Анклавы мусульманского господства стали возникать и на юге Индии. Следующая волна мусульманских завоеваний пришлась на XII в. и также связана с афганцами. К концу XII в. на большей части территории северной Индии властвовали представители династии Гуридов, их наместник в Индии Кутубуддин Айбак в 1206 г. основал Делийский султанат и объявил себя султаном. Следом за Гуридами султанатом правили династии Туглакидов и Лоди, пока в 1526 г. северная Индия не была завоевана Бабуром, выходцем из Центральной Азии, основавшим династию Моголов, при которых ислам в Индии достиг своего расцвета.

Политическая раздробленность страны и междоусобные феодальные войны способствовали тому, что в конце Х, начале XI в. в бассейне Инда утвердились завоеватели Газневиды.

В 1161 г. их столицей стал Лахор. Территория современного Пакистана оказалась под властью пришлой мусульманской военно-феодальной знати; широкое распространение получил ислам, являвшийся официальной идеологией господствовавшей верхушки класса феодалов. После распада державы Газневидов (1186 г.) бассейн Инда был включен в состав государства Гуридов, а затем Делийского султаната (1206-1525).

Несмотря на бесконечные войны, мятежи феодалов и многократные иноземные вторжения (монголов-в XIII-начале XIV в., Тимура-в конце XIV в.), тормозившие рост производительных сил, крупные города бассейна Инда (особенно расположенные на важнейших торговых путях - Лахор, Мултан, Пешавар, Татта и др.) становятся в эту эпоху важными экономическими и культурными центрами, игравшими большую роль в торговых отношениях между странами, лежащими на запад и на восток от Инда. Эти города являлись также центрами наиболее развитых и густонаселенных районов, где применялось искусственное орошение, выращивались продовольственные и технические культуры, высокого уровня достигли ремесленное производство, строительная техника и т. п. Свое значение они сохранили и после падения Делийского султаната, в эпоху Великих Моголов (1526-1748), под властью которых находились Панджаб, Синд и правобережье Инда.

В начале XVIII в. в результате фактического распада империи Великих Моголов (после смерти падишаха Аурангзеба в 1707 г.) бассейн Инда становится ареной ожесточенной борьбы иранских, афганских и местных феодалов. В середине XVIII в. территорию современного Пакистана подчинил своей власти афганский шах Ахмад-шах Дуррани (1747-1773). В Пенджабе в 60-х годах XVIII в. возникло несколько небольших сикхских княжеств, которые были объединены в единое государство махараджей Ранджит Сингхом (1799-1839). Территорию Белуджистана объединил под своей властью хан Калата Насир-хан Белудж (1750-1795). Несколько небольших феодальных княжеств, которыми правили эмиры из династии Талпуров, возникло в конце XVIII в. в Синде.

Номинально империя Великих Моголов просуществовала до 1858 г., когда последний падишах этой династии Сираджуддин Бахадур-шах II был низложен английскими колонизаторами.

Следует, однако, отметить, что по сравнению с другими покоренными землями (Северная Африка, Малая Азия, Персия, Центральная Азия), где ислам быстро стал господствующей религией, в Индии ислам не сразу прижился и не получил повсеместного признания даже на севере страны. Областями с преимущественно мусульманским населением стали лишь северо-запад, Синд и восточная Бенгалия. Стремление мусульманских завоевателей полностью покорить Индию, сделать ислам единственной, господствующей религией оказалось нереализованным. Согласно традиционалистской трактовке, ислам - не просто религия, а религия в неразрывном единстве с системой правления, нечто вроде государственно-религиозного сплава. Такого государства, то есть по сути исламского, в Индии не было никогда.

Для мусульман-завоевателей мир состоял из двух частей - дар-уль-ислам (обитель ислама) и дар-уль-харб (арена войны). Первая представляла собой место основного обитания мусульман, вторая была населена по преимуществу немусульманами, которых следовало обратить в истинную веру. Перед завоеванными вставал выбор: покориться и принять новую веру, и тогда они становились полноценными гражданами, или покориться, но сохранить собственную веру, более низкий статус зимми. Третий путь предполагал борьбу до последнего.

Зимми по своему социальному статусу стояли ниже мусульман. Они платили особый налог джизайя и не могли рассчитывать на лояльное отношение к себе со стороны властей.

Статус зимми могли получить только те, религиозные верования которых базировались на Священном писании (христиане, иудеи). Строго говоря, индусы не были представителями такой религии и, по букве закона, должны были рассматриваться воинством ислама в качестве харби - тех, кого следует покорить. Однако конкретные условия Южно-Азиатского субконтинента, многочисленность индусов, малочисленность предпочитало идти на компромиссы, а иногда и уклоняться от предписаний Корана. Так, индусам был предоставлен статус зимми, а роль взимателей налогов была отдана брахманам - жрецам религиозного инакомыслия, которых надобно было искоренять в первую очередь. Так были посеяны семена сосуществования ислама и индуизма, что впоследствии дало всходы в виде синкретического ислама, вобравшего в себя некоторые черты обрядов и традиции индуизма.

Немаловажную роль в утверждении ислама на индийской земле сыграло то обстоятельство, что переход представителей низших каст в другую религию был обусловлен стремлением избавиться от социального неравенства, на которое обрекала их господствовавшая в Индии кастовая система; относительная социальная демократичность ислама привлекала их возможностью обрести, наконец, статус равных в единой вере. И еще неизвестно, каких из вновь обращенных было больше: принявших ислам под угрозой смерти или добровольно. Авторитетные исследователи полагают, что последние преобладали.

Тем не менее, созданные мусульманские государственные структуры, в том числе определяющие социальную и политическую организацию общества, действовали, а частично продолжают действовать и сегодня. В Пакистане они, естественно, преобладают.

С начала мусульманских завоеваний в Индии центрами социально-политической деятельности последователей новой веры стали мечети (большинство их содержалось на средства центральных властей), причем число их было немалым. Важная роль в жизни общины принадлежала улемам, ученым богословам, которые, не будучи духовенством по букве суннитских законов, часто выполняли именно эту функцию. Они считали себя посредниками между верующими и Богом, наиболее компетентными толкователями Корана, Сунны и вообще законов шариата. Кроме того, они часто олицетворяли собой гражданскую власть. К улемам относят настоятелей мечетей - мулл и имамов, муэдзинов, призывающих к намазу, хатибов (проповедников), муфтиев (знатоков исламской традиции), кази (судей), мудариссов (учителей в мактабах, медресе). Социальный состав улемов всегда был неоднороден. Наряду с представителями высшей прослойки, такими как имамы соборных мечетей, среди них была и есть значительная прослойка тех, кто живет за счет налогов и платы за совершение религиозных обрядов. В целом можно сказать, что улемы в Индии и Пакистане - это социально-правовая корпоративная группа, действующая как отдельный обособленный институт. Улемы сплошь и рядом претендуют на роль наставников как в личной жизни мусульман, так и во всех вопросах общественной, пытаются формировать политическую ориентацию целых общин и традиционно вмешиваются в решение политических вопросов.