Новое в организации казначейств заключалось в том, что они были освобождены от ведения сметного счетоводства по приходу сумм государственных доходов, от составления по этим доходам отчетности, от ведения расчетных книг по недоимкам, а также от составления массы срочных сведений, представляемых в связи с отсутствием в казенных палатах информации об оборотах сумм Государственного казначейства.

В 1890 году происходит значительное возрастание штатов и изменение структуры казначейств и одновременное увеличение числа приходно – расходных статей, числа отдельных счетов в бухгалтерских книгах казначейств. Независимо от расчетов по казенным сборам казначейства вели расчеты с плательщиками по земским, казачьим и некоторым другим местным сборам. Некоторые новые налоги, такие, как раскладочный сбор и квартирный налог, являлись обременительными в кассовом отношении, так как суммы распределялись между огромным числом плательщиков. Значительно увеличился объем работы казначейства по хранению множества мелких залогов, выдаче процентов по этим залогам. Достаточно трудоёмким было ведение счета и сортировка серебряной и медной монеты, которую в больших количествах сдавали в казначейства сборщики доходов от казенной продажи вина. Значительно увеличилась продажа гербовых, торговых документов, разного рода патентов и бандеролей.

По штатам 1890 года все казначейства разделялись на два разряда, отличающихся как по классам должностей, так и по окладам содержания должностных лиц. С введением банковских операций деятельность многих уездных казначейств настолько усложнилась, что они, как по сумме оборотов, так и по разнообразию операций, не только сравнялись с теми губернскими казначействами, в которых банковские операции не введены, но даже превзошли их. Поскольку денежная наличность уездных казначейств значительно увеличилась, то и по отношению к ответственности, связанной с сохранностью крупных денежных сумм, уездные казначейства мало отличались от губернских.

Исходя из этих соображений, министр финансов принял решение о разделении всех казначейств на семь разрядов в зависимости от размера деятельности отдельных казначейств и условий существования в различных городах. К первым четырем разрядам были отнесены все губернские казначейства и те из уездных и местных казначейств, которые по размерам своей деятельности сравнялись с губернскими казначействами. Остальные казначейства (окружные, уездные и местные) были разделены на три разряда.

Вся исполнительная власть в казначействах принадлежала одному казначею. Он осуществлял надзор за деятельностью чинов казначейства, нес ответственность за сохранность денежных сумм и прочего казенного имущества, за правильность действий казначейства вообще и за своевременность представления срочных сведений и отчетности.

С 1897 года на казначейства был возложен прием золотых и серебряных изделий для отправки в окружные пробирные управления для испытаний на подлинность, обратная выдача изделий мастерам и взимание с последних пробирных пошлин, а также ведение книг и отчетности по этой операции. В дополнение ко всему, на казначейства с 1897 года были возложены некоторые банковские операции, порядок производства которых определялся особыми правилами, утвержденными министром финансов. Первоначально казначейства производили размен монет, покупку и продажу билетов государственного казначейства, уплату процентов по купонам от главнейших процентных бумаг и капитала по бумагам, переводные операции, операции сберегательных касс. Все названные операции были разрешены в казначействах тех городов, в которых нет учреждений Государственного Банка. Таких казначейств в 1897 году оказалось 594. В 1900 году банковские операции выполнялись уже 727 казначействами.

Таким образом, сфера деятельности казначейства настолько возросла, что хотя для усиления его состава Государственным Банком и были ассигнованы некоторые средства, казначейства с трудом справлялись со своим кругом обязанностей. 10 июня 1900 года был утвержден новый штат Департамента государственного казначейства, по которому вместо 9 вводились 14 отделений, вместо 109 единиц штатная численность была доведена до 158 единиц служащих. Были пересмотрены также условия работы и штаты местных казначейств.

К 1917 году численность и функции казначейств существенно не менялись. После Октябрьской революции на базе казначейств были образованы приходно-расходные кассы Наркомфина, а с середины 20-х годов они были переданы Государственному банку. Функции казначейства были рассредоточены между Наркомфином СССР и Госбанком СССР, другими ведомствами и службами. Таким образом, Государственное казначейство, как отдельная структура в Министерстве финансов, перестало существовать и его заменила банковская система исполнения бюджетов. Начало этому положила кассовая реформа, в результате которой завершился переход от казначейской системы исполнения бюджетов к банковской системе. В октябре 1925 года наличность приходно-расходных касс Наркомфина СССР была слита с наличностью Госбанка СССР. Постановлением ЦИК и СНК СССР от 22 августа 1928 года "О кассовом исполнении единого государственного бюджета Союза СССР и местных бюджетов" кассовое исполнение государственного бюджета было возложено на учреждения Госбанка, упразднялись казначейские части и приходно-расходные кассы Наркомфина. С этого времени в России устанавливается банковская система исполнения бюджета, которая просуществовала свыше 70 лет.

Таким образом, в историю развития казначейства, как институционального органа финансовой системы, и в историю функционирования казначейской системы исполнения бюджета России была вписана значительная страница. Именно в этот период сформировалась единая централизованная трехзвенная система казначейских органов, был внедрен принцип единства кассы и были разработаны и применены казначейские технологии исполнения бюджетов, которые после существенного обновления нашли свое отражение в современных бюджетных технологиях.

Как было отмечено ранее, переход к банковской системе исполнения бюджета был осуществлен в 1925-1928 годах. Действовавшая в СССР банковская система исполнения бюджета была основана на принципе единства касс, когда все платежи, поступающие в государственный бюджет СССР, сосредотачивались в Госбанке СССР, а все бюджетные расходы осуществлялись через сеть учреждений Госбанка.

Единство кассы обеспечивало централизацию средств и балансирование доходов и расходов каждого из бюджетов, образовывавших в совокупности бюджетную систему государства, позволяло проводить операции по кассовому исполнению союзного бюджета на всей территории страны, каждого республиканского и местного бюджета – на территории, подведомственной соответствующему органу власти. Осуществление кассового исполнения бюджетов учреждениями банка давало возможность разграничить функции распоряжения бюджетными средствами, которые выполняют финансовые органы и распорядители кредитов, и функции приема, выдачи, хранения этих средств. В результате были созданы необходимые условия для контроля за правильным и целевым направлением бюджетных ассигнований. Концентрация бюджетных доходов и расходов в Госбанке СССР упрощала и облегчала расчеты с бюджетом государственных, кооперативных, общественных предприятий, организаций, учреждений, счета которых находились в учреждениях банка. Госбанку СССР было предоставлено право использовать свободные ресурсы государственного бюджета для кредитования народного хозяйства.