По ходу движения оппозиция потеряла контроль над ситуацией: в ряды митингующих ворвались несколько десятков мужчин и спровоцировали драку. Нападавшие, которых было значительно меньше, чем демонстрантов, были отброшены, но эта стычка имела катастрофические последствия. Сотни разгорячённых людей, в основном молодых, вооружённых кольями, обрезками арматуры, камнями, смели милицейское оцепление и ворвались в здание Белого дома, круша все на своем пути. После этого в Бишкеке начались погромы, которые продолжались в течение нескольких дней и шли параллельно со всеми остальными событиями.

К вечеру ряды оппозиции пополнились настоящим лидером. Группа оппозиционеров направилась в пригород Бишкека, где в колонии уже шестой год отбывал срок заключения самый известный лидер оппозиции Феликс Кулов. Его освободили, а уже через полчаса Кулов выступил по киргизскому государственному телевидению с обращением к нации.

К ночи старой власти в Киргизии уже не было. Самолёт с президентом Акаевым приземлилися в Алма-Ате, куда за несколько часов до этого была на вертолёте переправлена его семья. Прежнее правительство было отправлено в отставку после того, как о своём уходе заявил его глава Николай Танаев. Министры-силовики пока оставались на своих местах — это было необходимо для того, чтобы поддерживать порядок в Бишкеке и во всей республике. В прямом эфире оппозиционеры обратились к судьям Верховного суда. Их попросили явиться на заседание для рассмотрения дела о нарушениях, допущенных в ходе парламентских выборов, которые принесли победу партиям, поддерживавшим Аскара Акаева. Чуть позже Верховный суд Киргизии на экстренном заседании отменил итоги парламентских выборов. Тем самым суд вернул полномочия предыдущему составу парламента[108].

К утру 25 марта киргизский парламент прежнего созыва назначил Курманбека Бакиева исполняющим обязанности президента и премьер-министра страны. Сразу после этого Бакиев назначил на должность министра иностранных дел ещё одного деятеля оппозиции — Розу Отунбаеву. Координатором всех силовых структур республики стал освобождённый накануне из тюрьмы лидер партии «Ар-Намыс» Феликс Кулов, а исполняющим обязанности генпрокурора — оппозиционный депутат парламента Азимбек Бекназаров. ЦИК возглавил бывший заместитель председателя комиссии Тургуналы Абдраимов.

К утру 26 марта новой власти удалось полностью взять ситуацию под контроль и прекратить беспорядки. В этот же день состоялся телефонный разговор президента РФ Владимира Путина с Курманбеком Бакиевым. Путин выразил готовность России предоставить Киргизии всю необходимую помощь. Одновременно с этим, пресс-служба Кремля подтвердила, что Акаев находился в Москве. Посол США в Киргизии Стивен Янг, по словам Бакиева, первым поздравил его «от имени своего государства»[109]. Признал новую власть и Узбекистан. Выступая на пресс-конференции, Курманбек Бакиев отметил, что киргизская оппозиция, организовывая митинги, не ожидала такой быстрой смены власти. За двое суток после штурма Дома правительства в Бишкеке погибли 5 человек, более полутора тысяч ранены (во время самого штурма было ранено 350 человек, жертв не было). Киргизский парламент назначил досрочные выборы президента на 26 июня. После них должны были пройти и новые парламентские выборы.

Укрепление нового режима: 27 марта – 12 мая.

После завершения активных действий по смене существовавшего режима, новой власти необходимо было пройти через процесс легитимации, причем одновременно по двум направлениям. С одной стороны, у республики оставался официально действующий президент, полномочия которого должны были быть прекращены. С другой стороны у существовавшего ранее режима оставалось много сторонников, взаимовыгодно сотрудничавших с ним в вопросах карьеры, предпринимательства, которых необходимо было привлечь на свою сторону.

Первый вопрос был решен 4 апреля, когда А.Акаев после переговоров с новым руководством страны в здании киргизского посольства в Москве подписал заявление о своей отставке. Взамен бывшему президенту были предоставлены личная неприкосновенность, государственное содержание и пожизненная охрана в пределах республики[110].

Для решения второго вопроса ЦИК уже 27 марта принял неожиданное решение, отказавшись отменять итоги парламентских выборов — вместо этого он подтвердил легитимность голосования 13 марта. Повторные выборы должны были пройти лишь в нескольких округах, где отмечались самые серьезные нарушения. Выступая перед действующим составом парламента, Кулов призвал депутатов согласиться с этим решением и, в соответствии с конституцией 14 апреля, сложить свои полномочия.

В Киргизии возникло фактическое парламентское двоевластие: новый парламент, избранный в двух турах выборов 27 февраля и 13 марта, и старый, двухпалатный парламент, полномочия которого официально истекали только 14 апреля. Депутаты прежнего созыва, не согласились с итогами последних выборов и попытались сохранить за собой статус действующих, но и.о. председателя ЦИК Киргизии Тургуналы Абдраимов известил о прекращении полномочий прежнего парламента с 28 марта.

Приступившие к работе депутаты нового Верховного совета тут же выбрали оппозиционного лидера Курманбека Бакиева и.о. президента и премьер-министра страны. Тем самым они продублировали решение Совета народных представителей, нижней палаты прежнего парламента. Это говорит о том, что новая власть в лице К. Бакиева и старая в лице парламентеров, избранных еще во времена Акаева, и состоящая из верных тогда режиму людей, нашли точки соприкосновения и начали строить взаимовыгодное сотрудничество.

Безусловно, такие действия подверглись критике бывшими соратниками Бакиева. Раскол в стане киргизской оппозиции, существовавший ещё до свержения Аскара Акаева, усилился. Наиболее радикальные оппозиционеры объединились в общественный форум «Комитет 27 марта». Представители нового оппозиционного движения (фактически уже оппозиционные новому правительству) заявили: «Революция предана буквально за три дня. Всё возвращается на свои места. На смену единоличной власти Акаева пришёл более изощрённый, более хитрый акаевско-бакиевский режим»[111]. Основным требованием выдвинутом «Комитетом 27 марта» было проведение новых выборов в парламент при новом составе ЦИК и изменённом, более демократичном, законодательстве. Но это требование не было выполнено.

Помимо того, что новая власть признала легитимным тот парламент, против избрания которого изначально активно противостояла, сохранила фактически тот же состав республиканской избирательной комиссии, который обвиняла в фальсификациях, был сохранен и тот избирательный кодекс, отдельные положении которого вызывали столько замечаний. В частности, была сохранена активно применявшаяся А.Акаевым для манипуляций на прошлых президентских выборах статья о том, что кандидаты в президенты должны сдавать специальной комиссии экзамен на знание государственного языка[112]. Изменена была лишь одна норма. Ранее выборы президента могли проходить только осенью, но специально для более быстрого проведения выборов они были перенесены на лето.