А.И. Васильев упорядочил составление смет доходов и расходов, отчеты по казначейству, устройство бухгалтерии. Но 22 ноября 1800 года он был уволен со всех своих должностей и вместо него Государственным Казначеем назначается Г.Р. Державин.

В первые годы правления Александра I была проведена министерская реформа.

Структура Министерства финансов и пределы его компетенции определялись Манифестом императора Александра I от 25 июня 1811 года об "Общем учреждении министерств". Этим манифестом было определено, что управление государственными доходами и расходами делится на три главные части. Министерству финансов (первая часть) поручалось ведение всех источников государственных доходов: государственное имущество, горные и соляные, различные прочие дела, подати, сборы и пошлины, а также таможенные доходы и доходы от внешнеэкономической деятельности. К компетенции Государственного казначейства (вторая часть) отнесены вопросы движения сумм. Третьей части под названием ревизия государственных счетов поручалось проведение проверок счетов по всем военным и гражданским департаментам.

Министерство финансов получало в конце года от всех министерств табели расходов, на основе которых формировались статьи расходов на очередной финансовый год. Представленный министром финансов документ утверждался императором и отсылался государственному казначею для исполнения, который не имел права самостоятельного расходования денег без воли императора.

Однако проблемы были значительнее и масштабнее, чем меры по совершенствованию управления бюджетными средствами. Сметы министерств носили общий характер, не подлежали проверке Министерством финансов. После утверждения государственной росписи министерства могли просить дополнительные суммы, проводя их как чрезвычайные расходы, возникшие вследствие непредвиденных обстоятельств. Поэтому государственная роспись существенно отличалась от фактического исполнения бюджета.

Вместе с тем финансовое состояние России в это время неуклонно ухудшалось. Дефицит бюджета достигал огромных размеров, что требовало поиска дополнительных источников. В 1808 году дефицит бюджета составил 124 млн. руб., а в 1809 году – 143 млн. руб. Для покрытия такого дефицита продолжался практически бесконтрольный выпуск бумажных денег, в результате чего обесценивался рубль. Предпринимались шаги к совершенствованию управления государственными финансами. В качестве первоочередных мер стабилизации финансового положения можно назвать идеи Сперанского, который предлагал: во-первых, ограничить выпуск ассигнаций; во-вторых, сократить расходы; в-третьих, установить контроль над государственными расходами; в-четвертых, ввести новые налоги.

О том, что реформа финансов государства тормозилась на всех уровнях государственной власти, свидетельствует письмо М.М.Сперанского императору Александру I из ссылки, в котором он пишет, что правительство, в целом одобрив план переустройства финансов, вместе с тем стремится "всемерно затруднять его, и тот, кто должен был быть главным его исполнителем, министр финансов, не отрекаясь от него на словах, стал первым его противником на деле."1

Таким образом, при императоре Александре I в Российской империи произошло важное событие – была подготовлена и установлена новая, современная система государственных исполнительных органов власти – Россия перешла от коллегиального управления к министерскому, в результате чего и было создано Министерство финансов. После этих преобразований деятельность казначейства неразрывно связана с Министерством финансов.

Характеризуя функции, организацию управления и предметы ведения этого министерства, М.М.Сперанский писал: "Предмет сей части определяется самим его имянованием. Все источники казенных доходов должны состоять в одном министерстве, ибо нет н одного из них, который бы с другим не имел тесной связи. Слабость или истощение одного должно быть заменяемо другим, а сего без общего соображения сделать невозможно".

Это звучит современно в свете рассмотрения принципа "общего покрытия", а также вопросов, связанных со средствами от внебюджетной деятельности бюджетных учреждений.

Наиболее последовательно и решительно проводились реформы в области государственных финансов в период царствования Александра II. Государственные реформы этого периода начались на фоне резкого роста дефицита бюджета, который в 1855 году составил 257 млн. руб., а в 1856 году – 258 млн.руб. Но именно в этот период в России были установлены существенные бюджетные процедуры, которые явились значительным шагом в совершенствовании бюджетного процесса страны. Начало этих преобразований было положено введением гласности в финансовых делах государства, а в последующем – установлением единого порядка составления государственной росписи, единства кассы, усилением контроля за всеми операциями, как с денежными средствами, так и с материальными ценностями.

Началом реформ этого времени можно считать 1858 год, когда царь одобрил главные ее направления. Так, 22 мая 1862 года по велению Александра II были утверждены правила о составлении, рассмотрении, утверждении и исполнении государственной росписи и финансовых смет Министерств и Главных управлений. Все кассы Министерства финансов были подразделены на доходные и расходные. К доходным отнесены все казначейства в губерниях и уездных городах и кассы специальных сборщиков (почтовые конторы, таможни и другие). Расходными кассами стали Главное казначейство в Санкт-Петербурге, касса Комиссии погашения долгов и губернские казначейства с расходными отделениями в некоторых местностях. Доходные кассы принимали государственные доходы, вели полное счетоводство и представляли отчетность учреждениям Государственного Контроля. Одновременно им было разрешено производить и некоторые расходы на основании разрешений расходных касс. Расходные кассы, в свою очередь, помимо расходных операций, имели право и обязаны были принимать некоторые доходы, которые в полном объеме передавались в доходные кассы.

Начиная с 1862 года в России открыто публикуются отчеты Министерства финансов о доходах и расходах, а с 1866 года и отчеты государственного контроля.

Следующим шагом реформирования было введение принципа единства кассы. В 1863 году были введены в действие "Правила о составлении, рассмотрении, утверждении и исполнении государственной росписи и финансовых смет Министерств и Главных управлений". С 1 января 1864 года принцип единства кассы был введен только в Санкт-Петербурге, а затем, в порядке эксперимента в 12 губерниях, и только с 1 января 1866 года – повсеместно. В ходе реформы были упразднены кассы министерств, а все государственные доходы, специальные средства и депозиты стали поступать непосредственно в кассы Министерства финансов. В 1872 году была издана единая для всех казначейств инструкция, в которой излагались правила приема казначействами разного рода монет и кредитных бумаг, пересылки сумм, правила выплаты единовременных и постоянных пенсий и пособий, процентов по ценным бумагам, а также правила хранения, расходования и учета квитанционных листов, записей сумм в приходной книге. Установленный порядок, однако, привел к двойному счету, когда все расходы, выполненные уездными казначействами, проводились повторно по счетам губернских казначейств и только после этого принимались Государственным контролёром. С 1879 года этот недостаток казначейской системы исполнения бюджета был устранен путем проведения по счетам губернских казначейств расходов, проведенных уездными казначействами. Кассы при этом перестали делить на доходные и расходные, поручив прием доходов и ведение расходов всем казначействам без исключения, а общую по губернии отчетность поручили вести казенным палатам.