца в Польшу, к друзьям Мнишека, что­бы те постарались немедленно выслать какого-нибудь Лжедмитрия. Но самозва­нец нашелся сам собой.

В начале июня явился в Стародуб по­дозрительный молодой человек, который назвался родственником Нагих и всюду распространял слухи, что Дмитрий жив. Когда же стародубцы подступили к нему с решительными вопросами, он самого себя объявил Дмитрием. Кто был этот Лжедмитрий, неизвестно. Все, кто знаком был с первым Дмитрием, дружно свиде­тельствуют, что второй нисколько не по­ходил на него ни внешностью, ни харак­тером. Это был человек грубый, невеже­ственный, жестокий и хитрый. Все повад­ки изобличали в нем темного авантюрис­та, недаром в народе он получил прозви­ще Вора. Около самозванца быстро стала собираться дружина, над которой он по­ставил начальником пана Маховецкого.

Тем временем Шуйский находился под Тулой. Некто Кровков предложил царю за­топить город, запрудив реку Упу. Сначала Шуйский с боярами смеялись над этим предложением, но потом дали волю Кровкову. Тот велел каждому из ратных людей принести по мешку с землей и начал пе­рекрывать реку, В городе начался голод, и Болотников с Петром пошли на перего­воры с царем, соглашаясь сдать город, если Василий обещает им помилование. Шуйский обещал пощаду. 10 октября 1607 года Тула сдалась. Петра повесили немедленно. Болотникова сослали в Кар­гополь и там утопили. Шаховского сосла­ли на Кубенское озеро в глухой монастырь.