После начала второй чеченской компании накал антироссийских настроений был более высоким по сравнению с 1994–1995 гг. В конце 1999 г. и начале 2000 г. в столицах Йемена, Иордании, Пакистана, Турции прошли массовые демонстрации протеста, а в Бейруте было совершенно вооруженное нападение на посольство РФ. По разным данным, только в месяце Рамадан 2000 г. в мусульманских странах в фонд поддержки Чечни было пожертвовано около 20 млн. долл.

Кроме того, общественная мусульманская солидарность и частные благотворительные инициативы, в которых принимали участие «Братья» в странах Залива, стимулировались в ходе первой и второй чеченской войны умелой информационной кампанией, организованной специальными представителями ЧРИ в странах Ближнего и Среднего Востока. Например, в ноябре 1999 г. – феврале 2000 г. экс-глава Чечни Зелимхан Яндарбиев возглавил делегацию в Турцию, Иорданию, Саудовскую Аравию, Пакистан, ОАЭ, Афганистан. Характерно, что такие визиты сопровождались широкими общественными акциями. Яндарбиев давал интервью в местных СМИ, выступал на стихийных митингах и на пятничных молитвах в крупных городских мечетях. Во время поездки Яндарбиева в Пакистан он посетил все крупные города страны. В феврале 2000 г. в Пешаваре во время митинга у пятничной мечети «амиры» организации «Ахль аль-Хадис» передали Яндарбиеву чек на сумму в 4 тыс. долл., в Лахоре лидер движения «Аль-Джамаа аль-исламийя» Ахмад Хусейн передал лично в руки экс-президенту 185 тыс. долл.

На таком общественном фоне официальный представитель «Братьев-мусульман» в Каире (в то время Мамун аль-Худайби) призвал лидеров мусульманских государств ужесточить позицию в отношении Москвы. Аль-Худайби подверг критике генерального секретаря ЛАГ Исмата Абдель Магида за высказывание о том, что война в Чечне не имеет религиозного характера, и ЛАГ выступает за сохранение дружественных связей с Россией. Аль-Худайби «мягко» назвал высказывание Магида словами не мусульманина, а государственного служащего.

Между тем, в августе 2000 г. после того, как представитель центра общественных связей ФСБ Илья Шабалкин указал на то, что «Братья-мусульмане» передали полевому командиру Хаттабу 250 тыс. долл., представитель «Братьев-мусульман» и генеральный секретарь Союза арабских врачей в Каире Абд аль-Монейм абд аль-Футух заявил, что его организация удивлена сообщением о том, что она, якобы, оказывает финансовую помощь чеченским боевикам. «Хаттаб ни одного дня не являлся членом «Братьев-мусульман» ни в одной стране мира. Мы не знаем этого человека и впервые слышим упоминание его имени в одном контексте с «Братьями-мусульманами». Интересно отметить, что в сентябре 2003 г. на очередное заявление И.Шабалкина о том, что «Братство» выделило на финансирование боевиков в Чечне три миллиона долларов, ответил лично ныне покойный верховный наставник Мамун аль-Худайби. Лидер «Братьев-мусульман» сказал: «Обвинения, выдвинутые генштабом России, беспочвенны. У нас никогда не было никаких отношений с чеченскими боевиками и, тем более, финансирования вооруженных формирований в Чечне. Но, кроме генштаба, эти обвинения не так давно высказал и президент России Владимир Путин, и мы также отвергли его высказывания, заявив о своей невиновности… Обвинение в финансировании вооруженных группировок в самой основе беспочвенно, так как наша организация не располагает капиталом для подобного рода деятельности».

Примечательно, что подобное заявление последовало после того, как «Братья-мусульмане» оказались в официальном списке Москвы, составленном из исламских организаций, оказывающих финансовую поддержку боевикам в Чечне и запрещенных на территории России. Кстати сказать, Россия оказалась единственной европейской страной, где «Братья-мусульмане» официально запрещены. Такой прецедент, возможно, вызывает определенные опасения в «Братстве», учитывая наличие развитых центров движения в некоторых европейских странах. В последнее время «Братство» старается, главным образом, выделить гуманитарный аспект своей солидарности с Чечней. Вместе с этим, признавая за Россией наличие в Чечне проблемы конфессионального характера (пресса движения называет чеченских боевиков «муджахедами»), лидеры «Братьев-мусульман» с самого начала второй чеченской кампании не обозначили этот конфликт четким термином «джихад». В начале 2000 г. Ю.аль-Кардауи издал фетву, не призывающую к джихаду, а обязывающую оказывать гуманитарную помощь мусульманам Чечни. Это решение совпало с аналогичной фетвой муфтия Аль-Азхара, побуждающей всех мусульман вносить добровольные пожертвования в «Фонд помощи населению Чечни» (фетву поддержали 40 богословов Египта).

Следует отметить, что аль-Кардауи в своей работе «Приоритеты исламского движения на грядущем этапе», говорит, что мусульман всегда беспокоила и будет беспокоить вероятность подавления прав мусульманских меньшинств или их дискриминация. Исламское движение должно внимательно следить за положением единоверцев, налаживать общее информационное поле, каналы сотрудничества и взаимодействия. Вместе с этим, на меньшинствах также лежит своя ответственность. Они представляют своего рода «авангард» на границах исламского мира и могут выступать активными посредниками межцивилизационного диалога (например, исламо-христианского). Кроме того, образ ислама в больших неисламских странах зависит от личного поведения и примера представителей меньшинств или мигрантов из исламских стран. При этом богослов указывает на то, что в значительной мере неграмотная и грубая работа некоторых исламских фондов в России ни к чему созидательному не привела, кроме того, что обострила этно-конфессиональные проблемы, которые использовали противники сближения России с исламским миром. В другой работе аль-Кардауи пишет, что в том, что сегодня в мире преобладает в большей степени негативное отношение к исламу, виноваты сами мусульмане. Ислам прекрасен, когда читаешь книги об исламе, однако, когда видишь самих носителей этой религии, то немусульмане спрашивают, почему мусульмане не получают от ислама пользу? Аль-Кардауи привел пример, когда один из европейцев после интеллектуального анализа различных религий и философий принял ислам и приехал в Мекку с целью паломничества, но когда он увидел сцену грубой ссоры паломников-мусульман, нарушавших правила поведения в хадже, то произнес такую фразу: «Слава Аллаху, который познакомил меня с исламом до того, как я познакомился с мусульманами!».

Аль-Кардауи видит преодоление таких проблем через активное образовательное и воспитательное взаимодействие исламского движения с различными мусульманскими регионами мира.

Как уже упоминалось, среди «Братьев-мусульман» те деятели, которые тесно связаны с университетской и академической интеллигенцией (некоторые из них в свое время учились в советских и российских Вузах), выступают за особое отношение к России и к статусу мусульманских меньшинств в этой стране. Для них Россия – особенная страна, непохожая на остальные европейские государства, со своей историей и ролью в судьбах мусульманских народов Востока. Положение мусульман России часто находится в фокусе различных изданий «Братства» («Ад-Даава», «Аль-Муджтамаа», «Аль-Ахбар» и др.), в том числе отраженное в различного рода высказываниях российских политиков высокого ранга по исламской тематике (не всегда лицеприятных). Растет интерес к внешней политике России, определенный резонанс получило заявление в августе 2003 г. президента В.В.Путина о желании РФ приять участие в деятельности ОИК и его присутствие на саммите ОИК в Куала-Лумпуре.