Íàèáîëåå ñëîæíàÿ ïðîáëåìà â áþäæåòíîì óñòðîéñòâå – áþäæåòíûé ôåäåðàëèçì, ò.å. áþäæåòíûå âçàèìîîòíîøåíèÿ öåíòðà è ðåãèîíîâ.

Äîõîäíàÿ ÷àñòü òåððèòîðèàëüíûõ áþäæåòîâ, â ñîîòâåòñòâèè ñ çàêîíîäàòåëüñòâîì ÐÔ, äîëæíà ñîñòîÿòü èç çàêðåïëåííûõ è ðåãóëèðóþùèõ äîõîäîâ, äîòàöèé è ñóáâåíöèé, êðåäèòíûõ ðåñóðñîâ.

Çàêðåïëåííûå äîõîäû – ýòî äîõîäû, ïîñòóïàþùèå ïîëíîñòüþ â ñîîòâåòñòâóþùèå áþäæåòû. Íàïðèìåð, ïî äåéñòâóþùåìó çàêîíîäàòåëüñòâó çà áþäæåòàìè ñóáúåêòîâ Ôåäåðàöèè çàêðåïëåí íàëîã íà èìóùåñòâî ïðåäïðèÿòèé, çà ìåñòíûìè áþäæåòàìè – íàëîã íà èìóùåñòâî ôèçè÷åñêèõ ëèö.

Ðåãóëèðóþùèå äîõîäû – ñðåäñòâà, ïåðåäàâàåìûå èç âûøåñòîÿùåãî çâåíà áþäæåòíîé ñèñòåìû íèæåñòîÿùåìó áþäæåòó ñâåðõ çàêðåïëåííûõ äîõîäîâ äëÿ ïîêðûòèÿ åãî ðàñõîäîâ; çà÷èñëÿþòñÿ â ñîîòâåòñòâóþùèå áþäæåòû èñõîäÿ èç ðàçìåðîâ ïðîöåíòíûõ îò÷èñëåíèé, óñòàíàâëèâàåìûõ ïðè óòâåðæäåíèè âûøåñòîÿùåãî äîõîäîâ.

Äîòàöèè – ñðåäñòâà, ïåðåäàâàåìûå èç âûøåñòîÿùåãî áþäæåòà â òâåðäîé ñóììå äëÿ ñáàëíñèðîâàíèÿ íèæåñòîÿùèõ áþäæåòîâ ïðè èõ äåôèöèòå.

Ñóáâåíöèè – ñðåäñòâà, ïåðåäàâàåìûå èç âûøåñòîÿùåãî áþäæåòà íèæåñòîÿùèì áþäæåòàì íà ôèíàíñèðîâàíèå ñòðîãî öåëåâîãî ìåðîïðèÿòèÿ.  1999 ã. â ñîñòàâå ðàñõîäîâ ôåäåðàëüíîãî áþäæåòà îáðàçîâàí ôîíä öåëåâûõ ñóáâåíöèé â ñóììå 7 111 ìëí. ðóá., ñðåäñòâà êîòîðîãî íàïðàâëÿþòñÿ íà îáåñïå÷åíèå ôèíàíñîâîé ïîääåðæêè æèçíåîáåñïå÷åíèÿ ðàéîíîâ Êðàéíåãî Ñåâåðà è ïðèðàâíåííûõ ê íèì ìåñòíîñòåé ñ îãðàíè÷åííûìè ñðîêàìè çàâîçà ãðóçîâ äëÿ ñíàáæåíèÿ íàñåëåíèÿ, ïðåäïðèÿòèé è îðãàíèçàöèé ñîöèàëüíîé ñôåðû è æèëèùíî-êîììóíàëüíîãî õîçÿéñòâà è äð.