После начала боевых действий в Чечне официальные египетские СМИ, в том числе и религиозные, осуждали военные методы Москвы. Некоторые из них заняли ярко выраженную антироссийскую позицию, иные старались балансировать между крайними оценками.

В книге Мустафы Десуки Касба, вышедшей в приложении к официальному изданию Аль-Азхара под названием «Чечня между испытанием и обязанностью мусульман», автор анализирует историю чеченского вопроса и современные причины кризиса. Касба полагает, что свои права на независимое государство чеченцы обосновывают историей и свободными выборами в местный парламент (в 1992 г.). Однако Москва в отношениях с Дудаевым решила опереться на грубую силу, хотя с мусульманскими республиками Поволжья – Татарстаном и Башкирией – удалось урегулировать споры мирными соглашениями. Чеченцы – это мусульманский народ, который несколько веков ведет кровопролитную борьбу за свою свободу под знаменем ислама, и сегодня вновь подвергся очередной агрессии. Вместе с этим, Касба все же склоняется к тому, чтобы представить чеченскую проблему как следствие внутрироссийских причин. Среди таковых следующее: военная акция в Чечне отражает опасения Москвы перед угрозой развала всей федерации; кампания есть результат провала экономических и политических реформ и попытка переключить население на искусственно раздутый конфликт; демонстрация своей силы Евросоюзу и НАТО на фоне расширения североатлантического альянса за счет стран Восточной Европы и СНГ; амбиции военной верхушки, рассчитывающей на исторический реванш СССР («советской империи»). Касба указывает на опасность усиления антиисламского крена как во внутренней, так и во внешней политике России, на которую рассчитывают крайне правые националисты, сионистские круги, западный альянс во главе с США, заинтересованный в том, чтобы превратить Россию в буферное антиисламское государство. При этом автор уточняет, что в Москве существуют и здравые силы, выступающие за строительство новой России на основе союза двух цивилизаций – мусульманской и европейской.

Характерно, что 18 январе 1995 г. Касба выступил с лекцией по чеченской проблеме в одной из центральных мечетей Каира «Даава аль-хакк», на которой присутствовали видные религиозные деятели страны, богословы Аль-Азхара и члены ассоциации.

Между тем, в мае 1995 г. в статье Мухаммеда Изета ат-Тахтауи (журнал «Аль-Азхар») российская политика в Чечне был подвергнута резкой критике (но не названа антиисламской). Ат-Тахтауи, ссылаясь на аяты Корана и международные конвенции по правам человека, привел многочисленные факты нарушения гражданских прав в Чечне и применения необоснованного насилия в отношении мирного населения. «Российские самолеты и танки обрушивают на мусульман разрушения и убийства, не различая детей, женщин или стариков, не отличая военные цели от больниц, мечетей, фабрик…». Ат-Тахтауи призывает лидеров исламских стран «поднять свой голос», чтобы остановить российскую агрессию или разорвать официальные отношения с Москвой в знак протеста против такой политики.

Вместе с тем, книга Фаузи Мухаммада Тавиля (генерала и преподавателя каирской военной академии) под названием «Чечня и грозящая опасность мусульманской Азии», изданная еще в январе 1995 г. и одобренная официальным Аль-Азхаром, предлагает несколько иной взгляд на проблему. Автор смотрит на чеченский кризис с точки зрения национальной безопасности мусульманского региона. Он начинает с того, что Советский Союз распался не в результате глубинных причин (от внутреннего кризиса или войны), а в результате единовременного акта Беловежского соглашения. Распад СССР окончательно закрепил новый мировой порядок, основанный на однополярном доминировании. По мнению аналитика, главным и потенциальным врагом арабов по прежнему остается Израиль и его основной союзник – Вашингтон. Американцы используют «невежество» российской политики в Чечне и косвенно заинтересованы в разрастании масштабов кризиса, дающего, с одной стороны, перспективный повод для прямого вмешательства в кавказский регион, а, с другой, вовлекать Москву под своей эгидой в локальные конфликты на периферии исламского мира. Кроме того, Вашингтон и Запад стараются поддерживать конфликт русских и мусульман на Кавказе, способный мешать сближению России с исламскими странами. Чеченский кризис может стать началом развала Российской Федерации, а развал России поставит исламскую умму в прямую конфронтацию (один на один) с альянсом крестоносцев и сионистов.

Позиция «Братьев-мусульман» в данном вопросе в какой то мере стала дифференцированной. Интеллектуальные элиты, связанные с Аль-Азхаром, Айн-Шамсом, Каирским университетом (так называемая университетская прослойка), склонялись к более острожной позиции, изложенной в работах Касба и Фаузи. Со своей стороны, политические лидеры и руководители профсоюзов старались использовать чеченскую тему для мобилизации религиозного сознания и электората. В феврале 1995 г. очередной номер (№ 468) журнала профсоюза инженеров вышел под названием «Чечня – могила агрессии», и был посвящен «джихаду чеченских бойцов против русской агрессии».

Между тем, Аль-Азхар отказался назвать действия России в Чечне целенаправленным антиисламским террором и назвать войну джихадом. Единого мнения не было среди большой части идеологов «Братства». Даже в вышеупомянутом журнале, в отличие от аналогичного выпуска о боснийских событиях, содержащего цветные фотографии оскверненных и разрушенных мечетей, чеченский материал включал в себя только фотографии вооруженных боевиков. Вплоть до конца 1995 г. М. Кутб находился между двумя точками зрения на события в Чечне, так сказать, между джихадом и тем, что война в Чечне идет не под исламскими лозунгами, а осененная идеями чеченского национализма, что противоречит исламу. Со своей стороны, М. Машхур только в июле 1996 г. стал сравнивать кризис в Чечне с аналогичными конфликтами в Боснии, Кашмире и Палестине.

Как уже было отмечено, традиционно «Братство» старается прочувствовать пульс «мусульманской улицы» и выразить его настроения. Вместе с этим, следует отметить, что информационный вакуум о реальных событиях в России, образовавшийся в арабском регионе сразу после развала СССР за счет резкого сокращения культурных и политических связей, создавал негативный образ Российской Федерации в мусульманском мире. В какой-то мере этому способствовало и отсутствие направленной дипломатической работы именно на этом направлении.

В то же время, интерес к ситуации в России неуклонно рос в исламском мире параллельно общей эскалации напряженности на Кавказе. В 1993–1994 гг. антиросийсийские мотивы несколько раз присутствовали на заседаниях ОИК. Например, в апреле 1993 г. страны-члены ОИК поддержали доклад (и направили его в ООН) министра иностранных дел Азербайджана в правительстве антироссийски настроенного Абульфаза Эльчибея по поводу «армянской агрессии», которую поддерживает Россия. «Успехи армянских сил обусловлены тем, что они являются союзниками России….Если сказать прямо, то Россия поддерживает этот конфликт и другие конфликты на Кавказе». В ходе седьмой конференции глав государств Организации Исламская Конференция в конце декабря 1994 г., некоторые официальные представители выразили недовольство просербской позицией Москвы и поддержкой геноцида в мусульманских анклавах Боснии.