Вопрос о возможности включения расходов бюджетных учреждений на приобретение оборудования в состав расходов, уменьшающих налоговую базу, с принятием гл. 25 не был четко определен. Это было вызвано тем, что в соответствии с п. 5 ст. 270 НК РФ в состав расходов, не учитываемых в целях налогообложения, не могли включаться расходы по приобретению и (или созданию) амортизируемого имущества. Но поскольку первоначальная редакция ст. 256 НК РФ не предполагала амортизации имущества бюджетных организаций, учреждения игнорировали требования ст. 270 НК РФ и включали в состав расходов по предпринимательской деятельности расходы на приобретение основных средств в полном объеме. Такой порядок был предусмотрен прежним законодательством, поскольку налог на прибыль взимался с суммы превышения доходов над фактическими расходами в соответствии с перечнем расходов экономической классификации, куда входили и расходы на приобретение оборудования. Лишь после внесения изменений в ст. 256 НК РФ в соответствии с Федеральным законом от 24.07.2002 N 110-ФЗ необходимость начисления амортизации на имущество, приобретенное в связи с осуществлением предпринимательской деятельности и используемое для осуществления предпринимательской деятельности, стала очевидной.

Однако применение данной статьи, которая предполагает, что амортизация должна начисляться только по тем основным средствам, которые приобретены за счет средств по предпринимательской деятельности и используются для осуществления этой деятельности, вызывает ряд вопросов. Идентификация основных средств по источнику их приобретения не вызывает сложностей, т.к. в соответствии с требованиями бухгалтерского учета все основные средства учитываются в разрезе источников их приобретения (бюджетных средств, целевых средств и безвозмездных поступлений и средств от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности). Но разграничить основные средства по их использованию в бюджетной деятельности и предпринимательской деятельности не представляется возможным. Например, компьютеры, приобретенные за счет предпринимательской деятельности, установленные в учебных аудиториях высшего учебного заведения, используются в процессе оказания как бесплатных образовательных услуг при получении студентами первого высшего образования (в первой половине дня), так и платных образовательных услуг при получении слушателями второго высшего образования (в вечернее время). Процесс предоставления и платных, и бесплатных образовательных услуг опосредуется использованием оборудования, приобретенного за счет разных источников, перечисленных выше, поэтому выделить оборудование, которое используется для осуществления только предпринимательской деятельности, невозможно.

По мнению автора, ввиду особенностей функционирования бюджетных учреждений и невозможности четкого разграничения основных средств, используемых в предпринимательской и основной бюджетной деятельности, для применения механизма амортизации нет достаточного экономического обоснования. Об этом свидетельствует также тот факт, что в соответствии с требованиями ст. 256 НК РФ амортизируемым признается лишь то имущество, которое находится у налогоплательщика на праве собственности. Но Гражданский кодекс РФ предполагает для бюджетных учреждений распоряжение имуществом только на праве оперативного управления, независимо от того, занимается учреждение предпринимательской деятельностью или нет.

Проблема усугубляется также тем, что правилами бухгалтерского учета механизм амортизации основных средств не предусмотрен, и учреждения начисляют только износ основных средств, механизм которого существенно отличается от механизма амортизации. Износ, начисляемый учреждением один раз году, является лишь контрольным показателем степени физического старения и изнашиваемости основных средств в соответствии с установленными сроками службы, поскольку вся сумма расходов на приобретение основного средства списывается однократно на фактические расходы учреждения в момент приобретения. Введение системы амортизации привело к необходимости параллельного ведения бухгалтерского учета износа и налогового учета амортизации основных средств, что несомненно усложнило систему учета и вызвало существенное увеличение затрат труда бухгалтерского аппарата без адекватного увеличения их численности. Поэтому, учитывая все вышеперечисленные причины, целесообразен, на наш взгляд, возврат к прежнему порядку исключения в полном объеме расходов на приобретение основных средств из налоговой базы бюджетных учреждений.

Наиболее важной проблемой налогообложения прибыли бюджетных учреждений является противоречие налогового и бюджетного законодательства. Первоначальная редакция Бюджетного кодекса РФ (ст. 41, 42) предполагала необходимость отражения доходов бюджетных учреждений, полученных от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности, в доходах соответствующего бюджета как доходов от использования имущества, находящегося в государственной или муниципальной собственности, либо как доходов от оказания платных услуг. При этом возникал справедливый вопрос, насколько правомерно начислять налоги с бюджетных доходов, поскольку Налоговый кодекс РФ не предусматривал освобождения бюджетных учреждений от уплаты налога на прибыль при зачислении средств от предпринимательской деятельности на доходные счета бюджета. Поэтому по инициативе Министерства РФ по налогам и сборам Федеральным законом "О внесении изменений и дополнений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и в отдельные законодательные акты Российской Федерации" от 29.05.2002 N 57-ФЗ внесена существенная поправка в ст. 41 и 42 Бюджетного кодекса РФ, согласно которой доходы бюджетных учреждений от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности отражаются в доходах соответствующего бюджета только после уплаты налогов и сборов, предусмотренных налоговым законодательством.

Однако эта поправка не внесла полную ясность в вопросы налогообложения некоторых видов внебюджетных доходов бюджетных, и в частности образовательных, учреждений. Требования ст. 42 Бюджетного кодекса РФ выполняются сегодня только в части доходов от сдачи в аренду имущества, находящегося в федеральной собственности и переданного в оперативное управление научным, образовательным учреждениям, учреждениям здравоохранения, государственным учреждениям культуры и искусства, государственным архивным учреждениям, организациям научного обслуживания Российской академии наук и отраслевых академий наук, которые зачисляются в бюджет как неналоговые доходы в соответствии со ст. 28 Федерального закона от 24.12.2002 N 176-ФЗ "О федеральном бюджете на 2003 год". Аналогичный порядок предусмотрен на 2004 г. ст. 28 Федерального закона от 23.12.2003 N 186-ФЗ "О федеральном бюджете на 2004 год". При этом игнорируются поправки, внесенные Федеральным законом от 29.05.2002 N 57-ФЗ, и указанные доходы не облагаются налогом на прибыль в нарушение требований ст. 250 НК РФ, предполагающей, что доходы от сдачи имущества в аренду (субаренду) включаются в состав внереализационных доходов и подлежат налогообложению. Более того, арендная плата, перечисленная арендаторами в бюджет, возвращается полностью учреждению в виде дополнительного бюджетного финансирования через лицевые счета в органах федерального казначейства.