За это время были внесены изменения в Бюджетный кодекс РФ, регулирующие процесс кассового обслуживания исполнения бюджетов бюджетной системы РФ, разграничены полномочия Федерального казначейства и Минфина России в области бюджетных отношений, было введено понятие администратора поступлений, обеспечивающего контроль за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения установленных налогов и сборов для каждого вида доходов.

Реализована Концепция функционирования единого счета Федерального казначейства, в результате чего достигнута полнота и прозрачность учета финансовых потоков, возникающих при реализации межбюджетных отношений между федеральным бюджетом и бюджетами других уровней бюджетной системы РФ.

Завершена работа по консолидации и учету на счетах органов Федерального казначейства налоговых и таможенных платежей; полностью решена задача по включению в бюджет целевых бюджетных фондов; создана необходимая нормативная правовая база для учета средств от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности на счетах в органах Федеральное казначейство.

Внедрена новая технология перевода и перечисления средств федерального бюджета: все расходы, осуществляемые органами ФК по поручениям бюджетополучателей, обеспечиваются за счет средств на едином счете Казначейства России на основании заявок этих управлений, представляемых накануне. При этом все доходы федерального бюджета ежедневно зачисляются на единый счет Федерального казначейства, а остаток на техническом счете УФК ежедневно равен или стремится к нулю.

Создан реестр Главных распорядителей, распорядителей и получателей средств федерального бюджета, что позволило оптимизировать состав указанных учреждений и ограничить круг участников бюджетного процесса, по обязательствам которых Правительство РФ несет субсидиарную ответственность. Полномочия по ведению Сводного реестра переданы Федеральному казначейству.

В рамках реформы разработаны и введены в действие единый план счетов бюджетного учета и Инструкция по бюджетному учету. Обеспечено единство системы учета и отчетности для всех участников исполнения бюджетного процесса на основе единой бюджетной классификации Российской Федерации. Единый план счетов бюджетного учета содержит полный спектр активов и обязательств, чистой стоимости сектора государственного управления, интегрирован с бюджетной классификацией РФ, предусматривает использование метода начислений при учете государственных операций. Учетные данные единиц бюджетной системы РФ, основанные на Едином плане счетов бюджетного учета, консолидируются в соответствии с правилами бухгалтерского учета для получения отчетов:

- по операциям кассового обслуживания, составляемого органом, осуществляющим кассовое обслуживание исполнения бюджета;

- главного распорядителя об исполнении бюджета;

- главного распорядителя, содержащего показатели финансовой деятельности.

Введение Инструкция по бюджетному учету в секторе государственного управления обеспечивает формирование полной и достоверной отчетности о состоянии активов, обязательств и финансовых результатах деятельности учреждений, а также об исполнении бюджетов всех уровней бюджетной системы.

В процессе бюджетной реформы произошло разделение ролей кассира и распорядителя бюджетных средств. Теперь все остатки средств хранятся на счетах Федерального казначейства, на счетах бюджетополучателей остался только учет прав на оплату соответствующих обязательств.

Но, несмотря на произведенную огромную работу по реформированию казначейской системы и вместе с ней бюджетного процесса, остается еще много проблем, связанных с реализацией бюджетного законодательства в РФ.

Одной из проблем бюджетного процесса РФ, которая нуждается в управлении и решении, является проблема реализации полномочий администраторов доходов. Суть этой проблемы заключается в том, что администраторы и главные распорядители бюджетных средств не доводят до нижестоящих территориальных органов и подведомственных учреждений четкие инструкции, разъясняющие порядок администрирования соответствующих платежей, функций и полномочий.

В целях устранения сложившегося информационного вакуума Министерство финансов РФ, в том числе совместно с Федеральным казначейством, на протяжении всего 2005 и 2006 гг. направлял соответствующие разъяснения и рекомендации. При этом Федеральным казначейством разработано и введено в действие соглашение по информационному взаимодействию между управлением Федерального казначейства по субъекту РФ и администратором поступлений в бюджет или его территориальным органом, которое позволило создать единые программные средства для осуществления соответствующего электронного документооборота.

Постановлением Правительства РФ «О мерах по реализации Федерального закона «О федеральном бюджете на 2006 год» от 22 февраля 2006 г. № 101 администраторам поступлений в бюджеты было поручено в течение двух месяцев закрепить соответствующие полномочия за своими территориальными органами и учреждениями. Вследствие этого Министерством финансов РФ и Федеральным казначейством были направлены письма главным администраторам поступлений бюджеты, которые указывают на необходимость доведения до подведомственных территориальных органов и учреждений нормативных правовых актов, закрепляющего за ними соответствующие полномочия администратора доходов соответствующего бюджета, с указаниями кодов бюджетной классификации РФ. Но, несмотря на все это, работы по устранению данной проблемы ведутся до сих пор, и результатом этой работы станет только полное выполнение администраторами поступлений в бюджет своих бюджетных функций и задач.

Другой немаловажной проблемой стоящей на пути совершенствования казначейской системы стоит проблема ведения Сводного реестра главных распорядителей, распорядителей и получателей средств федерального бюджета. Специфика ведения Сводного реестра заключается в том, что содержащиеся в нем сведения используются для своевременного обеспечения исполнения бюджета, и от того, насколько достоверны эти сведения, зависит, прежде всего, своевременное доведение лимитов бюджетных обязательств и объемов финансирования расходными расписаниями главных распорядителей до распорядителей и получателей средств федерального бюджета. На данный момент в информации, содержащейся в Сводном реестре, заключено много неточностей. Это в первую очередь касается «заказчиков-застройщиков».

В соответствии со ст. 158 БК РФ главный распорядитель средств федерального бюджета имеет право распределять бюджетные ассигнования исключительно по распорядителям и получателям средств федерального бюджета, находящимся в его ведении. При этом главный распорядитель средств федерального бюджета несет ответственность за принятые получателями средства федерального бюджета, находящиеся в его ведении, денежные обязательства. Согласно ст. 164 БК РФ государственные унитарные предприятия не входят в число участников бюджетного процесса, обладающих бюджетными полномочиями на федеральном уровне. В связи с этим открытие лицевых счетов государственным унитарным предприятиям в органах Федерального казначейства не предусмотрено. Государственный заказчик должен заключать с государственным унитарным предприятием только договор строительного контроля на стройках и объектах и оплачивать его услуги по контролю и надзору путем перечисления средств на расчетные счета, открытые ему в кредитных организациях.