Налоговую ситуацию в начале 1990-х годов существенно осложнило углубление внутриполитического кризиса. Уже в 1990-1991 гг. он породил налоговое противостояние союзного и российского центров, в последующем нашедшее продолжение в процессах «суверенизации», создания «налоговых барьеров» на уровне субъектов Российской Федерации. Итогом данных процессов стало существенное ослабление федерального бюджета.

Особенно негативное влияние на сферу налоговых отношений оказало стремительное нарастание кризисных явлений в реформируемой экономике. В течение 1991-2000 гг. уровень производства в стране сократился вдвое. В промышленности доля убыточных предприятий приблизилась к 50%, в строительстве - к 40%, в сельском хозяйстве - составила более 80%. Это существенно сузило налогооблагаемую базу. Негативно сказались на ней и процессы обнищания основной массы россиян, существенно сократившие поступления от столь значимого для рыночных экономик подоходного налога с населения. В итоге, проблема обеспечения налоговых поступлений в бюджет приобрела крайнюю остроту. В частности, в отчете Счетной палаты РФ за январь-сентябрь 1998 года отмечалось, что в это время общий сбор налогов составлял всего 49,1% от установленных плановых заданий.

Поскольку налоговая система не обладает самодостаточностью, представляя собой лишь элемент социально-экономической системы, в рамках периода формирование новой налоговой модели происходило одновременно с развитием параллельных блоков реформы, прежде всего, с изменениями в системе собственности, денежно-кредитной, бюджетной, ценовой политики и т.д. В каждой из отмеченных сфер были допущены серьезные ошибки. К примеру, серьезно задерживало налоговые поступления в казну несовершенство банковской системы, «прокрутка» налоговых сборов в уполномоченных коммерческих банках.

В итоге, одним из основных векторов российской модернизации стало, предпринятое в интересах преодоления несбалансированности бюджета страны, усиление налоговой нагрузки, причем сам порядок изъятия налогов приобрел репрессивный характер. В частности, следствием такой политики государства стало изъятие от 60 до 80% прибыли предприятий, что, по сути, разрушило основную традиционную налогооблагаемую базу.

Подобная налоговая политика встречала острую критику. Несмотря на понимание необходимости поиска источников наполнения бюджета, многие разработчики налоговой, бюджетной, финансовой политики считали необходимым ослабление налогового пресса, особенно на реальный сектор экономики. Именно благодаря активности оппонентов официальному курсу, а также выносу темы на суд широкой общественности, в российскую налоговую политику были привнесены очевидные позитивные моменты, в основном связанные с наработкой опыта использования налогового инструментария для оптимизации финансовых процессов.

Тем не менее, реальных перемен, обеспечивающих увеличение налоговых поступлений за счет восстановления разрушенной экономики и повышения уровня жизни населения, в рамках периода обеспечить не удалось.

Системные преобразования, направленные на формирование новой налоговой системы России, были проведены уже на заре радикальных экономических реформ. Ее общие контуры наметил пакет налоговых законов, принятых в декабре 1991 г. и определивших как основные принципы налогообложения, так и ключевые виды налогов, сборов, пошлин. По сути, в это время произошла налоговая революция. Ее результатом было создание новой модели, основную роль в которой стали играть налог на прибыль предприятий и организаций и НДС. Это был существенный разрыв с советской традицией, где НДС отсутствовал, а налог с прибыли не играл существенной роли, поскольку прибыль и ее распределение планировались централизованно, а инвестиции в основном выделялись из госбюджета.

Не имея навыков налогового регулирования в рыночных условиях, реформаторы, с одной стороны, максимально использовали западный опыт, а с другой – испытывая сильное давление нараставшего кризиса, решая задачи спасения бюджета, вынужденно учитывали отечественную специфику. В итоге, российская налоговая политика приобрела противоречивый характер, а вновь созданная налоговая система базировалась на разнородных источниках.

Прежде всего, с учетом текущих реалий, основная ставка вначале была сделана на прямое налогообложение основных субъектов экономической жизни. В итоге, удельный вес налога на прибыль предприятий и организаций в структуре налоговых доходов государства к середине 1990-х годов дошел почти до 30% (при 7-8% среднемировых). Несмотря на растущую ориентацию на косвенные налоги, ожидания от их поступлений оправдывались далеко не в полной мере. Так, удельный вес НДС не достиг 25% (30-35% среднемировых). Между тем, эти налоги наносили удар по товаропроизводителю. Чрезмерные изъятия из прибыли ставили предприятия на грань банкротства, а высокий НДС снижал конкурентоспособность товаров. Соответственно, основной проблемой периода стали хронические недоимки по данным налогам.

В условиях нараставшей деградации отечественной экономики, сложное положение в налоговой сфере все в большей мере спасали за счет косвенных налогов, прежде всего акцизов на сверхприбыльный бизнес, таможенных сборов и т.д. Наряду с этим, российскую налоговую практику отличало наличие довольно сумбурных действий, связанных с введением различного рода специальных и чрезвычайных налогов, изменением налоговых ставок и др.

К числу серьезных нерешенных проблем относят проблемы доминирования федеральных налогов в доходах бюджетов всех уровней, а также неупорядоченности региональных и местных налогов. Следствием этого, с одной стороны, стала финансовая несостоятельность местных властей, а с другой – быстро возраставшее число региональных налогов (около 100 видов). Данный налоговый курс вызывал острую критику, однако в основе своей сохранялся неизменным.

Открытое недовольство сложившейся налоговой практикой высказывали даже представители Минфина РФ. В частности, заместитель министра финансов России С.Д. Шаталов настаивал на необходимости «резко сократить количество налогов… уменьшить налоговую нагрузку… поддержать отечественных производителей… сделать налоговую систему более справедливой и стабильной».

Тем не менее, общий вектор реформ, являлся верным. Созданная в 1990-е гг. налоговая система, по своей структуре и принципам построения в основном соответствовала общепринятым рыночным схемам налогообложения. В частности, это доказал принятый в острой политической борьбе и с большим опозданием Налоговый кодекс.

Отличительной чертой налоговой политики 1990-х годов стало ведущее значение в системе налогов единого социального налога (в среднем ¼ бюджета), обусловленное сохранением высокого уровня государственного финансирования социальной сферы. Несмотря на хроническую критику правительственного курса, в рамках периода социальные проблемы решались в максимально возможных объемах, причем ставки социальных налогов в России были в среднем выше мировых.

Таким образом, трудности становления новой налоговой системы России были обусловлены отсутствием общей продуманной стратегии реформ, обусловившим деградацию российской экономики.