Многие ученые и эксперты считают, что тотальное объединение регионов, в частности, национальных республик и сокращение их количества имеет свои отрицательные моменты, которые могут возникнуть как в процессе укрупнения, так и впоследствии. Укрупнять субъекты можно только в тех случаях, когда это, прежде всего, не противоречит идее самоопределения и национальным интересам народа, проживающего на территории субъекта, и на основе добровольного волеизъявления самого населения субъекта; когда это экономически и социально обосновано, а также в случае необходимости оптимизации управления. Сам по себе процесс территориального укрупнения регионов не устраняет существующие между ними разрывы в уровне жизни, а идея самодостаточности регионов может привести к сепаратизму. Возникнут противоречия между экономическим равенством всех субъектов и обеспечением экономической эффективности.

Кроме того, ученые предупреждают, что, если вместо 89 будет создано 30-60 субъектов Федерации, то федеральный центр столкнется с тем, что новые субъекты станут очень сильными в экономическом и политическом отношении, что позволит им успешно конкурировать не только друг с другом, но и с Федерацией в целом. Трудно управлять 89 субъектами РФ, а еще труднее будет управлять крупными, экономически и политически мощными субъектами, которые станут претендовать на суверенизацию, на новую версию разграничения компетенции. В связи с вышеизложенным эксперты считают, что необходимо:

1. Законодательно установить пределы укрупнения.

2. Произвести расчет бюджетного обеспечения и финансового обоснования новых субъектов с учетом того, на какую финансовую помощь они могут рассчитывать.

Произвести расчет на долгосрочную перспективу бюджета нового субъекта на примере уже существующих на предмет расчета возможной их самодостаточности. Если существующие между объединенными субъектами разрывы в уровне обеспеченности жизни не будут устранены, нет смысла проводить укрупнение. Стоит ли в дальнейшем продолжать процесс укрупнения с учетом того, что данная процедура затратная и очень дорогостоящая в масштабе намеченных задач.

Одной из важнейших составляющих внутриполитического курса Президента Путина В.В. стало укрепление российской государственности и, в первую очередь, государственной целостности Российской Федерации.

На первых этапах своего становления российский федерализм столкнулся с рядом сложных проблем, которые по мере их накопления создали реальную опасность для государственной и территориальной целостности страны. Понятия "целостность государства" и "государственная целостность" часто рассматривают в качестве синонимов. На взгляд ученых, между ними существуют различия. Сам термин "государство" имеет два значения: страна, исторически сложившееся географическое пространство, признанное мировым сообществом; организация публичной власти, политический институт, представляющий общество и от имени этого общества руководящий процессами его развития.

Понятие "целостность государства" отражает первое значение, в нем основной акцент делается на сохранение государством своего статуса как члена мирового сообщества субъекта международного права. Например, неоднократный переход Эльзаса и Лотарингии от Франции к Германии не оказывает никакого влияния на основные элементы, составляющие государственную целостность. Понятие "государственная целостность" более применимо ко второму значению государства. В этом случае речь идет не только о территориальной целостности, но и, прежде всего, сохранении конституционного строя, политического и государственного режимов, системы органов государственной власти, а применительно к федеративному государству - и об обеспечении целостности конституционной системы в границах всей федерации [7].

Примером утраты государственной целостности, приведшей к распаду федеративного государства, может служить Советский Союз. Для повышения эффективности власти и упрочения федеративных отношений Федеральный центр пришел к выводу о необходимости отменить Федеральный договор от 31 марта 1992 года, признававший государственный суверенитет субъектов Российской Федерации. Следующим шагом явилось принятие Постановления Конституционного Суда Российской Федерации от 7 июня 2000 года по Республике Алтай, которое стало ключевым; в нем судом установлен суверенитет за Российской Федерацией в лице его многонационального народа – носителя и единственного источника власти в Российской Федерации, и любое разделение суверенитета исключается.

Конституционный Суд Российской Федерации принял более 30 постановлений, в которых затрагивались федеративные проблемы. По поводу природы и особенностей Российской Федерации Конституционный Суд исходит из того, что Российская Федерация - конституционная, а не конституционно-договорная федерация. Федеративный договор от 31 марта 1992 года давал основание для ее характеристики как конституционно-договорной федерации. Позже стали заключаться договоры с субъектами РФ об отмене существовавших договоров с федерацией. Основополагающие принципы федерализма определены Конституцией РФ. Федеративное устройство РФ основано на ее государственной целостности, единстве системы государственной власти, разграничении предметов ведения и полномочий между органами государственной власти РФ и органами государственной власти субъектов РФ, равноправии и самоопределении народов Российской Федерации (статья 5 Конституции РФ). Далее в ее статье 10 установлено, что государственная власть в РФ осуществляется на основе разделения на законодательную, исполнительную и судебную. Они самостоятельны в рамках своих полномочий и взаимодействуют между собой.

С учетом федеративного характера нашего государства в его Конституции закрепляется принцип разделения государственной власти не только по горизонтали, но и по вертикали. Данное утверждение подтверждается частью 2 статьи 11 Конституции РФ, согласно которой "государственную власть в субъектах РФ осуществляют образуемые ими органы государственной власти". Статья 73 Конституции РФ предусматривает, что "вне пределов ведения Российской Федерации и субъектов РФ субъекты РФ обладают всей полнотой государственной власти". По логике вещей в Конституции РФ должны были быть закреплены все три ветви власти и на региональном уровне. Однако в Основном законе страны упоминается только лишь законодательная и исполнительная ветви власти. Это положение изложено в статье 77 Конституции, которая гласит: "система органов государственной власти республик, краев, областей, городов федерального значения, автономной области, автономных округов устанавливается субъектами РФ самостоятельно в соответствии с основами конституционного строя РФ и общими принципами организации представительных и исполнительных органов государственной власти, установленными федеральным законом". Федеральные законы предусматривают отсутствие такого права у субъекта, значит, данное положение статьи 77 противоречит самой себе и основам конституционного строя, то есть части 2 статьи 16, где установлено, что "никакие другие положения настоящей Конституции не могут противоречить основам конституционного строя РФ".