Период гражданской войны стал переломным для Академии. Процесс ее превращения в учебное заведение нового, социалистического типа не прекращался все эти первые пять лет советской власти.

В начале 30-х гг. в Академии было немало сделано для того, чтобы ее учебно-научная деятельность соответствовала задачам и практике военно-медицинской службы в военных округах, опережая их, наполняя современным научным содержанием. Этому способствовало развертывание кафедры военных и военно-санитарных дисциплин после назначения ее руководителем Б.К.Леонардова (1931)., открытие в том же году по предложению профессора В.А.Оппеля кафедры военно-полевой хирургии. Тогда же была создана кафедра военно-химического дела. Курс физической

культуры и врачебного контроля преобразован в кафедру. Расширилась и укрепилась лагерная учеба. Научная деятельность сотрудников ВМА была перестроена применительна к потребностям жизни армии и флота. В 1929-1930 гг. к военно-медицинской тематике относилось 6% научных работ, в последующие два года такая работа составляла 50-60% всех плановых тем.

В 1930 г. начался очередной пересмотр учебного плана. Было сокращено число предметов. Удельный вес лекций уменьшился с 34 до 14.9%. необходимо отметить, что происходившая «реконструкция» в ВМА носила свойства того периода развития всей высшей школы нашей страны, когда ломалась старая система обучения и строилась новая со всеми крайностями и ошибками.

С началом Великой Отечественной войны с особой остротой встает проблема мобилизации наиболее опытного медицинского персонала в действующию армию. Проводятся досрочные выпуски 3989 слушателей старших курсов военно-медицинских академий и военных факультетов мединститутов в качестве зауряд-врачей, а из военно-медицинских училищ – 13423 фельдшеров.

До октября 1941 г. в Ленинграде функционировали Военно-медицинская и Военно-морская медицинская академии ( эвакуированные затем в Самарканд и Киров ). В ходе войны не удалось решить положительно проблему укомплектования медицинской службы требуемым количеством врачей-специалистов, особенно хирургического профиля. В первые дни войны ВМА было откомандировано в распоряжение ГВСУ и ВСУ Северного фронта 144 профессора, преподавателя и врача, которые получили фронтовые назначения. На фронт выехали почти две трети профессоров и преподавателей ВМА. Все слушатели и профессорско-преподавательский состав Академии активно принимал участие в оказание медицинской помощи во время военных действий. Кроме того ВМА не прекращала обучающий процесс в годы войны. В целом Военно-медицинская академия им. С.М. Кирова сделала в годы войны 5 выпусков старших врачей полков и по 3 выпуска слушателей командно-медицинского и лечебно-профилактического факультетов.

В послевоенном периоде подготовка военно-врачебных кадров занимала ведущее место в деятельности Военно-медицинской академии им. С.М.Кирова.

В 1948 г. Академии исполнилось 150 лет. Предполагалась обширная программа торжеств, публиковались юбилейные статьи в периодической печати. Сначала юбилейный акт был отложен на 10 дней, а затем не состоялся вовсе. Отмена юбилея, вероятно, связана с так называемым «Ленинградским дело» ( 1948 ).

В Академии перерабатываются учебные планы, программы и тематические планы с целью организации обучения и воспитания будущих военных врачей на богатейшем опыте Великой Отечественной войны. Прежде всего это коснулось кафедры организации и тактики медицинской службы. Пристальное внимание стало уделяться полевой выучке слушателей. Академии в 1947 г. был выделен лагерь в районе Красного Села, а в 1951 г. в штат введен пробный учебный военно-медицинский полигон.

Летом 1952 г. П.Г. Столыпин был назначен начальником ГВМУ. Начальником ВМА- генерал-лейтенант медицинской службы Н.И. Завалишин, до этого работавший начальником ГВМУ. В 1952-1953 гг. Академия, как и вся страна, переживала тяжелое время в связи с делом «врачей-вредителей», среди которых оказались и бывшие воспитанники и профессора ВМА. Учебная, научная и лечебная работа не останавливалась, хотя все еще действовали последствия так называемого «Ленинградского дела».

В 1960 г. состоялось организационное оформление факультета подготовки врачей для ВВС, существовавшего еще с довоенных времен, правда в форие профильной подготовки врачей для сухопутных войск и военно-воздушных сил. Таким образом в Академии стали действовать три факультета первичной подготовки врачей.

В период с 1960 по 1985 г. в Академии продолжалась активная работа по совершенствованию учебного процесса, были созданы новые учебные планы и программы, которые характеризовались современным содержанием и лучшей согласованностью со смежными дисциплинами, более выраженной профильностью подготовки и военной направленностью.

Произошла окончательная разработка и формирования факультетов по направлению военной деятельности. 1 факультет – усовершенствование врачей, 2 факультет – сухопутные и ракетные войска, 3 факультет – ВВС и ВДВ., 4 факультет – ВМФ.

В 90-х годах продолжалось совершенствование военно-медицинского образования, повышение профессиональной подготовленности слушателей и курсантов, их преданности отечеству, способности выполнить свой воинский долг.