Ко времени открытия Биологической лаборатории авторитет самого Петра Францевич Лесгафта был признан повсеместно, он был избран почетным членом многих научных обществ. Желающих заниматься в лаборатории было больше чем достаточно. Уже в год ее открытия здесь начали ставить опыты по воздействию света на рост живых организмов, изучать симпатическую нервную систему приматов, выполнять такие анатомические работы и другие исследования. Исследователи из лаборатории совершали поездки с научной целью в разные районы России и за границу, возвращаясь, они привозили гербарии, минералогические и энтомологические коллекции, антропологический и этнографический материал. С 1896 года началось издание специального журнала- «Известия Санкт- Петербургской Биологической лаборатории», в котором читались научные труды Петра Францевич Лесгафта, его учеников, учениц, начинающих или признанных ученых. Редактировал все статьи, устанавливал очередность всех публикаций, определял объем каждого выпуска журнала сам Лесгафт. Он никому не передавал эту работу.

Одним из первых Петр Францевич Лесгафт откликнулся на открытие «лучей Рентгена». Уже в 1897 году Петр Францевич Лесгафт поместил в «Известиях» свою небольшую статью - «О применении лучей Рентгена к анатомическим исследованиям живого человека».

Не оставляет Петр Францевич Лесгафт свои исследования в области биомеханики мышц и суставов, продолжает внедрять математический анализ в изучение анатомического строения и функций опорно-двигательного аппарата, он вместе с математиком И. П. Долбней выполнил интересную работу - «Теория простых суставов».

Очень радовало его, что сын Борис, окончивший в 1890 году Военно-медицинскую академию, тоже проявил интерес к научной работе. Петр Францевич Лесгафт помогает ему составить программу исследований, обеспечивает кроликами и морскими свинками для проведения опытов в изучении влияния света и темноты на развитие организма животных .

С получением достаточного числа помещений в лаборатории Петр Францевич Лесгафт осуществил еще одну свою мечту - организовал на строгих научных основах курсы по подготовке руководительниц и воспитательниц физического образования. Создается «Общество содействия физического развития» (ОСФР), в котором Лесгафту предложили должность ученого секретаря . Петр Францевич Лесгафт читает много лекций в ОСФР, устраивает загородные экскурсии для детей.

В январе 1897 года Петр Францевич Лесгафт подал в отставку и покинул стены университета, а в 1899 году он ставит свою подпись под «Протестом 99- ти». Его передовые взгляды, его поездки заграницу- все это сыграло свою роль в том, что Лесгафту запрещают читать лекции и высылают его на жительство в Териоки. Приходится оставить и курсы, и Биологическую лабораторию. В мае 1901 года он пишет прошение на имя царя, но получает отказ. Но и в Териоках Петр Францевич Лесгафт продолжает работать: пишет статьи, делает переводы, занимается физикой и математикой. Не оставляет и медицинской практики.

В1902 году он вновь пишет прошение на имя Плеве и получает разрешение вернуться в Петербург, и вступить в обязанности директора Биологической лаборатории. Не смотря на свои 65 лет, Петр Францевич Лесгафт с новой энергией окунулся в работу.

10 ноября 1905 года подает в Министерство народного просвещения прошение на учреждение Вольного института, в котором существующие Курсы воспитательниц и руководительниц физического образования составили бы самостоятельное «практическое отделение». Название министру не понравилось, но в конце декабря Лесгафту разрешили открыть высшее учебное заведение под именованием «Курсы по наукам биологическим, педагогическим и социальным». Это название сохранилось только в официальных документах. А все эти курсы называли «Вольная высшая школа». В первый год открытия школы на 3- х отделениях числилось 1500 слушателей. Их привлекало не только громкое имя Лесгафта, но и прекрасный подбор преподавателей. Многие слушатели Вольной школы активно занимались политикой, а после обыска в Биологической лаборатории и Вольной школе нависла угроза закрытия. Летом во время отдыха Петр Францевич Лесгафт получает известие о закрытии школы. И опять начинается бесконечная борьба за возрождение Вольной высшей школы.

Лишенный возможности читать анатомию в школе, Петр Францевич Лесгафт пишет большую работу «общая анатомия органов растительной жизни», ведет исследовательскую работу в Биологической лаборатории. Он торопиться завершить все начатое.

Весной 1909 года после длительных хлопот открывается Естественноисторические курсы, и Петр Францевич Лесгафт с радостью согласился предоставить для курсов помещение в Биологической лаборатории. А с сентября согласился читать на них анатомию. Он по-прежнему бодр духом, но здоровье стало сдавать. Он со всей силой духа старался бороться с недомоганиями, однако с каждым днем ему становилось все хуже. В октябре совет Биологической лаборатории освобождает Лесгафта от руководства лабораторией и советует ему ехать на лечение в санаторий Рабиновича в Гелуане. Это был небольшой египетский городок, где расположился санаторий с серными ваннами, массажем и хорошим уходом.

Уже 13 ноября Петр Францевич Лесгафт был в Гелуане, для лечения были использованы все известные средства, но состояние его быстро ухудшалось. Отказали почки. Последние 9 дней Петр Францевич Лесгафт был уже без сознания. В субботу вечером сердце его остановилось. Гроб с телом Лесгафта был отправлен в Россию. 19 декабря состоялись похороны Петра Францевича на Волковском кладбище. Почти все газеты России откликнулись на смерть Петра Францевич Лесгафта. Он был одним из лучших представителей отечественной науки. Его творчество оставило неизгладимый след в истории анатомии, он является основоположником физической культуры в нашей стране.

2. Система физического образования.

Петром Францевичем Лесгафтом подробно разработана теория дошкольного воспитания. Им были определены главные основы воспитания детей в семье: чистота, движение, гуманность в образовании, последовательность слова и дела, отсутствие произвола, насилия и угнетения.

Особое внимание Лесгафт обращал на использование народных игр. Он видел в них большое воспитывающее значение. В играх дети повторяют то, что видят вокруг себя. Его советы предоставлять детям больше времени для свободных игр и упражнений на свежем воздухе актуально звучат и в наше время. Подвижные игры служат методом совершенствования уже освоенных детьми двигательных навыков и воспитания физических качеств.

В процессе игры ребенок направляет свое внимание на достижение цели, а не на способ выполнения движения. Он действует целеустремленно, приспосабливаясь к игровым условиям, проявляя ловкость и тем самым совершенствуя движения. Поэтому, например, такая игра, как «Волк во рву», проводится тогда, когда дети уже овладели прыжком в длину с разбега.

Петр Францевич Лесгафт писал: «В играх применяется все то, что усваивается при систематических занятиях, поэтому все производимые здесь движения и действия вполне должны соответствовать силам и умению занимающихся и производиться с возможно большей точностью и ловкостью».