Создание Медико-хирургической академии в Санкт-Петербурге имело предысторию.

Начало медицинского образования в России относится ко второй половине 17 столетия, когда обучение лекарей для войск стало осуществляться путем прикрепления учеников к частным преподавателям при Аптекарском приказе. Такую подготовку вряд ли можно считать началом систематического медицинского образования. Это было не обучение, а передача опыта оказания первой медицинской помощи, перенимание того, что делал учитель. В период правления Алексея Михайловича ( 1645-1676 ), в год воссоединения Украины и России ( 1654 ) при Аптекарском приказе имелась школа для подготовки военных лекарей из стрелецких детей. Преподавание в ней носило ремесленнический характер, и, подготовив около сотни лекарей, она прекратила свое существование. Позже появилась идея создания специального учебного и лечебного учреждения для подготовки военных лекарей. В 1682 г. издан указ об устройстве специальной больницы для лечения больных и обучения врачей. Этот указ реализован не был.

Наем иностранных врачей не мог удовлетворить нужд армии и флота. Поэтому Петр I вернулся к идее создания русской школы медицины. В годы его правления ( 1689-1725 ) организованы более 200 госпиталей и лазаретов. Первый большой госпиталь, основанный в Москве в 1707 г., имел целью подготовку русских врачей. Для чего «велено изо всяких чинов людей набрать для Аптекарской науки 50 человек». Утверждено положения о госпитале не было. Его деятельность регламентировалась директором госпиталя лейб-медиком Николаем Бидлоо.

Московская школа была создана, вероятно, исключительно благодаря Николаю Бидлоо – человеку образованному и горячо преданному своему делу. Уроженец Голландии, он был принят на службу в Россию в 1702 г. и прослужил почти 30 лет. Госпиталем и школой он заведовал с одним помощником. По мнению историков, роль Н.Бидлоо состоит в доказательстве того, что русские люди способны быть хорошими врачами.

В 1707 г. Аптекарский приказ был реорганизован в Аптекарскую канцелярию, часть которой в 1712 г. перевели в Петербург. В 1715 г. на Выборгской стороне началось строительство Адмиралтейского и Сухопутного военных госпиталей. Петр I принимал в нем личное участие. Присутствуя при закладке фундамента Адмиралтейского госпиталя, он сказал: « Здесь всякий изнеможенный служивый найдет себе помощь и успокоение, которое ему до сих пор не было. Дай только Бог, чтобы никогда многие не имели нужды сюда быть привозимы». Пока возводилось каменное здание Адмиралтейского госпиталя, на месте деревянной брошенной казармы стряпчий Сумароков по указу царя устроил Сухопутный госпиталь, который был открыт уже в 1717 г. В 1719 г. стоявшая рядом казарма для казаков также переделана в госпиталь для больных матросов. Этот госпиталь назван Адмиралтейским. Такой же госпиталь в 1720 г. основан в Кронштадте. При учреждении всех трех госпиталей предполагалось устройство при них школ. Поэтому госпиталя были названы генеральными, т.е. учебными.

При Анне Иоанновне ( 1730-1740 ) в городах с целью оказания помощи больным было увеличено количество медицинских чинов. В 1733 г. был утвержден новый штат Медицинской канцелярии и штат Петербургского сухопутного госпиталя ( доктор, главный лекарь, 5 лекарей, 10 подлекарей, аптекарь, аптекарский ученик и работник при аптеке). В этом же году архиятером Ригером учреждены хирургические училища при Сухопутном и Адмиралтейском госпиталях в Петербурге. ( в 1732 г. для них постоены каменные здания ).

Школы не имели общего управления, программ, обучение страдало из-за отсутствия учебных пособий. Глава Медицинской канцелярии архиятер Фишер пытался заполнить эти пробелы. В 1735 г. для обучения были выделены проживавший при госпиталях оператор, рисовальный мастер и учитель латинского языка.

Срок обучения для учеников на лекаря был 3 года, на подлекаря -2 .Преподавание велось на латинском языке. Главным преподавателем был доктор. Особое внимание доктор уделял новым ученикам в первый год « и если за ними какую неспособность или натуральную гнусность усмотрит», немедленно должен был их уволить.

Преподаватели и ученики в основном были заняты уходом за больными, их теоретические познания оказывались поверхностными.

В царствование Елизаветы Петровны ( 1741-1761) особенно много для развития госпитальных школ сделал Павел Захарович Кондоиди. Он был директором Медицинской канцелярии. В этот период была учреждена особая должность профессора, занятого преимущественно преподаванием и в значительной мере независимого от госпитального доктора. Первым звание доктора-профессора получил Шрейбер, преподававший в школах обоих петербургских госпиталей ботанику с фармацией, материю медику, анатомию, хирургию и оперативную хирургию. Ему была предоставлена полная свобода в выборе больных для преподавания. Так возникли клинические отделения в госпиталях. В 1745 г. были введены еженедельные, ежемесячные и третние ( один раз в три месяца ) экзамены с целью повторения пройденного материала и оценки клинической подготовки учеников.

Поскольку преподавание медицинских наук было не под силу одному человеку, Кондоиди выхлопотал должность младшего доктора или доцента. Доцент читал те предметы, которые ему поручал профессор. В 1754 г. Кондоиди учредил 7-летний срок обучения, предпринял попытку разделения предметов по годам обучения.

В период правления Екатерины II ( 1762-1796 )медицинское дело значительно продвинулось вперед. В губернии и уезды стали назначать правительственных врачей, принято за правило учреждать в каждом городе хотя бы 1 госпиталь. Остро стал вопрос о расширении и улучшении существующих врачебных училищ.

В 1788 г. главным директором Медицинской коллегии назначили барона фон Фитингофа. 12 апреля 1789 г. он представил императрице доклад с выводом о неспособности существовавшей системы подготовки лекарей « обеспечить медицинскими чинами войска и губернии», неудвлетворительном преподавании в училищах и недостатке помещений в них. Единственный выход он видел в полном отделении училищ от госпиталей. Согласно представленному проекту для нового училища требовалось отдельное просторное здание. Пользуясь неограниченным доверием императрицы, Фитингоф добился принятия его предложения 14 мая 1789 г. Три года строилось здание и вырабатывался новый устав высшего врачебного училища.

В 1793 г. Фитингоф скончался. Преемником Фитингофа был назначен А.И. Васильев. В 1781 г. А.И. Васильеву пожалован чин действительного статского советника. В 1791 г. он был удостоен чина тайного советника и назначен главным директором Медицинской коллегии. 18 декабря 1798 г. состоялся Высочайший именной Указ о строительстве основных двух зданий.

Было предусмотрено строительство двух зданий: главного академического здания с несколькими флигелями на Нижегородской улице ( ныне ул. Лебедева ) и здания для учебных классов и аудиторий между Сухопутным и Адмиралтейским госпиталями. Сто лет спустя комиссия в составе профессора Н.Г. Егорова, С.С. Боткина, Н.П. Ивановского и К.Д. Хрущева под председательством начальника Академии профессора В.В. Пашутина признала этот документ первым правительственным распоряжение об устройстве Академии и предложила считать датой основания Академии 18 декабря 1798 г.