Современное налоговое законодательство с введением в действие гл. 25 части второй Налогового кодекса РФ (далее - НК РФ) предусматривает единый порядок налогообложения прибыли коммерческих и некоммерческих организаций, включая бюджетные учреждения, предполагающий одинаковый алгоритм исчисления налоговой базы, применяемых ставок налога, отсутствие налоговых льгот для бюджетных учреждений. Такой подход (особенно в части отсутствия налоговых предпочтений определенным налогоплательщикам) характерен для налогового законодательства развитых стран. Но использование международного опыта без учета особенностей функционирования бюджетных учреждений в Российской Федерации может привести к негативным последствиям в развитии отраслей бюджетной сферы, оказываемых социально значимые услуги, гарантируемые Конституцией Российской Федерации.

Рассматривая вопрос о необходимости применения единых правил налогообложения прибыли по отношению к бюджетным учреждениям, необходимо отметить, что последние являются субъектами как налоговых, так и бюджетных правоотношений, участником которых является также государство в лице разных органов исполнительной власти (налоговых и финансовых органов соответствующего уровня). Налоговые и бюджетные правоотношения регулируются соответствующим законодательством (налоговым и бюджетным), однако требования этих законодательств в отношении бюджетных учреждений выполняются по-разному. При администрировании налогов, уплачиваемых бюджетными учреждениями, положения гл. 25 НК РФ выполняются неукоснительно, в то время как положения бюджетного законодательства в части необходимости финансирования собственником всех текущих и капитальных затрат бюджетных учреждений для выполнения уставных целей, ради которых они созданы, не выполняются.

Так, Бюджетный кодекс РФ (ст. 161) предусматривает, что бюджетные ассигнования на содержание учреждений должны определяться исходя из прогнозируемых объемов предоставления государственных и муниципальных услуг и установленных нормативов финансовых затрат на их предоставление. Однако в связи с тем, что до настоящего времени подобные нормативы не разработаны, планирование расходов на содержание бюджетных учреждений производится не исходя из рационирования потребностей учреждений в средствах, а исходя из возможностей бюджетов. В связи с этим в бюджетные расчеты закладываются только основные виды текущих расходов, не покрывающие всех потребностей учреждения в бюджетных средствах (особенно в части коммунальных платежей). Расходы на капитальное строительство, приобретение оборудования, капитальный ремонт зданий и сооружений практически не финансируются из бюджетов. При подобном подходе к планированию учреждения вынуждены заниматься предпринимательской и иной приносящей доход деятельностью, чтобы покрыть часть текущих и капитальных расходов, не профинансированных учредителем.

В связи с этим создается ситуация, при которой органы государственной власти и органы местного самоуправления, выступая учредителями бюджетных учреждений, в связи с ограниченностью бюджетных средств, не выполняют своих обязательств по их финансированию в разрезе всех статей расходов созданного им учреждения, и в то же время созданный государством механизм налогообложения игнорирует специфические условия функционирования бюджетных учреждений в РФ в современных условиях.

Порядок налогообложения бюджетных учреждений до введения в действие гл. 25 НК РФ, регулируемый Инструкцией Государственной налоговой службы Российской Федерации от 20.08.98 N 48 "О порядке исчисления и уплаты в бюджет налога на прибыль бюджетными организациями (учреждениями) и представления отчетности в налоговые органы" (разработанной на основании Закона РФ от 27.12.91 N 2116-1 "О налоге на прибыль предприятий и организаций"), учитывал эти условия и предусматривал налоговые льготы для бюджетных учреждений. В частности, облагаемая прибыль уменьшалась на суммы, направленные государственными и муниципальными образовательными учреждениями, а также негосударственными образовательными учреждениями, получившими лицензии в установленном порядке, на нужды обеспечения, развития и совершенствования образовательного процесса (включая оплату труда) в образовательном учреждении. Данная налоговая льгота, предоставлявшая ранее возможность развития образовательных учреждений, не нашла отражения в гл. 25 НК РФ.

Несмотря на то что НК РФ предусматривает единую методологию налогообложения для коммерческих и некоммерческих организаций, правовой статус бюджетного учреждения предполагает некоторые особенности исчисления налогооблагаемой базы образовательных учреждений в части определения доходов и расходов, исключаемых из налоговой базы, начисления амортизации, порядка исчисления налога и авансовых платежей, составления налоговой декларации.

Налоговое законодательство не дает определения бюджетного учреждения в целях налогообложения, в связи с этим в Методических рекомендациях по применению гл. 25 "Налог на прибыль организаций" части второй НК РФ, утвержденных Приказом МНС России от 26.02.2002 N БГ-3-02/98, предусмотрена трактовка бюджетного учреждения, отличающаяся от трактовки бюджетного законодательства. Несмотря на то что в данном подзаконном акте бюджетным учреждением признается организация, отвечающая требованиям ст. 161 Бюджетного кодекса РФ, в нем содержится очень важное дополнение, что при отсутствии у организаций одного из условий, определенных данной статьей, в частности финансирования ведения уставной деятельности за счет средств соответствующих бюджетов на основе сметы доходов и расходов, они не трактуются бюджетными учреждениями. Соответственно данные организации не могут применять положения налогового законодательства, распространяющиеся только на бюджетные учреждения и определяющие некоторые особенности определения налогооблагаемой базы и уплаты налогов.

Такой подход налоговых органов в трактовке бюджетного учреждения, не предполагаемый собственно налоговым законодательством (т.к. к нему согласно НК РФ подзаконные акты МНС России не относятся), приводит к тому, что организации, учрежденные органами государственной власти соответствующего уровня либо органами местного самоуправления и являющиеся в соответствии со своими уставными документами бюджетными учреждениями (при этом они включены в реестр бюджетополучателей в связи с их учреждением органами государственной власти), но не финансируемые собственником ввиду недостаточности бюджетных средств, не признаются налоговыми органами бюджетными учреждениями. Таким образом, учреждения дискриминируются дважды: они не получают бюджетного финансирования на свое содержание по смете доходов и расходов и одновременно для них неприменимы положения налогового законодательства, относящиеся к бюджетным учреждениям.

С принятием гл. 25 НК РФ бюджетные учреждения, как и любые другие российские и иностранные организации, автоматически становятся плательщиками налога на прибыль, независимо от наличия у них налогооблагаемой базы. Ранее бюджетные учреждения уплачивали налог на прибыль только при условии осуществления предпринимательской деятельности. В соответствии со ст. 289 НК РФ налогоплательщики независимо от наличия у них обязанности по уплате налога и (или) авансовых платежей по налогу, особенностей исчисления и уплаты налога обязаны по истечении каждого отчетного и налогового периода представлять в налоговые органы налоговую декларацию. В этих условиях бюджетные учреждения обязаны вести регистры налогового учета и составлять налоговую отчетность, независимо от получения прибыли от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности.