На этом фоне в 1998 г. банковский сектор столкнулся с негативными последствиями российского финансового кризиса, который привел к резкой девальвации сома. Кредитные портфели многих банков были деноминированы в иностранной валюте, их клиенты не принимали меры к страхованию валютных рисков, и они оказались не в состоянии обслуживать деноминированные в иностранной валюте долговые обязательства. Доля неработающих кредитов банковского сектора к концу 1999 г. увеличилась до 29 процентов. Активы, использованные в качестве залога, в значительной степени обесценились ввиду нехватки ликвидности и спада активности на рынке недвижимости.

Начиная с 1999 г. НБКР и Правительство принимали различные меры, направленные на укрепление банковского сектора, включая финансовую поддержку банков на основе реструктуризации безнадежных долгов. Так, в течение 2000 и 2001 гг. неработающие кредиты на сумму в 225 миллиона сомов были переданы от банка «Кайрат» Агентству по реструктуризации долгов (ДЕБРА). Министерство финансов выделило 401 миллион сомов в форме государственных ценных бумаг для рекапитализации банка «Кайрат». Кроме того, НБКР принял превентивные меры и, начиная с 1999 г. отозвал лицензию у восьми банков. В результате предпринятых мер было сохранено жизнеспособное ядро банков, а системный риск в банковском секторе был нейтрализован. После вывода из банковского сектора проблемных банков, банковская система закончила 2001 финансовый год с чистой прибылью в размере 70,6 млн.сом , тогда как по итогам 2000 года финансовый результат был отрицательным (убытки составляли 52,7 млн.сом.).

Структурный анализ деятельности банков Кыргызской республики.