Помимо бюджетных средств в состав доходов, исключаемых из налоговой базы образовательных учреждений, включаются гранты, а также средства, полученные в рамках благотворительной деятельности. Возможность использования грантов для оптимизации налогооблагаемой прибыли бюджетными учреждениями крайне неопределенно прописана в налоговом законодательстве. Ни в тексте закона, ни в Методических рекомендациях по применению гл. 25, утвержденных Приказом МНС России от 26.02.2002 N БГ-3-02/98, не содержится ни определения гранта, ни положения о том, кто может быть грантодателем (российские или иностранные организации либо граждане), обязательно ли представление отчета получателя гранта перед грантодателем. Законодательством определено только понятие благотворительного гранта (ст. 15 Федерального закона от 11.08.95 N 135-ФЗ "О благотворительной деятельности и благотворительных организациях", далее - Закон N 135-ФЗ), который трактуется как благотворительные пожертвования, носящие целевой характер и предоставляемые в денежной или натуральной форме гражданами и юридическими лицами (не обязательно иностранными). Отсутствие однозначной трактовки гранта означает необходимость внесения изменений в налоговое законодательство, предусматривающих четкое, исключающее двойное толкование, определение гранта, условий его предоставления и составления отчета об использовании гранта.

Налоговое законодательство разрешает исключать из налоговой базы также средства, полученные в рамках благотворительной деятельности. При этом понятие "благотворительная деятельность" может использоваться в значении, содержащемся в ст. 1 Закона N 135-ФЗ. Под благотворительной деятельностью понимается добровольная деятельность граждан и юридических лиц по бескорыстной (безвозмездной или на льготных условиях) передаче гражданам или юридическим лицам имущества, в том числе денежных средств, бескорыстному выполнению работ, предоставлению услуг, оказанию иной поддержки. При этом необходимо отметить, что понятия "спонсорская помощь" или "спонсорские средства" не содержатся в законодательстве и средства, фигурирующие в банковских документах под этими названиями, не принимаются налоговыми органами как средства, исключаемые из налоговой базы. Деятельность образовательных учреждений соответствует целям, определенным п. 1 ст. 2 Закона N 135-ФЗ как содействие деятельности в сфере образования, поэтому применение данной статьи не вызывает трудностей и позволяет привлечь средства других организаций для развития образовательного процесса. Решению этой же задачи способствует и исключение из налоговой базы безвозмездно полученного государственными и муниципальными образовательными учреждениями, а также негосударственными образовательными учреждениями, имеющими лицензии на право ведения образовательной деятельности, оборудования, используемого исключительно в образовательных целях.

При разработке положений законодательства по налогу на прибыль сделана попытка уйти от понятия "себестоимость продукции (работ, услуг)", содержавшегося в прежнем законодательстве, поскольку оно противоречило нормам международного налогового права. Основным методологическим принципом налогообложения прибыли во всех экономически развитых странах является возможность уменьшения налогооблагаемого дохода на суммы всех документально подтвержденных расходов, связанных с ведением бизнеса в той или иной сфере. В гл. 25 этот принцип не выдерживается, поскольку не все документально подтвержденные и обоснованные затраты учитываются при определении налоговой базы. Ст. 270 содержит перечень расходов, не учитываемых в целях налогообложения, это означает, что часть расходов образовательных учреждений покрывается за счет чистой прибыли после уплаты налогов.

Налоговый кодекс РФ определяет общую для всех организаций (включая бюджетные учреждения) структуру расходов, связанных с производством или реализацией продукции, работ или услуг, к которым относятся материальные расходы, расходы на оплату труда, суммы начисленной амортизации, прочие расходы. Состав расходов бюджетных учреждений, как по бюджетной, так и внебюджетной деятельности, определяется указаниями о порядке применения бюджетной классификации Российской Федерации, утвержденными Приказом Министерства финансов РФ от 11.12.2002 N 127н (в редакции Приказа Министерства финансов РФ от 11.12.2003 N 115н "О внесении изменений и дополнений в указания о порядке применения бюджетной классификации Российской Федерации, утвержденной Приказом Министерства финансов Российской Федерации от 11.12.2002 N 127н"). Однако не все расходы учреждений, включенные в экономическую классификацию расходов, признаются оправданными в целях налогообложения.

В соответствии с требованиями гл. 25 НК РФ к расходам, уменьшающим налоговую базу образовательных учреждений, и коммерческими, и некоммерческими организациями не могут быть отнесены расходы на капитальное строительство, капитальный ремонт зданий и сооружений, а также расходы на приобретение амортизируемого имущества. Однако данный запрет для бюджетных учреждений означает ограничение возможностей для развития данных организаций в условиях практического полного отсутствия финансирования данных расходов за счет бюджетных средств.

Источниками финансирования расходов на капитальное строительство могут быть только бюджетные, целевые средства, а также средства, формируемые из прибыли после налогообложения на содержание и развитие материально-технической базы учреждения. Однако финансирование капитального строительства за счет бюджетных средств является скорее исключением, чем правилом, поэтому невозможность отнесения расходов на капитальное строительство, осуществляемое за счет предпринимательской деятельности, на затраты до налогообложения приводит к замедлению темпов обновления основных фондов, не способствует развитию материально-технической базы учреждений, что несомненно сказывается на количестве и качестве оказываемых образовательным учреждением услуг.

Налоговое законодательство исходя из требований ст. 260 НК РФ (с учетом изменений, внесенных в данную статью Федеральным законом от 29.05.2002 N 57-ФЗ) разрешает включать всем налогоплательщикам в состав расходов, учитываемых в целях налогообложения, расходы на ремонт основных средств в полном объеме в размере фактических затрат. Однако поскольку законодательство предполагает вести раздельный учет расходов на ремонт основных средств по видам деятельности (бюджетной и предпринимательской), налоговые органы полагают, что расходы на ремонт основных средств, находящихся в оперативном управлении образовательного учреждения, должны закладываться учредителем в смету доходов и расходов по бюджетным средствам и финансироваться за счет бюджетных средств. Но ввиду ограниченности бюджетных средств расходы на капитальный ремонт из бюджета практически не выделяются, и поэтому они могут быть покрыты только за счет прибыли, оставшейся после уплаты налога, что несомненно приводит к снижению заинтересованности (а иногда и невозможности) учреждений поддерживать свою материально-техническую базу в надлежащем состоянии. Выходом из этой ситуации могло бы стать распространение практики квотирования, предусмотренной ст. 321.1 гл. 25 НК РФ и применяемой бюджетными учреждениями в отношении коммунальных расходов пропорционально объему средств, полученных от предпринимательской деятельности, в общей сумме доходов (включая средства целевого финансирования). В этом случае расходы на капитальный ремонт частично смогут покрываться за счет прибыли до налогообложения.