П.А. Дубовицкий скончался в марте 1868 г. Он был последним президентом Академии. С 1867 г. во главе ее находился начальник, первым из которых стал профессор П.А. Наранович, возглавлявший МХА в 1867-1869 гг. За время управления Академией П.А. Нарановичем кардинальных изменений в жизни МХА не произошло.

В 1881 г. Медико-хирургическая академия была переименована в Военно-медицинскую академию

В этом году было введено новое Положение об Академии. « Временное положение 1881 г. имело своей задачей превратить Академию, бывшую до этого общедоступным высшим учебным заведением с солидной репутацией, в трехкурсовую с ограниченным штатом обучающихся, обязанных служить исключительно по Военному и Морскому ведомствам. Академия должна была состоять только из трех старших курсов с количеством студентов равным 500-650 человек. Все студенты должны были состоять на действительной военной службе.

В последнее десятилетие 19 в., на территории ВМА были построены здания для многих клиник, в их числе для клиники нервных болезней, а также инфекционные павильоны и новая студенческая столовая. Был проведен капитальный ремонт и реконструкция здания клинического военного госпиталя на Пироговской набережной, открыт первый в России ренгеновский кабинет, стали работать радиографические и зубоврачебные кабинеты. В клиниках Академии было увеличено число мест для гражданских больных. На территории Академии была построена своя электростанция и проведено электричество, проложена усовершенствованная канализация.

В конце 19 – начале 20 в. Студенты ВМА были допущены к более широкой практической деятельности вне Академии. Как всегда они много работали в районах страны во время эпидемий, неурожаев, голода, посещавших Россию в те годы.

Важнейшим событием в жизни Академии явился ее 100-летний юбилей. (1898) Под руководством начальника ВМА В.В. Пашутина, активно поддержанного Ученным советом,была заблаговременно проделана огромная подготовительная работа. Наиболее значимым результатом ее явилось издание капитального труда « История Императорской Военно-медицинской академии за сто лет. 1798-1898».Празднование столетнего юбилея проходило так. 17 декабря 1898 г. в Академической церкви отслужили панихиду по ее усопшим руководителям, деятелям и воспитанникам. В Академическом зале состоялся обычный годовой акт в присутствии почетных гостей. После всенощной в Академической церкви в актовом зале прошел раут в честь иностранных делегатов 18 декабря в Петропавловском соборе была отслужена панихида по в Бозе почивающим монархам, начиная с Павла I, на гробницу которого от Академии возложили венок.

Юбилей был одним из немногих торжеств в Академии, имевших широкий отклик в различных слоях русского общества, отмечался не только в Петербурге, но и во многих других городах страны.

Вскоре после юбилея возник вопрос об организации в Академии военной и военно-медицинской подготовки. Первый лагерный сбор был проведен с 25 мая по 8 августа 1902 г. под Ярославлем в 3-й Гренадерской дивизии. В период сбора студенты изучали устройство санитарной части в войсках, посещали местный лазарет, где знакомились с постановкой медицинской и административно-хозяйственной работы, а также с обучением носильщиков переноске раненых.

События первой российской революции 1905-1907 гг., не обошли стороной и Военно-медицинскую академию. Проходившие в ее стенах многотысячные митинги посторонних лиц с участием студентов ВМА, возникшие в столице студенческие волнения, нарушение нормального хода учебных занятий, случаи стрельбы и насилия на улицах, прилегающих к зданиям ВМА, вызвали временное закрытие Академии ( с весны 1905 г. до конца учебного года ). Выпускные экзамены в 1905 г. выразили желание держать всего 7 студентов выпускного курса.

После событий 17-19 октября 1905 г., когда у стен Военно-медицинской академии пролилась кровь во время столкновения полиции и демонстрантов, возникла необходимость организации скорой медицинской помощи. Система оказания медицинской помощи предполагала назначение медиков-организаторов. Организаторы медицинской помощи из числа студентов Академии имелись в каждом районе столицы.

В марте 1913 г. было введено новое Положение об Академии, предусматривавшее ее военизацию. В соответствии с новым Положением об Академии часть уволенных студентов была принята обратно, с учетом мнения штаб-офицеров, отвечавших за их поведение, студенты переименовались в слушателей и принимали присягу. Их приравнивали к юнкерам. Была изменена форма одежды (цвет формы стал темно синим).

Во время Первой мировой войны во исполнение высочайшего повеления от 14 марта 1915 г. по окончанию переводных испытаний слушатели подготовительных курсов ( 1-го и 2-го ) были командированы в главные перевязочные отряды при пехотных дивизиях для несения службы в качестве нижних чинов-санитаров во время летних каникул ( до 1 сентября 1915 г.) с зачетом времени пребывания в действующей армии за счет лагерного сбора, положенного по программе обучения.

Перешедшие на 4-й курс слушатели командировались для работы в военно- медицинских учреждений действующее армии, а окончившие 8 семестров назначены на службу в действующую армию до окончания войны с присвоением звания зауряд-врача 1-го разряда.

Проблемой, обращения в послевоенный период, стали зауряд-врачи, число которых за 1915-1916 гг. составило 210 человек. Для завершения образования и сдачи государственных экзаменов бывшим четверокурсникам пришлось возвращаться в Академию. К концу 1917/17 учебного года возвратилось 103 человека из их числа.

О том что принесла Великая Октябрьская социалистическая революция в стены Военно-медицинской академии, написано немало. В то же время о революционном перевороте непосредственно в академической жизни известно в меньшей степени.

Несмотря на то что большинство слушателей, учившихся в Академии в 1917 г., были формально вне политики, посторонними наблюдателями они быть не могли. Февраль 1917 г. наполнил улицы Петрограда многочисленными демонстрациями рабочих, солдат, служащих, студентов. Слушатели Академии хорошо видели все это из окон аудиторий.

Февральская революция была встречена в Академии с подъемом. Большинство студентов, служащих и преподавателей приветствовали свержение самодержавия. Студенты-медики вместе с рабочими участвовали в схватках с полицией и казаками на улицах столицы.

После падения в октябре 1917 г. Временного правительства и прихода к власти большевиков в медицинской службе армии наступил кризис. В результате демобилизации значительная часть медицинского состава выбыла из рядов армии. Немалая ее доля оказалась в оппозиции к новой власти. Декрет СНК « О призыве на действительную военную службу бывших офицеров, враче, фельдшеров, лекарских помощников и военных чиновников, состоящих на действительной военной службе и в запасе и родившихся в 1892-1897 гг.» от июля 1918 г. означал переход к комплектованию Красной Армии на основе всеобщей воинской обязанности.

В числе высших учебных заведений, продолжавших готовить врачей для армии и флота, оставалась Военно-медицинская академия. В марте 1918 г. Академия перешла в подчинение Петроградского окружного военно-санитарного управления. Был восстановлен 5 – летний срок обучения и прикомандирование врачей для усовершенствования. В ходе реформы народного образования в 1919-1920 гг. над Академией дважды нависала угроза потери, принадлежности к Военному ведомству. Благодаря вмешательству начальника ГВСУ З.П. Соловьева удалось сохранить Академию для Красной Армии.