Возрастание значения налоговой политики в условиях рыночных реформ обусловило существенное усиление налоговых органов, повышение их статуса. При этом организационные инновации осуществлялись стремительно, в чем-то даже сумбурно. Так, уже в ноябре 1991 г. в изменение закона РСФСР от 21 марта 1991 г., указом Президента Государственная налоговая служба была выведена из системы Министерства финансов РСФСР и превращена в самостоятельный государственный орган.

С первых лет существования служба продемонстрировала высокую эффективность, несмотря на сложную экономическую ситуацию в стране, обеспечивая высокие показатели сбора налогов. Однако поскольку качество работы ведомства зависело не только от уровня организации, на пике экономического кризиса (1994 г.) оно не смогло выполнить бюджетные задания. В данной связи, в 1994 г. был принят ряд решений, направленных на укрепление Госналогслужбы и ее дальнейшее реформирование. При этом разработка перспектив модернизации ведомства была поручена временной рабочей группе во главе с зампредом Правительства РФ А.Н. Шохиным.

Тенденция усиления фискальных органов была закреплена созданием налоговой полиции, существенно изменившим общую конфигурацию налоговой системы России. Причины появления данной структуры состояли в стремлении любой ценой обеспечить наполнение доходной части бюджета в условиях нарастающей криминализации экономики, теневой сектор которой, по некоторым оценкам, охватывал более 30 млн. человек, т.е. более половины трудоспособного населения, обеспечивая 55% ВВП России.

С середины 1990-х гг. статусная роль Федеральной службы налоговой полиции и, соответственно, внимание к ней заметно выросли. Однако хотя ее деятельность позволила увеличить объемы собираемых налогов, она так и не обеспечила полного выполнения плановых заданий в данной сфере. При этом в обществе, в органах власти все более утверждалось понимание того, что силовые акции не способны изменить экономическую ситуацию, более того, могут привести к снижению деловой активности.

Целый ряд проблемных моментов в налоговой сфере был порожден несовершенством порядка взаимодействия налоговых ведомств, возникшими элементами дублирования, конкуренции в работе. Среди недостатков в организации деятельности налоговых органов особо выделены проблемы, связанные с их финансированием и оплатой труда сотрудников, в силу которых с 1996-1997 гг. в них наметился отток высококвалифицированных кадров, участились должностные нарушения и преступления. В данной связи, в 1998 г. было решено дополнительно усилить налоговый аппарат, что повлекло за собой создание Министерства РФ по налогам и сборам.

В настоящее время, несмотря на активное укрепление всей налоговой системы, повышение эффективности деятельности госналогоинспекций, органов налоговой полиции, разработку ее долгосрочных программ, правонарушения и преступления в сфере налогообложения не пошли на убыль. Положительных сдвигов в данном направлении обеспечить не удалось. Более того, наиболее крупные налогоплательщики, по сути, вовсе оказались вне зоны контроля налоговых органов. Таким образом, созданная в стране эффективная в техническом плане налоговая система не приобрела должного значения ввиду общей избирательности российской налоговой практики.

Следует отметить, что в начале 90-х годов в России произошел переход к рыночным отношениям, и налоги приобретают свойственную им роль и функции в экономической системе. Данный этап характеризуется развитием в условиях разрыва экономических связей между республиками, входившими ранее в единый народнохозяйственный комплекс, социально-экономического и политического кризиса, почти полного «рыночного хаоса» и, следовательно, отсутствия налоговых поступлений. В 1991 г. началось формирование самостоятельной налоговой системы Российской Федерации. В частности, были приняты законы о налоге на добавленную стоимость, о налоге на прибыль предприятий и организаций, о подоходном налоге с физических лиц. Обобщающим законодательным актом являлся принятый 27 декабря 1991 г. №2118-1 Закона РФ «Об основах налоговой системы в Российской Федерации»[14] (утратил силу с 2005 года). Закон подразделял налоги на три уровня и закреплял, что в Российской Федерации взимаются: федеральные налоги; налоги республик в составе Российской Федерации и налоги краев, областей, автономной области, автономных округов (региональные налоги); местные налоги.

В период 1991-1998 годов вводились в действие отдельные законодательные и нормативно-правовые акты в области налоговой политики и налогового администрирования. Однако созданная налоговая система обладала существенными недостатками, среди них: многочисленность нормативных правовых актов, регулирующих налоговые отношения, и связанное с этим частое несоответствие законов и подзаконных актов; нестабильность налогового законодательства; многочисленность налогов и сборов федерального, регионального и местного уровней. Итоги функционирования налоговой системы показали невозможность формирования полноценного бюджета за счет налоговых поступлений.

Вторым этапом налоговой реформы стало введение в действие с 01 января 1999 года части первой НК РФ[15], в основу которого были положены прогрессивные схемы и модели налогообложения. Установлены принципы построения и функционирования налоговой системы, порядок введения, изменения и отмены налогов, определено правовое положение налогоплательщиков, налоговых агентов и других участников налоговых правоотношений, установлены положения по определению объектов налогообложения, исполнению налоговой обязанности, привлечению к ответственности за налоговые правонарушения. Цель создания НК РФ — воздействовать через такой экономический инструмент, как «налоги», на развитие производства, усиление экономической интеграции, избежание двойного налогообложения и др.

В целях совершенствования налоговых отношений с середины 1990-х гг. в Российской Федерации проводятся преобразования системы налогообложения. Значительным шагом в совершенствовании налогового законодательства являлась его кодификация — разработка и принятие Налогового кодекса РФ.

В числе безусловных успехов налоговой реформы следует отметить принятие в 1998 году части первой Налогового кодекса, которую стал основополагающим документом, обеспечивающим на протяжении 7 лет эффективное регулирование отношений по установлению и введению налогов, налоговому контролю и привлечению к налоговой ответственности. Налоговый кодекс Российской Федерации устанавливает трехуровневую систему налогов и сборов — в России взимаются федеральные, региональные и местные налоги.

Источники права, в том числе и налогового, установлены и прямо обозначены Конституцией РФ[16]: международные договоры Российской Федерации (ст. 15); федеральные конституционные законы (ч. 5 ст. 66 и другие); федеральные законы (ч. 2 ст. 76 и другие); регламенты палат Федерального Собрания (ч. 2 ст. 100, ч. 4 ст. 101); постановления Совета Федерации и Государственной Думы (ч. 2, 3 ст. 102, ч. 2, 3 ст. 103); указы и распоряжения Президента (ч. 1 ст. 90); постановления и распоряжения Правительства (ч. 1 ст. 115); конституции (ст. 66) и законы (ст. 72) республик в составе Российской Федерации, уставы краев, областей, городов федерального значения, автономной области, автономных округов (ч. 2 ст. 5); законы и иные акты субъектов Федерации (ст. 76. ч. 2 ст. 85, ст. 125), федеративный и иные государственно-правовые договоры (ч. 3 ст. 11, ст. 125); решения органов местного самоуправления (ч. 2 ст. 46).