При построении налоговой системы предусмотрено, что основными доходными источниками федерального и региональных бюджетов должны быть налоги на доходы и прибыль, а местного бюджета - имущественные налоги.

Логика такого построения заключается в следующем. Принимая во внимание, что в соответствии с Конституцией Российской Федерации определение стратегии государственного, экономического и социального развития общества находится в ведении Российской Федерации, совместном ведении Российской Федерации и субъектов Российской Федерации, решения федеральных и региональных органов власти должны быть сориентированы на создание оптимальных условий для развития отечественного предпринимательства, роста дохода и соответствующее увеличение поступлений в бюджеты. Органы местного самоуправления могут обеспечить эффективный контроль за накопленным имуществом, полнотой учета и сбора имущественных налогов. При этом местные органы могут с большей степенью реальности оценивать необходимость предоставления льгот по имущественным налогам.

В системе налогов предусмотрены на федеральном и региональном уровнях налог на прибыль и подоходный налог с физических лиц при обеспечении единой методологии исчисления налогооблагаемой базы.

Из налога на прибыль предприятий и подоходного налога с физических лиц, выделяется налог на доходы от капитала. В соответствии с проектом по невысокой ставке таким налогом будут облагаться отдельные виды доходов, налоги на которые удерживаются у источника доходов. Это относится главным образом к доходам в виде дивидендов или в виде процентов по ценным бумагам. По существующим сегодня правилам величина налога на дивиденды зависит от того, является акционер юридическим или физическим лицом. Юридические лица платят такой налог по ставке 15 процентов, а физические лица должны включить такие доходы в состав совокупного годового дохода и уплатить налог по прогрессивной ставке (до 30 процентов). Чтобы устранить дискриминацию граждан, а также решить отдельные технические вопросы и предложен новый налог, который снизит налоговую нагрузку на граждан и, возможно, будет способствовать инвестиционной активности граждан, в том числе через паевые инвестиционные фонды.

Большинство федеральных, региональных и местных налогов, сохранив или изменив незначительно свои названия, должны будут измениться по существу. В первую очередь это относится к НДС и налогу на прибыль предприятий. Эти налоги должны стать действительно налогами на добавленную стоимость и на прибыль.

Наиболее серьезным изменениям подвергнется налог на прибыль предприятий. Предусмотрено перейти от действующего порядка расчета себестоимости к той схеме исчисления налогооблагаемой базы по налогу на прибыль, которая используется в большинстве стран, т.е. от калькуляции себестоимости перейти к системе определения затрат за рассматриваемый период. При этом из выручки должны вычитаться все деловые расходы, связанные с ведением бизнеса, за исключением специально оговоренных и не подлежащих вычету при налогообложении либо принимаемых к вычету в ограниченных размерах.

Изменится механизм амортизации. Вместо индивидуальной амортизации каждого амортизируемого объекта предусматривается распределение всех основных средств и нематериальных активов по нескольким группам. При этом будет определяться и амортизироваться суммарный баланс каждой такой группы. За счет сокращения сроков амортизации и использования нелинейной амортизации предприятия получат возможность эффективно и в течение первых месяцев или лет списать большую часть затрат, связанных с приобретением основных средств и нематериальных активов.

Предлагается разрешить предприятиям капитализацию с последующей амортизацией отдельных видов затрат (на НИОКР, на разведку и подготовку к разработке запасов полезных ископаемых, на экологические цели и некоторых других) и сделать более либеральным перенос убытков на будущее.

В число федеральных налогов вводится социальный налог, объединяющий отчисления в государственные внебюджетные фонды (кроме отчислений в Пенсионный фонд): обязательного медицинского страхования, занятости и социального страхования. Такое решение не ликвидирует указанные фонды и не изменяет порядок формирования их доходов. Вместо трех платежей (с несколько отличающимися налоговыми базами и отличающимися порядком и сроками уплаты) вводится один налог, уплачиваемый по единым правилам и в единые сроки, который потом расщепляется по трем указанным фондам. Это обеспечивает не только большее удобство для налогоплательщиков, но и унификацию учета и отчетности, системы ответственности и размеров пеней, а также действенный контроль за государственными ресурсами.

При включении налога с розничных продаж в число местных налогов предполагалось, что органы местного самоуправления, зная условия местного рынка, могут применять этот налог не только в качестве источника дохода, но и в целях экономического регулирования спроса и предложения на рынке товаров, при этом учитывался опыт действия такого налога в Шаховском районе Московской области.

В перечень местных налогов и сборов включен налог на недвижимость.

Особо оговаривается, что при его введении в действие в отдельных регионах (городах Москве и Санкт-Петербурге), городах и районах будет прекращаться действие на этих территориях налогов на имущество предприятий, имущество физических лиц и платы за землю. В настоящее время введение налога на недвижимость уже подготавливается в городах Новгороде, Пскове, Твери и Бору (Нижегородской области). Предполагается, что при прекращении действия регионального налога на имущество предприятий будет произведено перераспределение средств соответствующих регионального и местного бюджетов. В частности, выпадающие доходы регионального бюджета в результате прекращения действия налога на имущество предприятий могут быть компенсированы увеличением доли поступлений в этот бюджет подоходного налога с физических лиц. При этом в соответствии с положениями проекта общей части Кодекса изменения по федеральным, региональным или местным налогам и сборам должны приниматься при утверждении или корректировке соответствующего бюджета.

Формирование рациональной и нейтральной налоговой системы, ее упрощение предполагается осуществить, отменив налоги, тормозящие либо искажающие побудительные мотивы экономической и инвестиционной деятельности. Налоги, уплачиваемые с валовых поступлений, не учитывают наличия реальной прибыли у предприятия, а также создают кумулятивный эффект - чем больше этапов от начальной до конечной стадии производства продукции, тем больше общая сумма таких налогов. Учитывая уже принятые решения по отмене налога с сумм превышения расходов на оплату труда по сравнению с нормируемым уровнем и специального налога для поддержки важнейших отраслей народного хозяйства, речь идет о предусмотренной в проекте Налогового кодекса поэтапной отмене других налогов, взимаемых с выручки и налогов, имеющих целевое направление использования (налогов на пользователей автомобильных дорог, на содержание жилищного фонда и объектов социально-культурной сферы, транспортного налога, сбора на нужды образовательных учреждений, целевых налогов на содержание милиции, благоустройство территории и ряд иных налогов и сборов).