Вместе с тем правовой статус бюджетного учреждения, в форме которого созданы образовательные учреждения, определяет особый порядок исчисления авансовых платежей и представления налоговой декларации. Ст. 286 НК РФ предусматривает уплату бюджетными учреждениями только квартальных авансовых платежей по итогам отчетного периода. А для некоммерческих организаций, у которых не возникают обязательства по уплате налога, ст. 289 НК РФ предусмотрена возможность представления в налоговые органы упрощенной налоговой декларации. Вопрос о том, насколько последнее положение применимо к бюджетным учреждениям, как правило, в настоящее время уже не встает при администрировании данного налога, поскольку налоговыми органами признается положение Гражданского кодекса РФ (ст. 50), что учреждение является одной из организационно-правовых форм некоммерческих организаций. Однако он имеет право на существование, т.к. в отдельных статьях гл. 25 НК РФ (в частности, в ст. 286, 256) противопоставляются понятия "бюджетное учреждение" и "некоммерческая организация", что приводит к противоречивости ряда положений налогового законодательства. Так, в п. 3 ст. 286 определено, что порядок уплаты квартальных авансовых платежей применяется в числе прочих организаций бюджетными учреждениями и некоммерческими организациями, не имеющими дохода от реализации товаров (работ, услуг). В такой редакции бюджетное учреждение не относится к некоммерческим организациям. Аналогично в п. 2 ст. 256 НК РФ (с учетом изменений, внесенных Федеральным законом от 29.05.2002 N 57-ФЗ и Федеральным законом от 24.07.2002 N 110-ФЗ) констатируется, что не подлежат амортизации имущество бюджетных организаций (пп. 1) и имущество некоммерческих организаций, полученное в качестве целевых поступлений или приобретенное за счет средств целевых поступлений и используемое для осуществления некоммерческой деятельности (пп. 2).

Для исключения двойного толкования отдельных положений налогового законодательства в гл. 25 НК РФ следует, по нашему мнению, внести изменения, касающиеся уточнения, к каким организационно-правовым формам некоммерческих организаций относится то или иное положение закона (к некоммерческим организациям всех организационно-правовых форм, бюджетным учреждениям или некоммерческим организациям других организационно-правовых форм, кроме бюджетных учреждений). Внесение таких поправок будет иметь не умозрительное теоретическое, а практическое значение, исключающее возможность применения различными некоммерческими организациями положений законодательства, к ним не относящихся.

Объектом налогообложения по налогу на прибыль бюджетных учреждений, как и других организаций, является прибыль, определяемая как полученный доход, уменьшенный на величину произведенных расходов, под которыми понимаются обоснованные и документально подтвержденные затраты. При этом из полученного дохода исключаются доходы, не учитываемые при определении налоговой базы. Перечень этих доходов закрытый, что обусловливает невозможность исключения из налоговой базы доходов, не предусмотренных в этом перечне. Применительно к бюджетным учреждениям к доходам, не учитываемым при определении налоговой базы, относятся, прежде всего, средства целевого финансирования (пп. 14 п. 1 ст. 251 НК РФ), которые трактуются как имущество, полученное налогоплательщиком и использованное им по назначению, определенному организацией (физическим лицом) - источником целевого финансирования. К средствам целевого финансирования бюджетных учреждений относятся главным образом средства бюджетов всех уровней, государственных внебюджетных фондов, выделяемых бюджетным учреждениям по смете доходов и расходов. При этом в Методических рекомендациях по применению гл. 25 "Налог на прибыль организаций" части второй НК РФ, утвержденных Приказом МНС России от 26.02.2002 N БГ-3-02/98, разъясняется, что средства, полученные из бюджета и внебюджетных фондов, направляются бюджетными учреждениями на финансирование расходов по ведению их уставной деятельности. Таким образом, бюджетные средства исключаются из налоговой базы только при условии выделения их по смете доходов и расходов на осуществление уставной деятельности.

Жесткое соблюдение этого требования приводит в ряде случаев к включению бюджетных средств в объект налогообложения, например, при финансировании бюджетного учреждения из бюджетов разных уровней. Действующее бюджетное и гражданское законодательство предполагает, что учредителем бюджетного учреждения может быть только один орган государственной власти или орган местного самоуправления и финансироваться оно должно только из одного бюджета. Однако на практике применяется многоканальное финансирование из бюджетов разных уровней. Например, образовательные учреждения, финансируемые из бюджетов субъектов РФ или местных бюджетов, могут получать дополнительно бюджетные средства из федерального бюджета через механизм финансовой помощи. При этом в соответствии с порядком, установленным Министерством финансов РФ, учреждению в зависимости от подчиненности открывается только один бюджетный счет, на который поступают средства того бюджета, за счет которого учредитель финансирует уставную деятельность учреждения, а средства бюджетов других уровней бюджетной системы поступают на внебюджетный счет. Соответственно средства бюджетов других уровней отражаются не в бюджетной смете, а в смете доходов и расходов по внебюджетным средствам. Это зачастую приводит к трактовке налоговыми органами сумм, поступивших на внебюджетный счет, как средств, не являющихся целевым финансированием, и включению их в налогооблагаемый доход.

Другим примером возможности включения бюджетных средств в облагаемый доход является возмещение соответствующим бюджетом затрат учреждений здравоохранения на оказание платных услуг по зубопротезированию определенным категориям населения (инвалидам и участникам Великой Отечественной войны и др.). Выделяемые из бюджета средства трактуются налоговыми органами как средства, поступившие при выполнении договора по возмездному оказанию услуг, одним из участников которого является орган государственной власти соответствующего уровня или орган местного самоуправления, оплачивающий эти услуги. Подобный подход в будущем может быть применим и к образовательным учреждениям, при их возможной реорганизации из бюджетного учреждения в новую организационно-правовую форму - специализированную государственную или муниципальную некоммерческую организацию (СГМНО). Такая реорганизация предусмотрена разработанными Министерством финансов РФ и одобренными Правительством РФ Принципами реструктуризации бюджетного сектора в Российской Федерации в 2003 - 2004 гг. и на период до 2006 г. В соответствии с этим документом финансирование СГМНО будет осуществляться не на основе сметы доходов и расходов, а путем оплаты установленного учредителем задания на предоставление государственных или муниципальных услуг. Переход на новую организационно-правовую форму потребует внесения изменений в налоговое законодательство, дополняющих перечень средств целевого финансирования в части бюджетных средств, поступающих не на содержание по смете доходов и расходов, а на оплату заданий по предоставлению услуг, устанавливаемых собственником СГМНО. В противном случае в контексте действующих положений гл. 25 НК РФ бюджетные средства в виде оплаты услуг государства будут включены в налоговую базу.