Особенностью Бюджетного кодекса Российской Федерации, введенного в действие с 2000 года, является казначейское исполнение бюджетов всех уровней. Статья 215-я БК РФ предусматривает, что в Российской Федерации устанавливается казначейской исполнение бюджетов. В соответствии с этой статьей на органы исполнительной власти возлагаются организация исполнения и исполнение бюджетов, управление счетами бюджетов и бюджетными средствами. Этот путь в настоящее время проходят все уровни бюджетной системы, поскольку применение двух систем исполнения бюджетов отрицательно сказывается на проведение любых мероприятий в рамках осуществления бюджетной реформы в России.

Следует отметить, что Законом РФ № 116-ФЗ от 05 августа 2000 года "О внесении изменений и дополнений в Бюджетный Кодекс Российской Федерации" Бюджетный Кодекс РФ дополнен статьей 284, которая в полном объеме предоставила права руководителей органов федерального казначейства в области мер принуждения к надлежащему исполнению бюджетного законодательства руководителям органов, исполняющих бюджеты субъекты Федерации и местные бюджеты.

Данным Законом внесены изменения в раздел исполнения бюджетов. Так, в статье 232 Кодекса расширены права бюджетных учреждений в части возможности использовать доходы, фактически полученные ими от платных услуг и иной предпринимательской деятельности при исполнении бюджета сверх утвержденных законом о бюджете и сверх сметы доходов и расходов, на финансирование расходов данной бюджетной организации.

Значительно изменены 229-я и 258-я статьи Бюджетной Кодекса по сокращению расходов. Теперь режим сокращения расходов можно вводить, если в процессе исполнения бюджета произойдет снижение объема поступления доходов бюджета, влекущее неполное финансирование расходов, не более чем на 10% против 5% в старой редакции.

Федеральным Законом от 15 августа 1996 года № 115-ФЗ "О бюджетной классификации Российской Федерации" принята бюджетная классификация.

Бюджетная классификация является группировкой доходов и расходов бюджетов всех уровней бюджетной системы Российской Федерации, а также источников финансирования дефицитов этих бюджетов, применяется при составлении проектов бюджетов и исполнении бюджетов всех уровней, обеспечивает сопоставимость показателей бюджетов всех уровней бюджетной системы Российской Федерации.

Бюджетная классификация предусматривает присвоение объектам классификации соответствующих группировочных кодов, обеспечивающих единство формы бюджетной документации, представление необходимой информации для составления консолидированного бюджета Российской Федерации и консолидированных бюджетов субъектов Российской Федерации, а также отчетов об их исполнении. Бюджетная классификация применяется также для составления и исполнения смет доходов и расходов по средствам, полученным от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности.

Бюджетная классификация включает:

- классификацию доходов бюджетов Российской Федерации;

- функциональную классификацию расходов бюджетов Российской Федерации. Функциональная классификация расходов бюджетов РФ является группировкой расходов бюджетов всех уровней бюджетной системы РФ и отражает направление бюджетных средств на выполнение основных функций государства;

- экономическую классификацию расходов бюджетов Российской Федерации. Она является группировкой расходов бюджетов всех уровней по их экономическому содержанию;

- классификацию источников внутреннего финансирования дефицитов бюджетов Российской Федерации.

- классификацию источников внешнего финансирования дефицитов федерального бюджета и бюджетов субъектов Российской Федерации;

- классификацию видов государственных внутренних долгов Российской Федерации и субъектов Российской Федерации, видов муниципального долга, которая является группировкой долговых обязательств Правительства Российской Федерации, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления;

- классификацию видов государственных внешних долгов Российской Федерации и субъектов Российской Федерации, а также государственных внешних активов Российской Федерации;

- ведомственную классификацию расходов федерального бюджета. Ведомственная классификация расходов федерального бюджета отражает распределение бюджетных средств по главным распорядителям средств федерального бюджета.

В Бюджетную классификацию РФ вносились изменения в 1998, 2000, 2001, 2002 году, но вместе с тем данный документ нуждается в глубокой доработке. Классификация должна обеспечить всесторонний охват бюджета в его расширенном понимании (включая внебюджетные средства и государственные внебюджетные фонды, такие, как Пенсионный фонд, фонды социального и медицинского страхования), а также возможность сопоставления с данными международных систем бюджетной классификации.

Процессу развития казначейской системы исполнения бюджетов в целом и системы органов федерального казначейства способствовали меры, принимаемые по совершенствованию нормативной правовой базы. В 1999 году приказом министра финансов Российской Федерации введены в действие основные Инструкции, регламентирующие деятельность казначейских органов. Так, была утверждена Инструкция по бухгалтерскому учету исполнения бюджетов (приказ № 15-н от 17 февраля 1999 года), которая установила единый порядок ведения бухгалтерского учета исполнения бюджетов. «В настоящее время идет процесс реального применения указанной инструкции, но внедряется она тяжело, так как все уже отвыкли от жестких правил учета»,1- говорит Т.Г. Нестеренко.

Порядок открытия и ведения лицевых счетов органами федерального казначейства был установлен приказом министра финансов Российской Федерации № 106-н от 30 декабря 1999 года, который утвердил Инструкцию о порядке открытия и ведения территориальными органами федерального казначейства лицевых счетов для учета операций по исполнению расходов федерального бюджета.

Операции с доходами бюджетов, которые совершают органы федерального казначейства, осуществляются в соответствии с Инструкцией о порядке ведения учета доходов федерального бюджета и распределения в порядке регулирования доходов между бюджетами разных уровней бюджетной системы Российской Федерации (приказ Минфина Российской Федерации № 91-н от 14.12.1999 г.).

Правила кассового обслуживания исполнения бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов территориальными органами федерального казначейства, введенные в действие приказом министра финансов Российской Федерации № 46-н от 19 апреля 2000 года, определили отношения органов федерального казначейства при исполнении бюджетов территорий. Организация взаимоотношения по вопросу кассового исполнения региональных и местных бюджетов между органами казначейства и администрацией субъекта РФ (органом местного самоуправления) регламентируются соглашением. Типовое соглашение утверждено Приказом Министерства Финансов от 11 мая 1999 года №35-н.

Важным шагом в установлении единого порядка ведения бухгалтерского учета в бюджетных организациях стало введение в действие приказа Минфина Российской Федерации № 107-н от 30 декабря 1999 года Инструкции по бухгалтерскому учету в бюджетных учреждениях.